PDB-5ehs: Crystal structure of the Drosophila CG3822 KaiR1D ligand binding ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ehs

タイトル

Crystal structure of the Drosophila CG3822 KaiR1D ligand binding domain complex with D-AP5

要素

RE06730p,GH17276

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of glutamate secretion, neurotransmission / regulation of synaptic activity / positive regulation of neuromuscular synaptic transmission / glutamate receptor activity / presynaptic active zone / kainate selective glutamate receptor activity / calcium ion import across plasma membrane / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Drosophila grimshawi (ハエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.749 Å

データ登録者

Dharkar, P. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2016
タイトル: Novel Functional Properties of Drosophila CNS Glutamate Receptors.
著者: Li, Y. / Dharkar, P. / Han, T.H. / Serpe, M. / Lee, C.H. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2015年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ehs.cif.gz	312.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ehs.ent.gz	259.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ehs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5ehs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5ehs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dt6C 5dtbC 5ehmSC 5ictC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kvw-1 2qs3-2 2gtp-1 2ode-1 3bwg-1 7kq6-1 3vf4-d 7kcp-d 2f34-4 2f35-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (9) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: RE06730p,GH17276

B: RE06730p,GH17276

ヘテロ分子

60.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.700, 54.700, 147.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	RE06730p,GH17276 分子量: 29836.039 Da / 分子数: 2 断片: unp residues 411-526; unp residues 650-794,unp residues 411-526; unp residues 650-794 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ), (組換発現) Drosophila grimshawi (ハエ) 遺伝子: CG3822, Dgri\GH17276, Dgri_GH17276, GH17276 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: Q8MS48, UniProt: B4JUF1
#2: 化合物	ChemComp-2JJ / 5-phosphono-D-norvaline / D-AP-5 タイプ: D-peptide linking / 分子量: 197.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂NO₅P / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物	ChemComp-5OY / 5-phosphono-L-norvaline / (2~{S})-2-azanyl-5-phosphono-pentanoic acid / L-AP5 分子量: 197.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂NO₅P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: Buffer 150 NaCl 10 HEPES pH 7.5 20 mM DL-AP5 2 mM EDTA Reservoir 19% PEG 1K 0.1 M Na Citrate pH 6.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 97494 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 24.14
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1-2155_1692: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EHM

5ehm

解像度: 1.749→39.889 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2338	4580	4.7 %	Random
R_work	0.1875	-	-	-
obs	0.1897	97494	97.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.749→39.889 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4054	0	48	326	4428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	4229
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.13	5715
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.518	2553
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	630
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	726

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7494-1.7693	0.3436	84	0.2725	2306	X-RAY DIFFRACTION	69
1.7693-1.7901	0.2602	182	0.2527	2586	X-RAY DIFFRACTION	85
1.7901-1.8119	0.2503	118	0.2495	2884	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8119-1.8348	0.2898	168	0.239	2942	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8348-1.859	0.2771	190	0.2482	3042	X-RAY DIFFRACTION	97
1.859-1.8844	0.2857	202	0.2377	3124	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8844-1.9114	0.2727	120	0.2302	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9114-1.9399	0.3147	148	0.2214	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9399-1.9702	0.2638	128	0.2265	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9702-2.0025	0.269	184	0.2251	3116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0025-2.037	0.2686	128	0.2188	3188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.037-2.0741	0.2444	132	0.2043	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0741-2.114	0.2715	184	0.2176	3222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.114-2.1571	0.2909	184	0.2067	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1571-2.204	0.2049	148	0.2035	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.204-2.2553	0.2445	160	0.1848	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2553-2.3117	0.2093	156	0.1881	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3117-2.3742	0.2487	184	0.1919	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3742-2.444	0.2172	148	0.1891	3116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.444-2.5229	0.2436	172	0.1931	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5229-2.613	0.2809	96	0.1973	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.613-2.7176	0.2918	148	0.2015	3178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7176-2.8413	0.297	128	0.1987	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8413-2.991	0.2419	176	0.1962	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.991-3.1784	0.2418	176	0.1944	3168	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1784-3.4237	0.2573	116	0.1812	3272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4237-3.768	0.2255	178	0.1616	3044	X-RAY DIFFRACTION	99
3.768-4.3126	0.157	172	0.1429	3130	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3126-5.4313	0.1496	168	0.1301	3122	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4313-39.8992	0.2301	102	0.169	3122	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6369	-0.0804	-0.1561	1.1022	0.0165	0.6383	0.1626	0.0871	0.2629	0.4006	-0.106	-0.1295	-0.3207	-0.0811	0.0021	0.2695	0.0148	0.0126	0.0301	0.0591	0.1984	41.3297	41.3112	18.2128
2	0.9005	-0.1909	-0.2513	0.9864	-0.0073	0.7087	0.0176	-0.002	0.086	-0.0258	0.0651	-0.1881	-0.1035	-0.1502	-0.0497	0.1983	0.1022	0.0107	0.2741	0.0256	0.151	54.665	32.7536	-5.1251
3	1.2119	0.2655	0.3142	1.125	-0.1332	1.279	0.0651	0.2296	0.0655	0.0369	-0.1638	0.045	-0.0885	-0.2171	0.0004	0.1313	0.0573	0.004	0.1757	0.0111	0.0881	33.3965	34.6619	11.9721
4	0.6739	0.0588	0.2017	0.6607	-0.1442	0.6348	-0.0303	0.1281	-0.5082	0.1539	-0.1513	0.2036	0.4132	-0.0537	-0.1236	0.2282	-0.0141	0.104	-0.0885	-0.1931	0.3327	37.1702	7.655	15.1575
5	0.3241	0.0138	0.2116	0.4088	0.1931	0.9088	-0.0601	0.0595	-0.019	-0.1853	-0.111	0.2051	0.0326	-0.2787	-0.0152	0.2056	0.0545	-0.0768	0.4197	-0.2659	0.1834	28.5037	18.9414	-7.6161
6	1.1689	0.2012	-0.3509	0.8676	0.1843	1.2435	-0.0071	0.1793	-0.1711	0.1144	-0.1089	0.0358	0.1348	0.1044	0.0463	0.1452	0.0471	0.0129	0.1494	-0.0209	0.114	46.7684	15.3524	12.3686

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:113 )	A	5 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 114:221 )	A	114 - 221
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 222:264 )	A	222 - 264
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 5:111 )	B	5 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 112:223 )	B	112 - 223
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 224:262 )	B	224 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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