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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ifi | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ACETYL-COA SYNTHETASE IN COMPLEX WITH ADENOSINE-5'-PROPYLPHOSPHATE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS H99 | ||||||
要素 | Acetyl-coenzyme A synthetase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / BERYLLIUM (ベリリウム) / SYNTHETASE / ACS1 / PRX / PROPYL-AMP / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / SSGCID / Fox III, D. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mutz, M.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in complex with Adenosine-5'-propylphosphate from Cryptococcus neoformans H99 著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / SSGCID / Fox III, D. / Edwards, T.E. / Potts, K.T. / Lorimer, D.D. / Mutz, M.W. / Numa, M.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ifi.cif.gz | 751.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ifi.ent.gz | 616 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ifi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ry2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77475.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_00797 / プラスミド: PEMB7013 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ...詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ADENOSINE-5'- PROPYLPHOSPHATE AND COA WERE ADDED TO THE PROTEIN SOLUTION AND INCUBATED FOR 5 MINUTES BEFORE SETTING UP TRIALS. CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN/LIGAND IN WIZARD 1 AND 2 SCREEN CONDITION E8 (10% W/V PEG8,000, 0.1M NA/K PHOSPHATE PH6.2) AND CRYO-PROTECTED IN 20% ETHYLENE GLYCOL. CRYSTAL ID 269918E8 DIT9-1 APS 21-ID-F), PH 6.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K PH範囲: 6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 159980 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 34.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.96 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1RY2 解像度: 1.95→41.84 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.45
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.84 Å
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拘束条件 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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