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万見
- PDB-5eiv: Crystal structure of complex of osteoclast-associated immunoglobu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eiv
タイトルCrystal structure of complex of osteoclast-associated immunoglobulin-like receptor (OSCAR) and a synthetic collagen consensus peptide
要素
  • GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
  • Osteoclast-associated immunoglobulin-like receptor
  • PRO-GLY-PRO-PRO-GLY-PRO-PRO
キーワードIMMUNE SYSTEM / oscar / collagen / immunoglobulin / triple helix / structural protein
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / osteoclast differentiation / specific granule lumen / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / tertiary granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Osteoclast-associated immunoglobulin-like receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.414 Å
データ登録者Zhou, L. / Blaszczyk, M. / Chirgadze, D. / Bihan, D. / Farndale, R.W.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2016
タイトル: Structural basis for collagen recognition by the immune receptor OSCAR.
著者: Zhou, L. / Hinerman, J.M. / Blaszczyk, M. / Miller, J.L. / Conrady, D.G. / Barrow, A.D. / Chirgadze, D.Y. / Bihan, D. / Farndale, R.W. / Herr, A.B.
履歴
登録2015年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Osteoclast-associated immunoglobulin-like receptor
B: Osteoclast-associated immunoglobulin-like receptor
C: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
D: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
E: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
F: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
G: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
H: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
I: PRO-GLY-PRO-PRO-GLY-PRO-PRO
J: PRO-GLY-PRO-PRO-GLY-PRO-PRO
K: PRO-GLY-PRO-PRO-GLY-PRO-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,00623
ポリマ－57,96811
非ポリマー1,03812
水5,747319
1
A: Osteoclast-associated immunoglobulin-like receptor
B: Osteoclast-associated immunoglobulin-like receptor
C: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
D: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
E: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
F: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
G: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
H: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,97419
ポリマ－55,9718
非ポリマー1,00311
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: PRO-GLY-PRO-PRO-GLY-PRO-PRO
J: PRO-GLY-PRO-PRO-GLY-PRO-PRO
K: PRO-GLY-PRO-PRO-GLY-PRO-PRO
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 2.03 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0334
ポリマ－1,9973
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.707, 136.585, 70.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 9分子 CDEFGHIJK

#2: タンパク質・ペプチド
GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PHE-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP


分子量: 1897.007 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド PRO-GLY-PRO-PRO-GLY-PRO-PRO


分子量: 665.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Osteoclast-associated immunoglobulin-like receptor / hOSCAR / Polymeric immunoglobulin receptor 3 / Poly-Ig receptor 3


分子量: 22294.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OSCAR / プラスミド: pCEP-Pu / 詳細 (発現宿主): C-terminal His tag / 細胞株 (発現宿主): HEK293 EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IYS5
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 329分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: Ammonium Sulphate, Sodium Citate, Glycerol, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.33
反射解像度: 2.414→136.585 Å / Num. all: 28164 / Num. obs: 28164 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.149 / Rsym value: 0.127 / Net I/av σ(I): 5.692 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 190535
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.41-2.546.40.681.12613940830.3210.682.3100
2.54-2.76.80.4821.62649738890.2170.4823.4100
2.7-2.8870.3022.52539536420.1330.3025.5100
2.88-3.126.80.2253.32317133980.1010.2257.2100
3.12-3.416.80.145.32127031260.0630.1411.4100
3.41-3.826.80.10471916828310.0460.1041599.8
3.82-4.416.80.0769.11716325150.0330.07620.799.9
4.41-5.46.80.06410.51447921170.0280.06423.699.9
5.4-7.636.80.06910.31122816420.030.06921.7100
7.63-136.5856.50.04811.560259210.0220.0482899.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5eiq

5eiq


解像度: 2.414→70.584 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.61 / 位相誤差: 33.37 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 1417 5.04 %
Rwork0.1738 26715 -
obs0.1765 28132 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.44 Å2 / Biso mean: 33.2623 Å2 / Biso min: 18.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.414→70.584 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3731 0 56 319 4106
Biso mean--38.33 32.65 -
残基数----504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3095456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2741473
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4138-2.50010.29911570.24032642279994
2.5001-2.60020.27991350.22952691282695
2.6002-2.71850.27061330.21132667280095
2.7185-2.86180.2621290.20552643277295
2.8618-3.04110.25621300.20292690282095
3.0411-3.27590.25811420.18582678282095
3.2759-3.60560.22291290.17862661279095
3.6056-4.12730.20971590.15042659281894
4.1273-5.19970.16171330.12562684281795
5.1997-68.31980.19131680.16952700286894

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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