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Yorodumi- PDB-4p00: Bacterial Cellulose Synthase in complex with cyclic-di-GMP and UDP -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p00 | ||||||||||||
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Title | Bacterial Cellulose Synthase in complex with cyclic-di-GMP and UDP | ||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / membrane protein / cellulose biosynthesis / biofilm / cyclic-di-GMP | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / UDP-glucose metabolic process / cyclic-di-GMP binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Rhodobacter sphaeroides (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||||||||
Authors | Morgan, J.L.W. / McNamara, J.T. / Zimmer, J. | ||||||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2014 Title: Mechanism of activation of bacterial cellulose synthase by cyclic di-GMP. Authors: Morgan, J.L. / McNamara, J.T. / Zimmer, J. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4p00.cif.gz | 570.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4p00.ent.gz | 467.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4p00.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4p00_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4p00_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | 4p00_validation.xml.gz | 49.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4p00_validation.cif.gz | 66.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p00 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Cellulose Synthase ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 90014.742 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (bacteria) / Strain: 2.4.1 / Gene: RSP_0333 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q3J125, cellulose synthase (UDP-forming) |
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#2: Protein | Mass: 76636.938 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (bacteria) / Strain: 2.4.1 / Gene: RSP_0332 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q3J126 |
-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 2 molecules D
#3: Protein/peptide | Mass: 783.958 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (bacteria) / Strain: 2.4.1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#4: Polysaccharide | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 5 types, 6 molecules
#5: Chemical | ChemComp-UDP / | ||||||
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#6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-MG / | #8: Chemical | ChemComp-PLC / | #9: Chemical | ChemComp-3PE / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.8 Å3/Da / Density % sol: 74.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 303 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.65-1.9 M Sodium Acetate, 100 mM Sodium Citrate (pH 3-3.5) PH range: 3-3.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.033 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 16, 2013 |
Radiation | Monochromator: Double crystal cryo-cooled / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→49.62 Å / Num. obs: 53311 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 8.7 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.3 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.085 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2→48.98 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1 / Phase error: 23.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→48.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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