PDB-5eai: Crystal Structure of NAD(P)H dehydrogenase, quinone 1 complexed w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eai

タイトル

Crystal Structure of NAD(P)H dehydrogenase, quinone 1 complexed with a chemotherapeutic naphthoquinone E6a

要素

NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NQO1 / two-electron reduction of Quinone / NAD(P)H dehydrogenase / dimeric naphthoquinone

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / vitamin K metabolic process / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Pidugu, L.S. / Mbimba, J.E. / Ahmad, M. / Pozharski, E. / Sausville, E.A. / Emadi, A. / Toth, E.A.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: A direct interaction between NQO1 and a chemotherapeutic dimeric naphthoquinone.
著者: Pidugu, L.S. / Mbimba, J.C. / Ahmad, M. / Pozharski, E. / Sausville, E.A. / Emadi, A. / Toth, E.A.

履歴

登録	2015年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5eai.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5eai_validation.pdf.gz	5.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eai_full_validation.pdf.gz	5.2 MB	表示
XML形式データ	5eai_validation.xml.gz	129.7 KB	表示
CIF形式データ	5eai_validation.cif.gz	169.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/5eai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/5eai	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ea2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2f1o-2 1d4a-1 1dxo-1 5a4k-1 6fy4-1 1kbo-2 3jsx-3 2f1o-1 2f1o-3 1h69-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

E: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

F: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

G: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

H: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

I: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

J: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

K: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

L: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

M: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

N: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

450 kDa, 14 ポリマー
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1

A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64 kDa, 2 ポリマー
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3

E: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

F: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

H: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.4 kDa, 2 ポリマー
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5

I: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

J: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64 kDa, 2 ポリマー
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6

K: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

L: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.4 kDa, 2 ポリマー
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7

M: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

N: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.600, 210.770, 228.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1 / Azoreductase / DT-diaphorase / DTD / Menadione reductase / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / ...Azoreductase / DT-diaphorase / DTD / Menadione reductase / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / Phylloquinone reductase / Quinone reductase 1 / QR1 分子量: 31199.922 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NQO1, DIA4, NMOR1 / プラスミド: 19-PPS 詳細 (発現宿主): pET19b with a prescission protease cleave site inserted 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P15559, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-E6A / (2~{R},3~{R})-2-[(2~{S},3~{S})-3-bromanyl-1,4-bis(oxidanylidene)-2,3-dihydronaphthalen-2-yl]-3-oxidanyl-2,3-dihydronaphthalene-1,4-dione 分子量: 413.218 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₃BrO₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, sodium potassium tartarate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→95.67 Å / Num. obs: 102839 / B_iso Wilson estimate: 71.98 Å² / R_sym value: 0.116

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→95.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9173 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8995 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.338

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	4972	4.84 %	RANDOM
R_work	0.1832	-	-	-
obs	0.185	102741	99.94 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3211 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	23.9954 Å²	0 Å²
3-	-	-	-23.6743 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.422 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→95.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30099	0	872	50	31021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	31861	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.13	43245	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		10882	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		692	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		5076	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		31861	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.92
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.65
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		4017	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		36113	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3025	354	4.72 %
R_work	0.2517	7147	-
all	0.254	7501	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2454	-0.0063	-0.1424	3.2934	-0.1272	0.945	0.1313	-0.1125	0.0829	0.2615	-0.0821	0.0054	-0.0716	0.1029	-0.0493	0.1005	-0.0719	-0.0039	-0.0915	-0.0653	-0.2035	-24.2014	17.6576	-17.7094
2	1.05	0.5846	-0.2838	3.6145	0.0155	1.3921	0.0278	0.0769	0.2098	-0.5954	0.0184	0.7223	-0.0151	-0.0747	-0.0462	0.0514	0.0263	-0.123	-0.1889	-0.0065	-0.0514	-39.5624	17.5495	-33.4547
3	1.916	0.3897	-0.3154	3.9568	0.1268	1.5781	0.1041	0.0857	0.2108	-0.2257	-0.1193	0.1738	0.1975	-0.1421	0.0152	-0.0695	0.0039	-0.0379	-0.047	-0.0087	-0.1951	-62.5463	16.517	-95.2298
4	1.909	0.0633	-0.5538	2.9772	-0.1639	1.1533	0.1465	-0.2586	0.166	0.5759	-0.1825	-0.5624	0.0917	0.214	0.036	-0.0438	-0.0513	-0.0869	-0.0677	-0.0125	-0.0874	-46.9971	18.6646	-79.5326
5	2.1211	0.2997	0.2576	3.7332	-0.1653	1.2369	-0.1899	0.1845	-0.0869	-0.3513	0.0414	0.2803	-0.2112	0.094	0.1485	-0.1579	-0.0481	-0.0341	-0.0941	-0.0107	-0.0337	-37.197	-25.7305	-32.0649
6	2.025	0.0588	0.1815	2.6054	-0.1597	1.2456	0.0234	-0.4103	-0.1021	0.6274	-0.0999	0.1474	-0.0946	-0.122	0.0765	-0.0629	-0.0613	0.0642	-0.0762	0.0627	-0.0666	-38.79	-28.7434	-10.2233
7	3.5157	-0.8413	-0.0278	2.375	-0.7201	1.5595	0.0958	0.6459	-0.1266	-0.524	-0.1818	0.0739	0.2854	0.0793	0.086	0.0046	0.1278	0.0524	-0.0271	0.0455	-0.2484	-18.1152	-41.2276	-99.2691
8	3.5966	-1.2765	0.161	4.1066	-0.4853	0.8173	-0.1259	-0.4252	0.1129	0.1606	0.1013	0.1938	-0.1391	0.1319	0.0246	-0.071	0.0497	0.1099	-0.0226	0.0833	-0.2473	-16.0091	-38.2563	-77.4003
9	1.7305	0.3186	0.1106	3.1027	-0.1712	1.0279	-0.0393	-0.2191	-0.1404	0.2983	-0.1059	0.1174	0.0847	-0.0787	0.1452	0.0034	-0.0068	0.0005	-0.105	0.0497	-0.1078	-64.7774	-27.4821	-77.3152
10	1.6987	0.0748	0.0707	2.4506	-0.2486	1.1647	-0.0723	0.1624	-0.0742	-0.4131	-0.0507	0.2425	0.0603	0.0795	0.123	0.0552	0.0282	-0.0334	-0.1361	0.0112	-0.0972	-62.8643	-26.7078	-99.4624
11	3.193	-0.1867	0.051	3.2046	0.2866	1.3401	-0.0363	0.6861	-0.1789	-0.5333	-0.0039	-0.2236	-0.03	-0.1067	0.0401	-0.1264	-0.0506	0.1094	-0.0019	-0.0656	-0.1638	-85.8517	-36.3897	-34.2076
12	3.4401	-0.0622	-0.1069	2.4575	-0.0233	1.78	-0.1119	-0.1922	-0.4731	0.1532	-0.0493	-0.1088	0.267	0.0285	0.1612	-0.2225	-0.0743	0.0467	-0.1619	0.0745	0.0535	-84.0691	-42.2403	-12.8779
13	2.8992	0.2362	-1.0962	1.2316	0.2034	2.1474	0.1412	0.4051	0.2294	-0.3992	0.0078	0.1954	-0.1014	-0.271	-0.1489	0.0349	0.0249	0.0545	-0.1085	-0.0524	-0.1206	-96.9524	30.6015	-65.6165
14	1.9887	-0.4993	-0.9093	2.8026	1.1908	2.2406	0.0943	-0.5113	0.0842	0.1478	0.2202	-0.4572	0.0994	0.2375	-0.3145	-0.0902	-0.0424	0.057	-0.0466	-0.1272	-0.1202	-83.8035	28.7339	-47.9494

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|3 - A\|272 A\|601 - A\|601 }	A	3 - 272
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|3 - A\|272 A\|601 - A\|601 }	A	601
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|3 - B\|272 B\|301 - B\|301 }	B	3 - 272
4	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|3 - B\|272 B\|301 - B\|301 }	B	301
5	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|1 - C\|272 C\|601 - C\|601 }	C	1 - 272
6	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|1 - C\|272 C\|601 - C\|601 }	C	601
7	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|3 - D\|273 D\|301 - D\|301 }	D	3 - 273
8	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|3 - D\|273 D\|301 - D\|301 }	D	301
9	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|2 - E\|272 E\|601 - E\|601 }	E	2 - 272
10	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|2 - E\|272 E\|601 - E\|601 }	E	601
11	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|2 - F\|272 F\|301 - F\|301 }	F	2 - 272
12	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|2 - F\|272 F\|301 - F\|301 }	F	301
13	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|1 - G\|272 G\|601 - G\|601 }	G	1 - 272
14	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|1 - G\|272 G\|601 - G\|601 }	G	601
15	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|2 - H\|272 H\|301 - H\|301 }	H	2 - 272
16	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|2 - H\|272 H\|301 - H\|301 }	H	301
17	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|1 - I\|272 I\|601 - I\|601 }	I	1 - 272
18	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|1 - I\|272 I\|601 - I\|601 }	I	601
19	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|2 - J\|272 J\|301 - J\|301 }	J	2 - 272
20	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|2 - J\|272 J\|301 - J\|301 }	J	301
21	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|2 - K\|272 K\|601 - K\|601 }	K	2 - 272
22	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|2 - K\|272 K\|601 - K\|601 }	K	601
23	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|1 - L\|273 L\|301 - L\|301 }	L	1 - 273
24	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|1 - L\|273 L\|301 - L\|301 }	L	301
25	X-RAY DIFFRACTION	13	{ M\|1 - M\|273 M\|601 - M\|601 }	M	1 - 273
26	X-RAY DIFFRACTION	13	{ M\|1 - M\|273 M\|601 - M\|601 }	M	601
27	X-RAY DIFFRACTION	14	{ N\|2 - N\|272 N\|301 - N\|301 }	N	2 - 272
28	X-RAY DIFFRACTION	14	{ N\|2 - N\|272 N\|301 - N\|301 }	N	301

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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