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万見
- PDB-6y42: Crystal Structure of RsrR complexed to a 39 basepair DNA fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y42
タイトルCrystal Structure of RsrR complexed to a 39 basepair DNA fragment of the rsrR promoter
要素
  • (DNA (39-MER)) x 2
  • Rrf2 family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / REDOX SENSOR / IRON SULFUR CLUSTER / DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / Rrf2 family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
Streptomyces venezuelae ATCC 10712 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-18-CE11-0010 フランス
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-02 フランス
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Electron and Proton Transfers Modulate DNA Binding by the Transcription Regulator RsrR.
著者: Crack, J.C. / Amara, P. / Volbeda, A. / Mouesca, J.M. / Rohac, R. / Pellicer Martinez, M.T. / Huang, C.Y. / Gigarel, O. / Rinaldi, C. / Le Brun, N.E. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the Transcription Regulator RsrR Reveals a [2Fe-2S] Cluster Coordinated by Cys, Glu, and His Residues.
著者: Volbeda, A. / Martinez, M.T.P. / Crack, J.C. / Amara, P. / Gigarel, O. / Munnoch, J.T. / Hutchings, M.I. / Darnault, C. / Le Brun, N.E. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rrf2 family transcriptional regulator
B: Rrf2 family transcriptional regulator
E: DNA (39-MER)
F: DNA (39-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1306
ポリマ－58,7784
非ポリマー3522
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12620 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area24860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.370, 197.370, 73.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Rrf2 family transcriptional regulator


分子量: 17385.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (バクテリア)
遺伝子: SVEN_6563 / プラスミド: pGS-21a / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: F2RGC9
#2: DNA鎖 DNA (39-MER)


分子量: 12127.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces venezuelae ATCC 10712 (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (39-MER)


分子量: 11878.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces venezuelae ATCC 10712 (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: NaCl, MgCl2, CaCl2, PEG1000, PEG3350, MES, anaerobic (in glove box)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→49.34 Å / Num. obs: 6038 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 4.3→4.45 Å / Rmerge(I) obs: 2.13 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3563 / CC1/2: 0.36 / Rpim(I) all: 0.988 / Rrim(I) all: 2.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6hsd

6hsd


解像度: 4.3→49.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 132.744 / SU ML: 1.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.077
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3002 330 5.5 %RANDOM
Rwork0.2668 ---
obs0.2684 5671 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 387.16 Å2 / Biso mean: 253.122 Å2 / Biso min: 185.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.17 Å21.08 Å20 Å2
2--2.17 Å20 Å2
3----7.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.3→49.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2282 1476 8 0 3766
Biso mean--237.54 --
残基数----390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0124179
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0183080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1071.4385740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3061.9577162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4335316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.83220.56289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.41815348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0981517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02797
LS精密化 シェル解像度: 4.3→4.411 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.499 28 -
Rwork0.454 386 -
all-414 -
obs--97.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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