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万見
- PDB-5ejz: Bacterial Cellulose Synthase Product-Bound State -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ejz
タイトルBacterial Cellulose Synthase Product-Bound State
要素
  • (Putative cellulose ...) x 2
  • poly(unk)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / cellulose synthase / translocation / biopolymer
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / cyclic-di-GMP binding / endomembrane system / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4520 / Chitobiase; domain 2 - #20 / Chitobiase; domain 2 - #30 / : / Cellulose Synthase Subunit B, alpha-beta domain / Cellulose synthase, subunit A / : / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / Cellulose synthase ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4520 / Chitobiase; domain 2 - #20 / Chitobiase; domain 2 - #30 / : / Cellulose Synthase Subunit B, alpha-beta domain / Cellulose synthase, subunit A / : / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / Cellulose synthase / predicted glycosyltransferase like domains / Glycosyltransferase like family 2 / PilZ domain / PilZ domain / Chitobiase; domain 2 / Glycosyl transferase family 2 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Galactose-binding domain-like / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Thrombin, subunit H / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Beta Barrel / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / Chem-C2E / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UNDECANE / Cellulose synthase catalytic subunit [UDP-forming] / Cyclic di-GMP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Morgan, J.L.W. / Zimmer, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Observing cellulose biosynthesis and membrane translocation in crystallo.
著者: Morgan, J.L. / McNamara, J.T. / Fischer, M. / Rich, J. / Chen, H.M. / Withers, S.G. / Zimmer, J.
履歴
登録2015年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cellulose synthase
B: Putative cellulose synthase
D: poly(unk)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,98114
ポリマ－167,4363
非ポリマー7,54511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16940 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area57330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.269, 216.838, 221.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Putative cellulose ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative cellulose synthase


分子量: 90014.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RSP_0333 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3J125, cellulose synthase (UDP-forming)
#2: タンパク質 Putative cellulose synthase


分子量: 76636.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RSP_0332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3J126

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 D

#3: タンパク質・ペプチド poly(unk)


分子量: 783.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 多糖 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)- ...2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2938.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,18,17/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*F]/1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1_h4-i1_i4-j1_j4-k1_k4-l1_l4-m1_m4-n1_n4-o1_o4-p1_p4-q1_q4-r1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp2fluoro]{}}}}}}}}}}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 10分子

#5: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#6: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM
#9: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#10: 化合物 ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン


分子量: 156.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.73 %
結晶化温度: 304 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.9M NaOAc, Na Citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→39.4 Å / Num. obs: 68897 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.94→3.01 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.959 / Num. unique all: 3800 / % possible all: 82.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4p02

4p02


解像度: 2.94→34.351 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 25.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 3429 4.99 %
Rwork0.2061 --
obs0.2074 68775 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→34.351 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10668 0 407 0 11075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111369
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24715558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9824126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041969
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9401-2.98210.3826850.34291922X-RAY DIFFRACTION71
2.9821-3.02660.341320.30872754X-RAY DIFFRACTION100
3.0266-3.07380.33131530.30222686X-RAY DIFFRACTION98
3.0738-3.12420.35461230.30082691X-RAY DIFFRACTION100
3.1242-3.1780.29141120.29222775X-RAY DIFFRACTION100
3.178-3.23580.30511420.2782710X-RAY DIFFRACTION99
3.2358-3.2980.2691360.25312732X-RAY DIFFRACTION100
3.298-3.36520.31211400.25082775X-RAY DIFFRACTION99
3.3652-3.43830.30931330.24042698X-RAY DIFFRACTION100
3.4383-3.51820.27061610.23562746X-RAY DIFFRACTION100
3.5182-3.60610.24521510.22082693X-RAY DIFFRACTION100
3.6061-3.70350.24561650.2122735X-RAY DIFFRACTION100
3.7035-3.81240.23211310.20672738X-RAY DIFFRACTION100
3.8124-3.93530.23381730.20652732X-RAY DIFFRACTION100
3.9353-4.07570.23311250.19412733X-RAY DIFFRACTION100
4.0757-4.23860.2011330.19042793X-RAY DIFFRACTION100
4.2386-4.43110.22861510.17962760X-RAY DIFFRACTION100
4.4311-4.66420.2011370.16612739X-RAY DIFFRACTION100
4.6642-4.95560.18491550.16882765X-RAY DIFFRACTION100
4.9556-5.3370.24471660.18012770X-RAY DIFFRACTION100
5.337-5.87160.24311650.19642786X-RAY DIFFRACTION100
5.8716-6.71580.21341480.19772836X-RAY DIFFRACTION100
6.7158-8.44040.19021790.18422818X-RAY DIFFRACTION100
8.4404-34.35330.18791330.18772959X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.496-0.32821.02962.86870.08981.86830.10150.2149-0.2574-0.7042-0.2127-0.34620.57030.1645-0.00650.64490.15290.05370.74930.28290.639613.1622-14.1231-68.9254
21.27950.1188-0.62473.599-0.8113.51390.07520.4101-0.17-1.18780.12180.51310.5491-0.4531-01.26990.0213-0.10180.83210.18650.70462.668411.1097-108.9037
31.42860.93040.5111.2072-0.32380.9374-0.0882-0.2340.0054-0.59420.124-0.02580.37130.34240.0030.92610.20090.08490.65690.21330.654210.135211.0115-93.2829
40.8970.3352-0.79091.662-1.39292.26750.0250.1939-0.0644-1.01280.07720.09720.7291-0.111300.9320.08-0.02790.73040.22120.73853.6196-3.3161-84.6627
51.94620.0346-0.25542.00990.11910.26760.00280.0953-0.4693-0.76460.74050.70640.0269-1.0757-0.03040.58620.0672-0.0210.90550.38160.9932-13.5464.6499-75.77
6-0.00920.00320.51611.2877-1.23341.0535-0.0672-0.16070.12610.1560.12940.1737-0.3525-0.00070.00030.72090.15960.12790.63690.12380.70882.193831.1016-86.0988
70.07970.2643-0.01792.3538-1.33661.1184-0.0624-0.2030.03270.11340.21740.2287-0.278-0.20520.00070.64440.15240.06890.83750.20150.68160.676819.6039-81.3243
81.3903-0.33420.00661.2391.34511.459-0.15320.10770.2775-0.38930.0016-0.0879-0.1105-0.4551-00.721-0.1041-0.01260.74090.08660.62882.5176-36.5862-10.372
92.543-1.08570.06091.83630.16772.4669-0.0067-0.19280.03920.22420.01930.11130.1628-0.157200.7539-0.13880.01370.52570.05740.63827.4145-40.808-8.9862
100.535-0.31130.18561.0805-0.72921.65810.13330.13210.0922-0.0555-0.1444-0.08710.27720.17170.00140.4965-0.0295-0.0020.66110.18810.637112.8051-28.0058-35.5882
110.003-0.00630.00690.0131-0.01890.0213-0.164-0.3810.46910.2376-0.14790.058-0.2676-0.0379-00.7460.12860.01090.8256-0.13591.193141.9493-22.9979-25.2958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 120 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 121 through 244 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 245 through 296 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 297 through 496 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 497 through 545 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 546 through 673 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 674 through 740 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 54 through 102 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 103 through 272 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 273 through 720 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 169 through 177 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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