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- PDB-5w0m: Structure of human TUT7 catalytic module (CM) in complex with U5 RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w0m
タイトルStructure of human TUT7 catalytic module (CM) in complex with U5 RNA
要素
  • Terminal uridylyltransferase 7
  • U5 single-stranded RNA
キーワードTRANSFERASE/RNA / terminal uridyltransferase / TUTase / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / uridylyltransferase activity / transposable element silencing by mRNA destabilization / RNA uridylyltransferase / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / miRNA metabolic process / Deadenylation of mRNA / pre-miRNA processing ...polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / uridylyltransferase activity / transposable element silencing by mRNA destabilization / RNA uridylyltransferase / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / miRNA metabolic process / Deadenylation of mRNA / pre-miRNA processing / oocyte maturation / miRNA binding / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Unstructured region 4 on terminal uridylyltransferase 7 / TUTase nucleotidyltransferase domain / TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Nucleotidyltransferase superfamily ...Unstructured region 4 on terminal uridylyltransferase 7 / TUTase nucleotidyltransferase domain / TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Nucleotidyltransferase superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / RNA / Terminal uridylyltransferase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.298 Å
データ登録者Faehnle, C.R. / Walleshauser, J. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Multi-domain utilization by TUT4 and TUT7 in control of let-7 biogenesis.
著者: Faehnle, C.R. / Walleshauser, J. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2017年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Terminal uridylyltransferase 7
B: Terminal uridylyltransferase 7
C: Terminal uridylyltransferase 7
H: U5 single-stranded RNA
I: U5 single-stranded RNA
J: U5 single-stranded RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,64616
ポリマ－138,6236
非ポリマー1,02310
水3,693205
1
A: Terminal uridylyltransferase 7
H: U5 single-stranded RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5926
ポリマ－46,2082
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18400 Å2
手法PISA
2
B: Terminal uridylyltransferase 7
I: U5 single-stranded RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4314
ポリマ－46,2082
非ポリマー2232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
3
C: Terminal uridylyltransferase 7
J: U5 single-stranded RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6236
ポリマ－46,2082
非ポリマー4154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.472, 135.472, 179.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 988 and (name N or name...
21(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...
12chain H
22chain I
32chain J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA98812
121LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
131LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
141LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
151LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
161LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
171LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
181LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
191LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
1101LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
1111LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
1121LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
1131LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
1141LEULEUARGARG(chain A and ((resid 988 and (name N or name...AA987 - 136311 - 387
211GLUGLUPROPRO(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC988 - 99212 - 16
221THRTHRPHEPHE(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC994 - 99718 - 21
231ASNASNGLUGLU(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC999 - 102323 - 47
241ILEILEGLNGLN(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC1025 - 103549 - 59
251ASPASPASPASP(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC103660
261GLUGLUMETMET(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC988 - 136212 - 386
271GLUGLUMETMET(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC988 - 136212 - 386
281GLUGLUMETMET(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC988 - 136212 - 386
291GLUGLUMETMET(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC988 - 136212 - 386
2101GLUGLUMETMET(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC988 - 136212 - 386
2111GLUGLUMETMET(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC988 - 136212 - 386
2121GLUGLUMETMET(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC988 - 136212 - 386
2131GLUGLUMETMET(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC988 - 136212 - 386
2141GLUGLUMETMET(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC988 - 136212 - 386
2151GLUGLUMETMET(chain C and (resseq 988:992 or resseq 994:997 or resseq...CC988 - 136212 - 386
112UUUUchain HHD1 - 41 - 4
212UUUUchain IIE1 - 41 - 4
312UUUUchain JJF1 - 41 - 4

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 6分子 ABCHIJ

#1: タンパク質 Terminal uridylyltransferase 7 / TUT7 / TUTase 7 / Zinc finger CCHC domain-containing protein 6


分子量: 44721.812 Da / 分子数: 3
断片: nucleotidyltransferase domain (UNP residues 983-1365)
変異: D1160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZCCHC6, HS2, KIAA1711, TUT7 / プラスミド: Multi-Bac, pFL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q5VYS8, RNA uridylyltransferase
#2: RNA鎖 U5 single-stranded RNA


分子量: 1485.872 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 215分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8-1.0 M lithium sulfate, 0.075-0.2 M potassium iodide, 0.05-0.2 M trisodium citrate, pH 5-6
PH範囲: 5.0-6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.298→179 Å / Num. obs: 82731 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 43.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.298→2.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.556 / CC1/2: 0.784

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5W0B

5w0b


解像度: 2.298→98.168 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 4139 5.01 %
Rwork0.1883 --
obs0.1904 82655 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 204.5 Å2 / Biso mean: 65.9348 Å2 / Biso min: 20.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.298→98.168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8863 231 26 205 9325
Biso mean--61.54 52.3 -
残基数----1105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059355
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68312680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3025593
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4430X-RAY DIFFRACTION7.128TORSIONAL
12C4430X-RAY DIFFRACTION7.128TORSIONAL
21H147X-RAY DIFFRACTION7.128TORSIONAL
22I147X-RAY DIFFRACTION7.128TORSIONAL
23J147X-RAY DIFFRACTION7.128TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2976-2.32370.30961380.259625892727100
2.3237-2.35110.29471320.254126232755100
2.3511-2.37970.29621310.234526362767100
2.3797-2.40990.2831230.232626162739100
2.4099-2.44160.27951270.230726372764100
2.4416-2.4750.27641380.227325952733100
2.475-2.51040.2721280.236626272755100
2.5104-2.54790.3161410.230325962737100
2.5479-2.58770.28631490.230126212770100
2.5877-2.63010.31451530.230325982751100
2.6301-2.67540.30871440.223626152759100
2.6754-2.72410.27671500.21825932743100
2.7241-2.77650.24781410.2226192760100
2.7765-2.83320.29891520.20725862738100
2.8332-2.89480.26641310.210626512782100
2.8948-2.96210.28761130.216826182731100
2.9621-3.03620.27811450.224326462791100
3.0362-3.11830.2751280.231526012729100
3.1183-3.21010.29381440.224226352779100
3.2101-3.31370.28841410.213126212762100
3.3137-3.43210.23631360.20225612697100
3.4321-3.56960.25441420.191626692811100
3.5696-3.7320.22481450.186126012746100
3.732-3.92880.19781490.165626092758100
3.9288-4.17490.18591410.15222604274599
4.1749-4.49730.15911230.142326242747100
4.4973-4.94980.15341320.140926162748100
4.9498-5.6660.191390.16092623276299
5.666-7.13830.20171310.186726512782100
7.1383-98.25760.17921520.16612635278799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7295-0.75466.63581.61840.25487.8342-0.00820.6078-0.11810.2141-0.1075-0.48250.01271.42080.14340.2685-0.0193-0.0680.44430.03120.39635.5344-53.215516.526
22.2464-5.41289.31753.658-2.32747.6182-0.08190.54350.0926-0.12940.20150.123-0.64250.06010.02870.3908-0.032-0.01330.48230.16350.4385-16.3144-43.4283-10.0278
39.0017-0.89874.76993.5645-1.93954.961-0.28540.27790.4436-0.22210.12070.4806-0.4668-0.22860.15080.3370.0571-0.05510.41630.08870.4169-22.4415-40.7737-0.8562
43.3408-1.8318-1.99935.79944.035.8553-0.02180.2960.1117-0.2868-0.09860.4879-0.0917-0.74810.08190.312-0.0092-0.05770.45390.1720.4237-27.5438-50.3638-3.8334
54.0139-0.06220.4194.22020.41812.9882-0.1118-0.37350.5980.3797-0.01310.2868-0.599-0.27410.12450.37180.031-0.00370.3532-0.03380.3198-11.7606-40.948419.6372
63.7577-1.07030.97183.29130.83697.8306-0.1119-0.702-0.59510.41070.1632-0.22620.84520.55170.06020.45340.0001-0.07250.30470.07250.3247-2.0666-61.756122.3437
72.66333.30933.87792.8455-0.40865.3040.3818-0.5809-0.46060.07030.08530.29030.3156-0.7464-0.43970.44820.07570.0290.42260.04130.3739-18.323-64.56412.5442
82.2996-0.4512-1.88034.22820.54982.68550.19730.59310.2975-0.2751-0.3499-0.87-0.07990.82910.10510.31420.04730.04180.72960.09370.456218.8157-66.9682-3.6409
92.15716.52572.62745.92921.28171.30650.5188-0.62070.33570.5696-0.40150.21240.1002-0.19020.00120.30850.02740.01590.34870.01750.3409-15.7706-68.7285.3469
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123.45430.1466-0.24531.1019-1.18932.3584-0.16010.0721-0.1507-0.09480.0127-0.11220.31710.23420.16560.34330.06380.04040.3059-0.02940.2605-1.5921-75.96850.581
132.08210.7341-0.55512.1396-1.1262.5717-0.0028-0.174-0.33320.0223-0.3151-0.41610.57360.84390.30380.43470.24650.07180.54130.07090.448810.8536-83.78145.7469
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166.69966.63254.6858.24222.41615.9315-0.24630.7627-0.5214-1.0043-0.0034-0.7810.47980.58950.27690.67430.26870.23160.8978-0.010.498614.8246-80.8103-15.8902
176.52174.32390.85445.4812-0.00353.975-0.19180.5934-0.1944-0.8369-0.1265-0.51020.32940.57870.32720.51490.23040.13390.75050.13850.487311.0665-72.5959-17.5735
184.92785.93112.56749.92714.51954.19930.4387-0.62090.0130.8395-0.3099-0.5452-0.1180.4657-0.14250.3381-0.1157-0.07560.6242-0.00530.387712.1027-40.6094-6.0675
198.17563.93528.35915.68465.58638.90060.3426-0.1366-0.42220.4121-0.13580.01370.9187-0.0408-0.25050.38090.01750.10780.28180.04940.3431-3.2385-68.3107-21.9902
204.74261.97895.02023.68684.81928.32810.07590.5147-0.32840.04270.1004-0.26590.36150.2531-0.14480.27990.01150.07770.3461-0.01370.3016-2.1075-61.2352-30.6631
215.19330.6296-1.46954.7993-0.86535.4949-0.09210.4362-0.1318-0.0280.12540.49260.0168-0.6338-0.02230.24610.03330.01380.3874-0.0410.3236-12.9581-59.7163-28.5351
221.4950.0578-1.20742.89941.43786.7187-0.0535-0.0208-0.1862-0.18520.0841-0.45150.02070.9562-0.03770.2178-0.0125-0.00170.39390.03510.331512.3309-47.6245-27.2126
235.05660.03410.21382.79372.05396.60930.01490.13830.5954-0.5084-0.0553-0.5357-1.06421.06220.03560.4958-0.21950.06640.51340.04950.452315.2086-35.3676-25.8196
248.1571.1613-4.7212.58912.37886.86570.39270.80430.6461-1.6642-0.25220.6124-1.6343-0.3437-0.18160.62990.0207-0.09390.43160.07350.35622.4523-37.7167-35.0366
252.31891.79038.72124.54751.38412.2826-0.2091-0.24480.6992-0.096-0.10430.1206-1.2461-0.27780.50570.5058-0.0182-0.00370.4905-0.0230.45531.0473-29.5764-16.9673
268.75310.3928-1.16196.2835-4.41536.31610.116-1.5467-0.01811.3276-0.1547-0.1744-1.30330.11630.0660.5686-0.13370.01190.6397-0.0970.37833.5477-35.8065-1.383
276.03525.86416.05119.49246.05212.5036-0.1664-0.57410.6203-0.3983-0.38781.3332-0.4246-1.03270.51440.55520.1175-0.06110.630.03460.5229-16.5489-39.0471-25.0875
286.42741.96335.26554.5934.86858.8333-0.4912-0.54610.30240.93310.29860.05260.0754-0.60740.25860.38560.1131-0.00250.49740.11530.5839-24.5533-50.002410.7494
293.1304-3.91674.84794.8788-6.03147.4542-0.2271.561-1.2436-1.26110.2947-0.49080.42061.406-0.07170.5141-0.08860.11460.7255-0.13890.4923-5.7538-85.3499-7.2865
307.21713.1216-3.41837.25174.6237.9544-0.3587-0.16861.3055-0.46450.31370.663-1.1108-0.13780.17370.43030.0534-0.10.3802-0.07290.5025-5.4817-46.9094-30.3304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 987 through 1015 )A987 - 1015
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1016 through 1035 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1036 through 1075 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1076 through 1124 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1125 through 1293 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1294 through 1324 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1325 through 1363 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 988 through 1015 )B988 - 1015
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1016 through 1035 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1036 through 1075 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1076 through 1105 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1106 through 1157 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1158 through 1247 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 1248 through 1269 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 1270 through 1293 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 1294 through 1312 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 1313 through 1347 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 988 through 1015 )C988 - 1015
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1016 through 1035 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1036 through 1075 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 1076 through 1124 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 1125 through 1223 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 1224 through 1269 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 1270 through 1293 )C0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 1294 through 1312 )C0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 1313 through 1335 )C0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 1336 through 1362 )C0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 1 through 4 )H1 - 4
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'I' and (resid 1 through 4 )I1 - 4
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'J' and (resid 1 through 4 )J1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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