+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5eiy | |||||||||
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Title | Bacterial cellulose synthase bound to a substrate analogue | |||||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN / cellulose biosynthesis / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / UDP-glucose metabolic process / cyclic-di-GMP binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Rhodobacter sphaeroides (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.95 Å | |||||||||
Authors | McNamara, J.T. / Zimmer, J. | |||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2016 Title: Observing cellulose biosynthesis and membrane translocation in crystallo. Authors: Morgan, J.L. / McNamara, J.T. / Fischer, M. / Rich, J. / Chen, H.M. / Withers, S.G. / Zimmer, J. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5eiy.cif.gz | 579.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5eiy.ent.gz | 473.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5eiy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5eiy_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5eiy_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | 5eiy_validation.xml.gz | 54 KB | Display | |
Data in CIF | 5eiy_validation.cif.gz | 71.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/5eiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/5eiy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ej1C 5ejzC 4p00S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Putative cellulose ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 90014.742 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (bacteria) Strain: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / Gene: RSP_0333 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q3J125, cellulose synthase (UDP-forming) |
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#2: Protein | Mass: 77013.453 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (bacteria) / Strain: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / Gene: RSP_0332 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q3J126 |
-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 2 molecules D
#3: Protein/peptide | Mass: 783.958 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#4: Polysaccharide | beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 7 types, 20 molecules
#5: Chemical | ChemComp-PLC / | ||||||||
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#6: Chemical | ChemComp-43Y / [( | ||||||||
#7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-660 / [[( | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.36 Å3/Da / Density % sol: 77.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 / Details: sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 1 / Detector: CCD / Date: Oct 15, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→35 Å / Num. obs: 133706 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 5.2 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4P00 Resolution: 2.95→34.92 Å / FOM work R set: 0.7935 / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / Phase error: 28.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 239.95 Å2 / Biso mean: 83.94 Å2 / Biso min: 38.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.95→34.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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