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Yorodumi- PDB-5ifi: CRYSTAL STRUCTURE OF ACETYL-COA SYNTHETASE IN COMPLEX WITH ADENOS... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ifi | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF ACETYL-COA SYNTHETASE IN COMPLEX WITH ADENOSINE-5'-PROPYLPHOSPHATE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS H99 | ||||||
Components | Acetyl-coenzyme A synthetase | ||||||
Keywords | LIGASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / BERYLLIUM / SYNTHETASE / ACS1 / PRX / PROPYL-AMP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / SSGCID / Fox III, D. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mutz, M.W. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in complex with Adenosine-5'-propylphosphate from Cryptococcus neoformans H99 Authors: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / SSGCID / Fox III, D. / Edwards, T.E. / Potts, K.T. / Lorimer, D.D. / Mutz, M.W. / Numa, M.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ifi.cif.gz | 751.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ifi.ent.gz | 616 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ifi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1ry2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 77475.750 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (fungus) Strain: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / Gene: CNAG_00797 / Plasmid: PEMB7013 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ...Details: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ADENOSINE-5'- PROPYLPHOSPHATE AND COA WERE ADDED TO THE PROTEIN SOLUTION AND INCUBATED FOR 5 MINUTES BEFORE SETTING UP TRIALS. CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN/LIGAND IN WIZARD 1 AND 2 SCREEN CONDITION E8 (10% W/V PEG8,000, 0.1M NA/K PHOSPHATE PH6.2) AND CRYO-PROTECTED IN 20% ETHYLENE GLYCOL. CRYSTAL ID 269918E8 DIT9-1 APS 21-ID-F), PH 6.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K PH range: 6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.9786 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 17, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 159980 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 34.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.96 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1RY2 Resolution: 1.95→41.84 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 24.45
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→41.84 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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