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- PDB-5elq: Crystal structure of the SNX27 PDZ domain bound to the C-terminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5elq
タイトルCrystal structure of the SNX27 PDZ domain bound to the C-terminal DGKzeta PDZ binding motif
要素
  • GLU-ASP-GLN-GLU-THR-ALA-VAL
  • Sorting nexin-27
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Endosome / PDZ domain / sorting nexin
機能・相同性
機能・相同性情報


: / lipid phosphorylation / response to methamphetamine hydrochloride / glycerolipid metabolic process / diacylglycerol metabolic process / lipid kinase activity / diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / establishment of protein localization to plasma membrane ...: / lipid phosphorylation / response to methamphetamine hydrochloride / glycerolipid metabolic process / diacylglycerol metabolic process / lipid kinase activity / diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / WASH complex / : / NAD+ kinase activity / endosome to plasma membrane protein transport / retromer complex / Effects of PIP2 hydrolysis / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / : / endocytic recycling / endosomal transport / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / immunological synapse / negative regulation of mitotic cell cycle / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / phosphatidylinositol binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / intracellular protein transport / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / platelet activation / calcium-dependent protein binding / cell migration / lamellipodium / kinase activity / nervous system development / early endosome membrane / early endosome / intracellular signal transduction / endosome / nuclear speck / glutamatergic synapse / signal transduction / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Diacylglycerol kinase / Diacylglycerol kinase, accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain (presumed) / SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / SNX17/27/31 / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain ...Diacylglycerol kinase / Diacylglycerol kinase, accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain (presumed) / SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / SNX17/27/31 / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Domain of unknown function DUF3447 / Ras-associating (RA) domain profile. / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / Ankyrin repeats (3 copies) / PDZ superfamily / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Diacylglycerol kinase zeta / Sorting nexin-27
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Collins, B.M. / Clairfeuille, T.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1058734 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: A molecular code for endosomal recycling of phosphorylated cargos by the SNX27-retromer complex.
著者: Clairfeuille, T. / Mas, C. / Chan, A.S. / Yang, Z. / Tello-Lafoz, M. / Chandra, M. / Widagdo, J. / Kerr, M.C. / Paul, B. / Merida, I. / Teasdale, R.D. / Pavlos, N.J. / Anggono, V. / Collins, B.M.
履歴
登録2015年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-27
P: GLU-ASP-GLN-GLU-THR-ALA-VAL
B: Sorting nexin-27
C: GLU-ASP-GLN-GLU-THR-ALA-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8138
ポリマ－23,0364
非ポリマー7774
水4,720262
1
A: Sorting nexin-27
P: GLU-ASP-GLN-GLU-THR-ALA-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7123
ポリマ－11,5182
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6680 Å2
手法PISA
2
B: Sorting nexin-27
C: GLU-ASP-GLN-GLU-THR-ALA-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1015
ポリマ－11,5182
非ポリマー5833
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.940, 54.120, 74.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-335-

HOH

21A-409-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-27 / MAP-responsive gene protein / Methamphetamine-responsive transcript 1 protein / PDZ-protein Mrt1


分子量: 10569.952 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ domain (UNP residues 39-133) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snx27, Mrt1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K4V4
#2: タンパク質・ペプチド GLU-ASP-GLN-GLU-THR-ALA-VAL


分子量: 947.966 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13574*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2.0 M Ammonium citrate, 5% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→14.9 Å / Num. obs: 80541 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z8J

4z8j


解像度: 1.1→14.9 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1803 3934 5.03 %
Rwork0.1628 --
obs0.1636 78149 96.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→14.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1520 0 52 262 1834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2712118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.192618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.11340.2491240.24662426X-RAY DIFFRACTION90
1.1134-1.12750.22651500.23772470X-RAY DIFFRACTION92
1.1275-1.14230.25911460.23482515X-RAY DIFFRACTION93
1.1423-1.1580.23861160.21522538X-RAY DIFFRACTION94
1.158-1.17450.2281220.2122540X-RAY DIFFRACTION94
1.1745-1.1920.24621600.20072519X-RAY DIFFRACTION94
1.192-1.21070.20671260.20682549X-RAY DIFFRACTION94
1.2107-1.23050.20261420.19622562X-RAY DIFFRACTION95
1.2305-1.25170.19181280.19782581X-RAY DIFFRACTION95
1.2517-1.27450.21391400.19252597X-RAY DIFFRACTION96
1.2745-1.2990.21571420.18812614X-RAY DIFFRACTION97
1.299-1.32550.20911310.18122685X-RAY DIFFRACTION97
1.3255-1.35430.19771490.17332619X-RAY DIFFRACTION97
1.3543-1.38570.17581490.16952634X-RAY DIFFRACTION98
1.3857-1.42040.20711440.17182621X-RAY DIFFRACTION98
1.4204-1.45870.15681270.16482711X-RAY DIFFRACTION98
1.4587-1.50160.17291510.16022664X-RAY DIFFRACTION99
1.5016-1.550.15811390.1492701X-RAY DIFFRACTION98
1.55-1.60540.16841460.1562685X-RAY DIFFRACTION99
1.6054-1.66960.16211370.14862729X-RAY DIFFRACTION99
1.6696-1.74550.18051500.14882739X-RAY DIFFRACTION99
1.7455-1.83730.15451520.15112706X-RAY DIFFRACTION99
1.8373-1.95220.15041320.13862755X-RAY DIFFRACTION100
1.9522-2.10260.15911310.13282761X-RAY DIFFRACTION100
2.1026-2.31350.16211500.13082785X-RAY DIFFRACTION100
2.3135-2.64660.15641600.14872762X-RAY DIFFRACTION100
2.6466-3.32830.19111410.15652832X-RAY DIFFRACTION100
3.3283-14.93610.17551490.16512915X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9803-1.20850.31332.28150.43712.58050.05240.2479-0.18810.0057-0.06650.03010.2449-0.0523-0.0320.0636-0.0134-0.00470.068-0.00610.068852.90529.671756.6284
21.73440.41082.50953.8384-3.46748.1911-0.111-0.13360.0670.29580.01690.0274-0.53150.00380.1110.09370.02330.01410.0897-0.02920.074253.802222.800574.5444
35.98671.7087-1.20597.32430.75716.99110.1077-0.0605-0.505-0.1528-0.16050.84220.3886-0.74360.02490.1174-0.0337-0.01530.1662-0.00510.176950.54149.710378.973
41.84680.46271.67061.54771.91975.04050.10910.0086-0.150.0689-0.08680.02490.247-0.1952-0.0110.063-0.007-0.00610.0762-0.00030.075747.400610.004460.4929
51.89732.1109-0.54637.5206-2.0354.3892-0.0442-0.1478-0.00890.27650.10560.16120.182-0.0739-0.02410.0677-0.0036-0.0060.06510.00020.037654.980210.749168.353
61.677-0.5785-0.09910.55890.124.03540.0729-0.01340.07390.03180.0283-0.0272-0.07960.1072-0.08660.0567-0.00930.00490.0618-0.01240.068259.134517.615965.5651
73.92941.3981-3.29813.7046-2.41267.6663-0.02490.3238-0.11670.00970.0957-0.00170.2159-0.1924-0.01470.0431-0.0024-0.02420.0788-0.02640.066458.21129.584259.1476
85.59420.93630.58856.6148-0.13846.1160.0113-0.23790.5120.2699-0.05390.1382-0.4368-0.15420.02970.09250.0052-0.00350.0838-0.00580.121649.13622.970261.7309
92.93731.01130.66182.30940.07882.02780.0327-0.1241-0.1209-0.0289-0.0040.03980.1924-0.0627-0.0290.06510.0088-0.010.04540.00460.065569.43459.096993.2818
101.39120.4762.242.51783.05518.3388-0.16380.11640.1071-0.2841-0.03290.0302-0.6759-0.20280.15190.1591-0.0136-0.00540.08850.02780.091668.500122.760975.9854
112.6612-2.1316-0.62533.0593-1.24457.79660.0628-0.0662-0.44640.1118-0.0658-0.79810.53460.88310.06130.13380.0314-0.00440.1601-0.00060.197371.931710.103170.7542
121.03420.14430.27121.3635-1.04312.54650.0421-0.017-0.099-0.0204-0.0792-0.06490.0990.14020.03110.05110.0013-0.00870.03180.00090.057574.283710.395590.1358
137.02194.9871-5.47755.1828-3.32984.73280.0327-0.3011-0.36730.0544-0.2587-0.4570.52160.41110.1170.11810.0204-0.02250.07250.01770.09876.79226.884887.6866
142.0885-2.9114-1.92756.83742.0844.8319-0.0140.1020.0396-0.29580.0831-0.12570.1771-0.0168-0.00980.07460.0012-0.00770.04590.0030.0467.44910.45881.543
152.19770.67620.20871.2525-0.23524.06040.0365-0.02330.0443-0.03170.01860.0227-0.1203-0.2235-0.03940.04930.0156-0.00150.05790.01070.056763.229817.172584.6811
164.1501-1.3385-3.26733.51572.44598.1448-0.0168-0.2972-0.09810.01180.10930.0160.26690.04590.0410.0474-0.0014-0.0270.06850.02790.068364.13739.026490.733
173.5774-0.49490.17475.9175-0.19883.2926-0.0370.17390.4118-0.18360.0236-0.0583-0.28880.0698-0.01470.0936-0.0039-0.01810.05280.00770.106573.435522.473888.6636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 58 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 67 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 75 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 76 through 99 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 100 through 104 )
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9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 41 through 58 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 59 through 67 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 68 through 75 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 76 through 93 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 94 through 99 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 100 through 104 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 105 through 121 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 122 through 134 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 201 through 207 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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