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- PDB-5ea0: Structure of the antibody 7968 with human complement factor H-der... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ea0
タイトルStructure of the antibody 7968 with human complement factor H-derived peptide
要素
  • Complement factor H-related protein 2
  • Heavy chain of antibody 7968 Fab fragment
  • Light chain of antibody 7968 Fab fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM / complement factor H CFH SCR19 SCR19-20
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C3b binding / complement activation / cytolysis by host of symbiont cells / negative regulation of protein binding / Regulation of Complement cascade / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor H-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bushey, R.T. / Moody, M.A. / Nicely, N.I. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. / Winkler, M.T. / Gottlin, E.B. / Campa, M.J. / Liao, H.-X. / Patz Jr., E.F.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells.
著者: Bushey, R.T. / Moody, M.A. / Nicely, N.L. / Haynes, B.F. / Alam, S.M. / Keir, S.T. / Bentley, R.C. / Roy Choudhury, K. / Gottlin, E.B. / Campa, M.J. / Liao, H.X. / Patz, E.F.
履歴
登録2015年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22021年3月24日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of antibody 7968 Fab fragment
L: Light chain of antibody 7968 Fab fragment
P: Complement factor H-related protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3553
ポリマ－49,3553
非ポリマー00
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.280, 65.547, 71.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of antibody 7968 Fab fragment


分子量: 23648.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain of antibody 7968 Fab fragment


分子量: 24403.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Complement factor H-related protein 2 / FHR-2 / DDESK59 / H factor-like 3 / H factor-like protein 2


分子量: 1303.399 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 150-162 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was N-terminally acetylated and C-terminally amidated.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36980
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: Drop composed of Fab at 20 mg/ml mixed with 25 mM citric acid pH 3.5, 8% PEG 3350; over a reservoir of 24% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 28263 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NL0, 3QOS

1nl0

3qos
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→38.009 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2753 1918 7.19 %Random selection
Rwork0.1959 ---
obs0.2017 26663 86.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.009 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3380 0 0 341 3721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2564707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8851246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04820.37471430.24771685X-RAY DIFFRACTION83
2.0482-2.10360.31261400.23431779X-RAY DIFFRACTION88
2.1036-2.16550.30861470.22981860X-RAY DIFFRACTION92
2.1655-2.23540.408810.26671122X-RAY DIFFRACTION54
2.2354-2.31530.5329860.37681039X-RAY DIFFRACTION52
2.3153-2.4080.31261530.24021923X-RAY DIFFRACTION96
2.408-2.51750.30961540.22011964X-RAY DIFFRACTION96
2.5175-2.65020.33141500.21371964X-RAY DIFFRACTION96
2.6502-2.81620.28791430.22122024X-RAY DIFFRACTION98
2.8162-3.03360.30211550.21322025X-RAY DIFFRACTION99
3.0336-3.33870.27741630.19252033X-RAY DIFFRACTION100
3.3387-3.82140.24081140.17271489X-RAY DIFFRACTION72
3.8214-4.81310.18551290.13011728X-RAY DIFFRACTION84
4.8131-38.01630.17961600.13572110X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6856-4.21522.51184.4929-1.78491.03290.12760.1349-0.13830.0056-0.19540.12870.13950.0878-0.0040.2024-0.01980.0080.2024-0.00380.1106-27.7564-16.7244-6.6235
21.1091-0.4010.43710.94970.04530.7522-0.0507-0.006-0.06460.19630.0002-0.03070.0255-0.04590.03550.1492-0.00380.00420.14580.0140.1711-26.2042-9.56350.286
30.8593-0.1499-0.00530.5462-0.04080.59830.00970.0331-0.0533-0.0946-0.0056-0.05810.09730.019-0.01210.16580.02220.02410.1297-0.01680.1779-34.0224-13.2124-28.7306
41.6703-0.4637-0.74872.26971.04241.1805-0.01620.3087-0.1103-0.1780.038-0.05110.3865-0.2354-0.04490.23060.00460.00170.2238-0.02150.1509-35.9884-22.1789-29.3839
50.6087-0.1728-0.74591.05921.43544.90450.08840.04330.02720.05010.0948-0.0836-0.11530.03-0.25770.2019-0.01110.00430.18340.02340.1778-7.98584.2336-12.7651
60.8642-0.1402-0.47220.8190.08180.91130.0385-0.0827-0.0089-0.01540.0499-0.12710.06410.0339-0.0780.1447-0.0135-0.00780.17570.01320.1734-7.7302-4.4062-8.6246
71.2848-0.2990.52970.1739-0.07281.03950.01990.054-0.0452-0.0052-0.0252-0.03790.07130.0160.00980.15240.00690.00630.1245-0.00040.1469-29.9497-3.7596-36.4731
82.78470.23560.12161.0444-0.11481.2150.00150.19380.093-0.2351-0.0730.13840.0869-0.07620.04510.2143-0.0145-0.02430.1741-0.00420.1764-37.8464-2.6904-43.9985
92.22313.48010.26475.49710.58690.6146-0.0198-0.14520.00880.2352-0.0383-0.0545-0.07350.00140.05240.2623-0.0228-0.06190.2849-0.03110.1873-10.3441-7.509610.1487
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain H and resid 1:12)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain H and resid 13:116)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain H and resid 117:190)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain H and resid 191:216)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain L and resid 1:27A)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain L and resid 27B:105)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain L and resid 106:175)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain L and resid 176:213)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain P and resid 1112:1122)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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