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万見
- PDB-5e94: Antibody-bound Glucagon-like Peptide-1 receptor extracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+94
タイトルAntibody-bound Glucagon-like Peptide-1 receptor extracellular domain
要素
  • Antibody Fab fragment heavy chain
  • Antibody Fab fragment light chain
  • Glucagon-like peptide 1 receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Antibody antagonist GLP-1 receptor / immune system
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / positive regulation of blood pressure / hormone secretion / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure ...glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / positive regulation of blood pressure / hormone secretion / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors ...GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucagon-like peptide 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Soroka, V. / Schluckebier, G. / Reedtz-Runge, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural insight into antibody-mediated antagonism of the Glucagon-like peptide-1 Receptor.
著者: Hennen, S. / Kodra, J.T. / Soroka, V. / Krogh, B.O. / Wu, X. / Kaastrup, P. / Orskov, C. / Ronn, S.G. / Schluckebier, G. / Barbateskovic, S. / Gandhi, P.S. / Reedtz-Runge, S.
履歴
登録2015年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / diffrn_source
Item: _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody Fab fragment light chain
B: Antibody Fab fragment heavy chain
C: Antibody Fab fragment light chain
D: Antibody Fab fragment heavy chain
G: Glucagon-like peptide 1 receptor
H: Glucagon-like peptide 1 receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,3816
ポリマ－125,3816
非ポリマー00
水8,413467
1
A: Antibody Fab fragment light chain
B: Antibody Fab fragment heavy chain
G: Glucagon-like peptide 1 receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6903
ポリマ－62,6903
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area25330 Å2
手法PISA
2
C: Antibody Fab fragment light chain
D: Antibody Fab fragment heavy chain
H: Glucagon-like peptide 1 receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6903
ポリマ－62,6903
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.201, 65.692, 88.351
Angle α, β, γ (deg.)111.61, 97.47, 91.28
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 Antibody Fab fragment light chain


分子量: 23516.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody Fab fragment heavy chain


分子量: 24434.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Glucagon-like peptide 1 receptor / GLP-1R


分子量: 14739.316 Da / 分子数: 2
Fragment: N-terminal extracellular domain, UNP residues 24-145
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLP1R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43220
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium dihydrogen Phosphate monohydrate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32 Å / Num. obs: 72374 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1938精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IOL and 1BZ7

3iol

1bz7


解像度: 2→32.09 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 3616 5.01 %
Rwork0.188 --
obs0.1902 72223 90.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8488 0 0 467 8955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088749
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12111944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8813119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051521
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02630.27031450.21732633X-RAY DIFFRACTION93
2.0263-2.05410.2641350.21152857X-RAY DIFFRACTION95
2.0541-2.08340.26961680.20962644X-RAY DIFFRACTION95
2.0834-2.11450.25721390.22052830X-RAY DIFFRACTION95
2.1145-2.14760.27131470.21912756X-RAY DIFFRACTION94
2.1476-2.18280.31361520.24272729X-RAY DIFFRACTION94
2.1828-2.22040.28711390.25932690X-RAY DIFFRACTION92
2.2204-2.26080.42121130.31992749X-RAY DIFFRACTION93
2.2608-2.30420.31931280.26472627X-RAY DIFFRACTION92
2.3042-2.35120.31521500.24732765X-RAY DIFFRACTION94
2.3512-2.40240.26551370.21542757X-RAY DIFFRACTION94
2.4024-2.45820.29521490.20632743X-RAY DIFFRACTION94
2.4582-2.51970.27691580.20152742X-RAY DIFFRACTION94
2.5197-2.58780.24131390.19452701X-RAY DIFFRACTION93
2.5878-2.66390.26151490.19612723X-RAY DIFFRACTION94
2.6639-2.74980.23071290.19832728X-RAY DIFFRACTION93
2.7498-2.8480.26531570.20052717X-RAY DIFFRACTION93
2.848-2.9620.26621440.2062652X-RAY DIFFRACTION92
2.962-3.09670.23281420.19742659X-RAY DIFFRACTION92
3.0967-3.25980.24291460.19092666X-RAY DIFFRACTION91
3.2598-3.46380.26241360.18972639X-RAY DIFFRACTION90
3.4638-3.73090.1974990.1691982X-RAY DIFFRACTION68
3.7309-4.10570.20361150.15612025X-RAY DIFFRACTION69
4.1057-4.69820.16141500.13112563X-RAY DIFFRACTION88
4.6982-5.91320.1571170.13872561X-RAY DIFFRACTION88
5.9132-32.09370.15931330.15032469X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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