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- PDB-5e6j: Structure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin acti... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5e6j
タイトルStructure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin activity based probe
要素
  • Polyubiquitin-B
  • Replicase polyprotein 1ab
  • ubiquitin
キーワードHYDROLASE / SARS PLpro / deubiquitinating enzyme / ubiquitin / activity based probe / K48-linkage
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule ...Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / viral transcription / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / neuron projection morphogenesis / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / regulation of mitochondrial membrane potential / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / positive regulation of protein ubiquitination / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / TCF dependent signaling in response to WNT / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of signaling by CBL
類似検索 - 分子機能
Papain-like viral protease, N-terminal domain / Jelly Rolls - #1680 / Papain-like viral protease, thumb domain / Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like ...Papain-like viral protease, N-terminal domain / Jelly Rolls - #1680 / Papain-like viral protease, thumb domain / Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Ubiquitin family / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / Ubiquitin homologues / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICKEL (II) ION / Replicase polyprotein 1ab / Polyubiquitin-B / Polyubiquitin-C
類似検索 - 構成要素
生物種Human SARS coronavirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Lima, C.D. / Bekes, M.
資金援助 米国, オランダ, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM065872 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM100598 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM084244 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)724013002 オランダ
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2016
タイトル: Recognition of Lys48-Linked Di-ubiquitin and Deubiquitinating Activities of the SARS Coronavirus Papain-like Protease.
著者: Bekes, M. / van der Heden van Noort, G.J. / Ekkebus, R. / Ovaa, H. / Huang, T.T. / Lima, C.D.
履歴
登録2015年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Derived calculations
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.72023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicase polyprotein 1ab
B: ubiquitin
C: Polyubiquitin-B
D: Replicase polyprotein 1ab
E: ubiquitin
F: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7848
ポリマ－107,6666
非ポリマー1182
水99155
1
A: Replicase polyprotein 1ab
B: ubiquitin
C: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9515
ポリマ－53,8333
非ポリマー1182
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Replicase polyprotein 1ab
E: ubiquitin
F: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8333
ポリマ－53,8333
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.981, 68.239, 119.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Trimer confirmed by cross-linking and gel filtration

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Replicase polyprotein 1ab / pp1ab / ORF1ab polyprotein


分子量: 36688.527 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 1541-1856 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pET28 / 詳細 (発現宿主): C-terminal 6xHis-tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) RIL Codon Plus
参照: UniProt: P0C6X7, ubiquitinyl hydrolase 1, SARS coronavirus main proteinase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, ...参照: UniProt: P0C6X7, ubiquitinyl hydrolase 1, SARS coronavirus main proteinase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, RNA-directed RNA polymerase, DNA helicase, RNA helicase, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 ubiquitin


分子量: 8624.899 Da / 分子数: 2 / Mutation: K48LYQ, G76AYE / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0CG48
#3: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0CG47

-
非ポリマー , 3種, 57分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MES, 0.1 M lithium acetate, 17% PEG 6000
Temp details: Crystal moved to 277K 24-hour prior to mounting

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 26147 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.99
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MM3, 1UBQ

4mm3

1ubq


解像度: 2.85→49.216 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.26 / 位相誤差: 31.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2643 2590 5.09 %Random selection
Rwork0.2323 ---
obs0.234 50864 97.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→49.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7306 0 5 55 7366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037453
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60110091
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8692728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.90180.4021370.36252512X-RAY DIFFRACTION98
2.9018-2.95760.39371260.36772547X-RAY DIFFRACTION97
2.9576-3.0180.34231370.3622558X-RAY DIFFRACTION97
3.018-3.08360.34181400.34122513X-RAY DIFFRACTION98
3.0836-3.15530.42271290.30882549X-RAY DIFFRACTION96
3.1553-3.23420.33871350.30872510X-RAY DIFFRACTION96
3.2342-3.32160.34981270.28552515X-RAY DIFFRACTION97
3.3216-3.41940.31761260.2762572X-RAY DIFFRACTION98
3.4194-3.52970.34911130.26852526X-RAY DIFFRACTION97
3.5297-3.65580.30941580.26352566X-RAY DIFFRACTION98
3.6558-3.80210.22991250.23252542X-RAY DIFFRACTION97
3.8021-3.97510.31251300.21752448X-RAY DIFFRACTION94
3.9751-4.18460.23061470.212491X-RAY DIFFRACTION96
4.1846-4.44660.21211480.19362569X-RAY DIFFRACTION99
4.4466-4.78970.21711630.19532592X-RAY DIFFRACTION100
4.7897-5.27120.20321360.19012627X-RAY DIFFRACTION100
5.2712-6.03270.24921360.20952544X-RAY DIFFRACTION99
6.0327-7.59610.24181290.22612562X-RAY DIFFRACTION97
7.5961-49.22350.22771480.18262531X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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