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万見
- PDB-5ejs: Structure of Dictyostelium Discoideum Myosin VII MyTH4-FERM MF2 d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ejs
タイトルStructure of Dictyostelium Discoideum Myosin VII MyTH4-FERM MF2 domain, mutant 1
要素Myosin-I heavy chain
キーワードMOTOR PROTEIN / Myosin / motor myosin / myosin tail / MyTH4-FERM
機能・相同性
機能・相同性情報


spore germination / actin filament-based movement / filopodium tip / filopodium assembly / myosin complex / microfilament motor activity / cell-substrate adhesion / cell leading edge / cytoskeletal motor activity / phagocytic cup ...spore germination / actin filament-based movement / filopodium tip / filopodium assembly / myosin complex / microfilament motor activity / cell-substrate adhesion / cell leading edge / cytoskeletal motor activity / phagocytic cup / phagocytosis / filopodium / actin filament organization / cell morphogenesis / endocytosis / : / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / cell cortex / microtubule binding / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / Variant SH3 domain / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain ...MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / Variant SH3 domain / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Kinesin motor domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-I heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Planelles-Herrero, V.J. / Sirkia, H. / Sourigues, Y. / Titus, M.A. / Houdusse, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Myosin MyTH4-FERM structures highlight important principles of convergent evolution.
著者: Planelles-Herrero, V.J. / Blanc, F. / Sirigu, S. / Sirkia, H. / Clause, J. / Sourigues, Y. / Johnsrud, D.O. / Amigues, B. / Cecchini, M. / Gilbert, S.P. / Houdusse, A. / Titus, M.A.
履歴
登録2015年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-I heavy chain
B: Myosin-I heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,4102
ポリマ－114,4102
非ポリマー00
水6,161342
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area47730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.170, 158.840, 194.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Myosin-I heavy chain / Class VII unconventional myosin / DdMVII / DdM7


分子量: 57204.969 Da / 分子数: 2 / 変異: K1181E, R1882E, K1909E, K1912E, K1913E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: myoI, DDB_G0274455 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q9U1M8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 11.9% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→46.51 Å / Num. obs: 35131 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.9 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 26.42
反射 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.1精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER2.5.6位相決定
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EJR

5ejr


解像度: 2.7→38.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9273 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9122 / SU R Cruickshank DPI: 1.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.595 / SU Rfree Blow DPI: 0.31 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.308
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2354 1756 5 %RANDOM
Rwork0.2055 ---
obs0.2069 35131 99.24 %-
原子変位パラメータBiso max: 232.39 Å2 / Biso mean: 79.33 Å2 / Biso min: 24.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.5984 Å20 Å20 Å2
2---16.3177 Å20 Å2
3---6.7192 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.465 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→38.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7927 0 0 342 8269
Biso mean---59.25 -
残基数----981
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2887SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes232HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1126HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8089HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1109SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9232SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8089HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10934HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.73
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3328 127 5.01 %
Rwork0.2872 2406 -
all0.2895 2533 -
obs--99.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3517-0.21260.08070.07280.00882.9095-0.03-0.11380.01330.13250.1694-0.0216-0.632-0.0482-0.1394-0.04630.09220.1139-0.29940.0144-0.0633-0.046820.99454.3144
21.8996-0.65550.40951.41160.56483.0919-0.1944-0.1511-0.01430.58380.1741-0.20230.2944-0.13180.0203-0.13340.1395-0.1257-0.3672-0.0337-0.138119.4511-20.9339-5.0916
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1854 - 2360
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1855 - 2359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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