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- PDB-5go2: Crystal structure of chorismate mutase like domain of bifunctiona... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5go2 | ||||||
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Title | Crystal structure of chorismate mutase like domain of bifunctional DAHP synthase of Bacillus subtilis in complex with Citrate | ||||||
![]() | Protein AroA(G) | ||||||
![]() | ISOMERASE / Type II chorismate mutase / CML domain / Bifunctional DAHP synthase / citrate / bacillus subtilis | ||||||
Function / homology | ![]() chorismate mutase / chorismate mutase activity / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aldehyde-lyase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pratap, S. / Dev, A. / Sharma, V. / Yadav, R. / Narwal, M. / Tomar, S. / Kumar, P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of Chorismate Mutase-like Domain of DAHPS from Bacillus subtilis Complexed with Novel Inhibitor Reveals Conformational Plasticity of Active Site. Authors: Pratap, S. / Dev, A. / Kumar, V. / Yadav, R. / Narwal, M. / Tomar, S. / Kumar, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 157.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 125.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 488 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 494.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5gmuSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 10430.755 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: Chorismate Mutase type II like domain, UNP residues 1-90 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 168 / Gene: aroA, BSU29750 Production host: ![]() ![]() Strain (production host): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / References: UniProt: P39912, chorismate mutase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 2.0M Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 2, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.907→24.67 Å / Num. obs: 26625 / % possible obs: 93 % / Redundancy: 3.1 % / Net I/σ(I): 19.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5GMU Resolution: 1.907→24.665 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 26.99
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.907→24.665 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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