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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6ywo | ||||||
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| Title | CutA in complex with A3 RNA | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN / terminal nucleotide transferase / polymerase / RNA-binding protein | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationRNA 3'-end processing / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Thermothielavioides terrestris NRRL 8126 (fungus)synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Malik, D. / Kobylecki, K. / Krawczyk, P. / Poznanski, J. / Jakielaszek, A. / Napiorkowska, A. / Dziembowski, A. / Tomecki, R. / Nowotny, M. | ||||||
| Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2020Title: Structure and mechanism of CutA, RNA nucleotidyl transferase with an unusual preference for cytosine. Authors: Malik, D. / Kobylecki, K. / Krawczyk, P. / Poznanski, J. / Jakielaszek, A. / Napiorkowska, A. / Dziembowski, A. / Tomecki, R. / Nowotny, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6ywo.cif.gz | 734.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6ywo.ent.gz | 500.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6ywo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6ywo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6ywo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 42521.148 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermothielavioides terrestris NRRL 8126 (fungus)Gene: THITE_2112714 / Plasmid: pet28SUMO Production host: ![]() Variant (production host): RIL / References: UniProt: G2R014 #2: RNA chain | Mass: 942.660 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.54 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M lithium sulfate monohydrate and 25% polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→33.26 Å / Num. obs: 136433 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 32.71 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.49 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→2.01 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 21579 / CC1/2: 0.59 / % possible all: 94.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: XXXX Resolution: 1.9→33.26 Å / SU ML: 0.2405 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 22.8665 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 41.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→33.26 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Thermothielavioides terrestris NRRL 8126 (fungus)
X-RAY DIFFRACTION
Poland, 1items
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