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万見
- PDB-4hic: Crystal structure of the potential transfer protein TraK from Gra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hic
タイトルCrystal structure of the potential transfer protein TraK from Gram-positive conjugative plasmid pIP501
要素TraK
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Gram-positive / type-IV secretion / pIP501 / anti-parallel beta-sheets
機能・相同性: / Potential transfer protein TraK / membrane / Sigma
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Goessweiner-Mohr, N. / Keller, W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The type IV secretion protein TraK from the Enterococcus conjugative plasmid pIP501 exhibits a novel fold
著者: Goessweiner-Mohr, N. / Fercher, C. / Arends, K. / Birner-Gruenberger, R. / Laverde-Gomez, D. / Huebner, J. / Grohmann, E. / Keller, W.
履歴
登録2012年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TraK
B: TraK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2872
ポリマ－61,2872
非ポリマー00
水00
1
A: TraK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6441
ポリマ－30,6441
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TraK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6441
ポリマ－30,6441
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.040, 114.040, 120.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 TraK


分子量: 30643.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: ORF11 from conjugative plasmid pIP501 / プラスミド: pQTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8L1C9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: vapor diffusion: microbatch under oil / pH: 6.5
詳細: 1:1 setup of purification buffer with Morpheus screen condition 52 (12.5 % PEG 1000, 12.5 % PEG 3350, 12.5 % MPD, ethylene glycols mix, 0.1 M MES/Imidazol); final protein concentration: 6.45 ...詳細: 1:1 setup of purification buffer with Morpheus screen condition 52 (12.5 % PEG 1000, 12.5 % PEG 3350, 12.5 % MPD, ethylene glycols mix, 0.1 M MES/Imidazol); final protein concentration: 6.45 mg/ml, pH 6.5, vapor diffusion: microbatch under oil, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月30日
詳細: toroidal mirror (M2) to vertically and horizontally focus the beam at the sample position (with 2:1 horizontal demagnification)
放射モノクロメーター: BARTELS MONOCROMATOR / プロトコル: Native / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,k,-l / Fraction: 0.24
反射解像度: 3.001→82.835 Å / Num. all: 15465 / Num. obs: 15465 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3-3.167.60.8320.91693322310.832100
3.16-3.357.60.4781.61634921490.478100
3.35-3.597.60.2982.51524019990.298100
3.59-3.877.60.1754.31418918620.175100
3.87-4.247.60.1444.61294717130.144100
4.24-4.747.60.0759.61189715580.075100
4.74-5.487.60.06610.61040613650.066100
5.48-6.717.60.1076.1901611870.107100
6.71-9.497.50.05312.468079030.053100
9.49-40.3197.20.02922.835814980.02998.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å40.32 Å
Translation3.5 Å40.32 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_1088精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.001→40.319 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7381 / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.08 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2337 770 4.98 %Random
Rwork0.205 ---
all0.2128 15465 --
obs0.2128 15465 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.11 Å2 / Biso mean: 59.7934 Å2 / Biso min: 32.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.001→40.319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3310 0 0 0 3310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5774566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9021228
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.0017-3.23330.39011480.35829173065
3.2333-3.55820.30391610.276429083069
3.5582-4.07210.27191450.239329383083
4.0721-5.12660.22111600.193829243084
5.1266-30.94620.19441560.168129843140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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