PDB-5eiq: Human OSCAR ligand-binding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eiq

タイトル

Human OSCAR ligand-binding domain

要素

Osteoclast-associated immunoglobulin-like receptor

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin-like / collagen binding / immune receptor / osteoclast / BALBES NMR

機能・相同性

機能・相同性情報

collagen receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / osteoclast differentiation / specific granule lumen / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / tertiary granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Hinerman, J.M. / Conrady, D.G. / Herr, A.B.

引用

ジャーナル: Blood / 年: 2016
タイトル: Structural basis for collagen recognition by the immune receptor OSCAR.
著者: Zhou, L. / Hinerman, J.M. / Blaszczyk, M. / Miller, J.L. / Conrady, D.G. / Barrow, A.D. / Chirgadze, D.Y. / Bihan, D. / Farndale, R.W. / Herr, A.B.

履歴

登録	2015年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eiq.cif.gz	91.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eiq.ent.gz	67.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eiq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eiq_validation.pdf.gz	420 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eiq_full_validation.pdf.gz	420.8 KB	表示
XML形式データ	5eiq_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	5eiq_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/5eiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/5eiq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eivC 3p2tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xjz-4 1grj-d 6efb-d 1k1b-d 5h79-2 2vrr-d 1tlk-1 1y66-d 3c1d-2 3o5n-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Osteoclast-associated immunoglobulin-like receptor

20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.938, 48.486, 74.945
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.820, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Monomer confirmed by analytical ultracentrifugation

#1: タンパク質	Osteoclast-associated immunoglobulin-like receptor / hOSCAR / Polymeric immunoglobulin receptor 3 / Poly-Ig receptor 3 分子量: 20731.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OSCAR / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IYS5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M NaCitrate pH 5.0, 30% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.006→48.486 Å / Num. all: 12996 / Num. obs: 12996 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.35 Å² / R_pim(I) all: 0.1 / R_rim(I) all: 0.19 / R_sym value: 0.128 / Net I/av σ(I): 4.885 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 47065

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.01-2.11	3.6	0.65	1.9	6805	1882	0.489	0.65	1.9	98.4
2.11-2.24	3.6	0.449	1.6	6474	1786	0.347	0.449	2.8	98.1
2.24-2.4	3.7	0.363	1.9	5984	1636	0.273	0.363	3.7	98.4
2.4-2.59	3.7	0.283	2.4	5783	1567	0.215	0.283	4.8	99.6
2.59-2.84	3.7	0.186	3.4	5327	1444	0.139	0.186	6.9	99.9
2.84-3.17	3.6	0.118	5.5	4773	1308	0.091	0.118	9.4	99.8
3.17-3.66	3.6	0.073	8.7	4194	1174	0.059	0.073	13.6	99.6
3.66-4.48	3.6	0.058	10.6	3571	1005	0.05	0.058	16.6	99.6
4.48-6.34	3.5	0.055	10.4	2654	752	0.045	0.055	18.5	99.4
6.34-48.486	3.4	0.047	11.8	1500	442	0.042	0.047	18.9	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER-TNT		精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
BALBES		位相決定
BUSTER	2.10.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3P2T

3p2t

解像度: 2.01→40.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9403 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9113 / SU R Cruickshank DPI: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.191 / SU R_free Blow DPI: 0.159 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.156

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2187	625	4.85 %	RANDOM
R_work	0.1788	-	-	-
obs	0.1808	12884	99.02 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.35 Å² / B_iso mean: 32.54 Å² / B_iso min: 7.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.0363 Å²	0 Å²	1.932 Å²
2-	-	5.8832 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8469 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.247 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.01→40.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1464	0	0	155	1619
B_iso mean	-	-	-	35.98	-
残基数	-	-	-	-	188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	477	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	24	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	226	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1516	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	183	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1736	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1516	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2081	HARMONIC	2	1.01
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				4.01
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				13.89

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.2 Å / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	138	4.54 %
R_work	0.211	2901	-
all	0.2117	3039	-
obs	-	-	99.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8282	-0.2325	0.8501	1.6638	-0.6959	1.7212	-0.052	0.0603	0.077	0.085	0.0519	-0.1449	-0.0919	0.0889	0.0001	-0.1327	0.0084	0.0299	-0.053	-0.0044	-0.101	12.3717	-0.9217	1.2556
2	0.9812	-0.008	-0.1191	2.8226	-0.5536	0.7748	-0.001	-0.1608	-0.0948	0.0155	-0.0817	-0.0291	-0.0037	-0.0924	0.0827	-0.0464	0.0001	0.0136	0.0729	0.0013	-0.0964	12.2385	-6.2302	8.1076
3	3.9997	0.5131	1.8219	3.1764	0.0046	1.6916	-0.0192	-0.1522	0.1151	0.2464	0.0071	-0.0255	-0.0416	-0.1734	0.0122	-0.0319	-0.013	0.0568	0.0054	-0.0067	-0.0596	8.3295	1.3505	2.9171
4	2.4424	-1.4406	1.3156	2.1986	-1.3191	3.644	-0.0419	0.3204	0.1258	-0.5997	-0.1083	0.1388	-0.2439	0.1936	0.1502	0.1727	-0.0013	-0.0983	-0.0726	0.0164	-0.1938	4.224	11.3168	-29.2713

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|3 - 42}	A	3 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|48 - 58}	A	48 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|59 - 101}	A	59 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|102 - 190}	A	102 - 190

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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