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- PDB-5e8n: The structure of the TEIPP associated Trh4 peptide in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e8n
タイトルThe structure of the TEIPP associated Trh4 peptide in complex with H-2D(b)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Ceramide synthase 5
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cancer / Neo-epitope / TAP-deficiency / TEIPP / MHC-I / Sulfur-pi interactions / non-classical peptide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingosine N-acyltransferase / sphingoid base N-palmitoyltransferase / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine N-acyltransferase activity / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway ...sphingosine N-acyltransferase / sphingoid base N-palmitoyltransferase / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine N-acyltransferase activity / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
TRAM/LAG1/CLN8 homology domain / Sphingosine N-acyltransferase Lag1/Lac1-like / TLC domain / TLC domain profile. / TRAM, LAG1 and CLN8 homology domains. / Homeodomain / Homeobox domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like ...TRAM/LAG1/CLN8 homology domain / Sphingosine N-acyltransferase Lag1/Lac1-like / TLC domain / TLC domain profile. / TRAM, LAG1 and CLN8 homology domains. / Homeodomain / Homeobox domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Ceramide synthase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Hafstrand, I. / Doorduijn, E. / Duru, A.D. / Buratto, J. / Oliveira, C.C. / Sandalova, T. / van Hall, T. / Achour, A.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2016
タイトル: The MHC Class I Cancer-Associated Neoepitope Trh4 Linked with Impaired Peptide Processing Induces a Unique Noncanonical TCR Conformer.
著者: Hafstrand, I. / Doorduijn, E.M. / Duru, A.D. / Buratto, J. / Oliveira, C.C. / Sandalova, T. / van Hall, T. / Achour, A.
履歴
登録2015年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22016年3月2日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Ceramide synthase 5
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Ceramide synthase 5
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: Ceramide synthase 5
J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: Ceramide synthase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,58214
ポリマ－179,39412
非ポリマー1882
水2,432135
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Ceramide synthase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9414
ポリマ－44,8483
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Ceramide synthase 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8483
ポリマ－44,8483
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
3
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: Ceramide synthase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9454
ポリマ－44,8483
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
4
J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: Ceramide synthase 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8483
ポリマ－44,8483
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.510, 124.250, 99.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 CFIL

#3: タンパク質・ペプチド
Ceramide synthase 5 / Trh4 / CerS5 / LAG1 longevity assurance homolog 5 / Translocating chain-associating membrane ...Trh4 / CerS5 / LAG1 longevity assurance homolog 5 / Translocating chain-associating membrane protein homolog 4 / TRAM homolog 4


分子量: 1056.410 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 379-387 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D6K9, sphingosine N-acyltransferase

-
非ポリマー , 3種, 137分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.9 M Ammonium sulphate, 0.1 M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→52.26 Å / Num. obs: 102342 / % possible obs: 98.85 % / Observed criterion σ(I): 6.1 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.24→2.25 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 5028 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S7U

1s7u


解像度: 2.25→52.259 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2863 5028 4.92 %
Rwork0.2392 --
obs0.2416 102292 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→52.259 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12301 0 11 135 12447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06117314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0977588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571743
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.27560.39731720.3273215X-RAY DIFFRACTION100
2.2756-2.30230.36981470.32423301X-RAY DIFFRACTION100
2.3023-2.33040.36511500.3183219X-RAY DIFFRACTION100
2.3304-2.35990.39261740.32743280X-RAY DIFFRACTION100
2.3599-2.3910.41091960.32023273X-RAY DIFFRACTION100
2.391-2.42370.37131770.30623234X-RAY DIFFRACTION100
2.4237-2.45840.35551700.28523235X-RAY DIFFRACTION100
2.4584-2.4950.30791700.28123267X-RAY DIFFRACTION100
2.495-2.5340.32521590.28083255X-RAY DIFFRACTION100
2.534-2.57560.3371600.27533285X-RAY DIFFRACTION100
2.5756-2.620.32171740.28313216X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.66760.3241740.27853252X-RAY DIFFRACTION100
2.6676-2.71890.34531630.27883291X-RAY DIFFRACTION100
2.7189-2.77440.33471530.28983246X-RAY DIFFRACTION100
2.7744-2.83480.35871600.28243279X-RAY DIFFRACTION100
2.8348-2.90070.30221610.27073257X-RAY DIFFRACTION99
2.9007-2.97320.34591710.27393255X-RAY DIFFRACTION99
2.9732-3.05360.35671630.27213260X-RAY DIFFRACTION99
3.0536-3.14340.30821510.26033236X-RAY DIFFRACTION99
3.1434-3.24490.2831780.26643248X-RAY DIFFRACTION99
3.2449-3.36090.28281740.25753256X-RAY DIFFRACTION99
3.3609-3.49540.30671590.2393265X-RAY DIFFRACTION99
3.4954-3.65440.29141900.21793217X-RAY DIFFRACTION99
3.6544-3.8470.25831670.20733261X-RAY DIFFRACTION99
3.847-4.0880.25991650.20913244X-RAY DIFFRACTION99
4.088-4.40350.21861520.19613272X-RAY DIFFRACTION98
4.4035-4.84630.23021890.1873197X-RAY DIFFRACTION98
4.8463-5.54690.25151690.19183240X-RAY DIFFRACTION98
5.5469-6.98590.27151850.2183199X-RAY DIFFRACTION97
6.9859-52.27290.20941550.20783009X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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