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- PDB-7kcp: Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in Complex with Adenos... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kcp | ||||||
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Title | Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in Complex with Adenosine-5'-propylphosphate from Coccidioides posadasii C735 | ||||||
![]() | Acetyl-coenzyme A synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / SSGCID / Coccidioides posadasii / Acetyl CoenzymeA Synthetase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Coccidioides posadasii | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: to be published Authors: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Krysan, D.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 260.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 204.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 848.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 853.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ifiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 78491.891 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: C735 / Gene: CPC735_049370 / Plasmid: pEMB7013 / Production host: ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-PRX / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-MG / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: RigakuReagents Morpheus screen, a6:10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.03M divalent cations (MgCl2, CaCl2), 0.1M MOPS/HEPES-Na pH7.5; CopoA.00629.a.FS11.PD00403 at 10 mg/ml, 1mM ...Details: RigakuReagents Morpheus screen, a6:10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.03M divalent cations (MgCl2, CaCl2), 0.1M MOPS/HEPES-Na pH7.5; CopoA.00629.a.FS11.PD00403 at 10 mg/ml, 1mM TCEP, 1mM BSI5663/Propyl-AMP; cryo: direct; tray 313285a6, puck ejj3-4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 41158 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9 % / Biso Wilson estimate: 38.244 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 20.04 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5IFI Resolution: 2.15→36.26 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 132.1 Å2 / Biso mean: 42.8062 Å2 / Biso min: 14.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→36.26 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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