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- PDB-3ukg: Crystal structure of Rap1/DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ukg
タイトルCrystal structure of Rap1/DNA complex
要素
  • (telomeric DNA) x 2
  • DNA-binding protein RAP1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / double Myb / transcription regulation / telomeres length regulation / telomeres protection / nucleus / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / G-quadruplex DNA formation / telomeric G-quadruplex DNA binding / protection from non-homologous end joining at telomere / establishment of protein localization to telomere / telomere maintenance via telomere lengthening / establishment of protein localization to chromatin / shelterin complex / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding ...positive regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / G-quadruplex DNA formation / telomeric G-quadruplex DNA binding / protection from non-homologous end joining at telomere / establishment of protein localization to telomere / telomere maintenance via telomere lengthening / establishment of protein localization to chromatin / shelterin complex / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of glycolytic process / DNA binding, bending / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / telomeric DNA binding / TFIID-class transcription factor complex binding / subtelomeric heterochromatin formation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / telomere maintenance / TBP-class protein binding / protein-DNA complex / histone binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rap1, DNA-binding domain / Rap1, DNA-binding / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal domain superfamily / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1 - C terminal domain / TE2IP/Rap1 / BRCT domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain ...Rap1, DNA-binding domain / Rap1, DNA-binding / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal domain superfamily / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1 - C terminal domain / TE2IP/Rap1 / BRCT domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / breast cancer carboxy-terminal domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Homeodomain-like / SANT/Myb domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding protein RAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Matot, B. / Le Bihan, Y.-V. / Gasparini, S. / LeDu, M.H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The orientation of the C-terminal domain of the Saccharomyces cerevisiae Rap1 protein is determined by its binding to DNA.
著者: Matot, B. / Le Bihan, Y.V. / Lescasse, R. / Perez, J. / Miron, S. / David, G. / Castaing, B. / Weber, P. / Raynal, B. / Zinn-Justin, S. / Gasparini, S. / Le Du, M.H.
履歴
登録2011年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Database references
改定 1.22012年5月9日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein RAP1
C: telomeric DNA
D: telomeric DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4754
ポリマ－47,4353
非ポリマー401
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area22490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.595, 102.944, 116.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein RAP1 / Repressor/activator site-binding protein / SBF-E / TUF


分子量: 28368.781 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Binding domain, UNP residues 360-601 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAP1, GRF1, TUF1, YNL216W, N1310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11938
#2: DNA鎖 telomeric DNA


分子量: 9398.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 telomeric DNA


分子量: 9668.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM Tris-HCl pH 8.0, 20% (v/v) PEGmme-550, 100mM CaCl2, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→35.93 Å / Num. obs: 10759 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 53.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IGN

1ign


解像度: 2.95→35.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9021 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2653 961 8.93 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
obs0.1978 10759 --
原子変位パラメータBiso mean: 78.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.8468 Å20 Å20 Å2
2--20.4615 Å20 Å2
3----8.6147 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.452 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→35.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 1271 1 12 3138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013329HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.484766HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1411SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes49HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes343HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3329HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.16
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion424SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3530SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.3 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2943 266 9.14 %
Rwork0.2228 2645 -
all0.2291 2911 -
精密化 TLS

T11: -0.304 Å2 / T33: 0.304 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.76240.35372.91043.6562.91046.24540.23840.3329-0.4997-0.4133-0.27920.51510.5442-0.54420.04090.03260.00950.016-0.152-24.7288.9443-24.804
25.2412.1284-0.044.06850.03310.36470.03960.54420.5442-0.3837-0.1176-0.3025-0.53780.04920.0780.0191-0.00990.18240.0195-4.02435.065-16.8153
32.55941.55550.24683.0414-0.03632.12420.256-0.0253-0.54420.5442-0.2521-0.06080.5442-0.0048-0.0039-0.01980.0206-0.3040.0057-19.53575.9875-7.6423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|360 - A|447 }A360 - 447
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|448 - A|479 A|499 - A|601 }A448 - 479
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|448 - A|479 A|499 - A|601 }A499 - 601
4X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 -C|31 D|1 - D|31 }D1 - 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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