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- PDB-5e64: Hemagglutinin-esterase-fusion protein structure of influenza D virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+64
タイトルHemagglutinin-esterase-fusion protein structure of influenza D virus
要素(Hemagglutinin- ...) x 2
キーワードHYDROLASE / influenza virus / HEF / surface
機能・相同性
機能・相同性情報


sialate O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #20 / Haemagglutinin stalk, influenza C / Influenza C hemagglutinin stalk / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, haemagglutinin domain / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, core / Hemagglutinin domain of haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein / Hemagglutinin esterase / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B ...Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #20 / Haemagglutinin stalk, influenza C / Influenza C hemagglutinin stalk / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, haemagglutinin domain / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, core / Hemagglutinin domain of haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein / Hemagglutinin esterase / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Single Sheet / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Song, H. / Qi, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2016
タイトル: An Open Receptor-Binding Cavity of Hemagglutinin-Esterase-Fusion Glycoprotein from Newly-Identified Influenza D Virus: Basis for Its Broad Cell Tropism
著者: Song, H. / Qi, J. / Khedri, Z. / Diaz, S. / Yu, H. / Chen, X. / Varki, A. / Shi, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2015年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin-esterase
B: Hemagglutinin-esterase
C: Hemagglutinin-esterase
D: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,24816
ポリマ－128,1914
非ポリマー6,05712
水10,196566
1
A: Hemagglutinin-esterase
B: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin-esterase
B: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin-esterase
B: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,34624
ポリマ－192,2876
非ポリマー10,05918
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area46300 Å2
ΔGint94 kcal/mol
Surface area66750 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin-esterase
D: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin-esterase
D: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin-esterase
D: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,40024
ポリマ－192,2876
非ポリマー8,11318
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation10_554-y,z+1/2,-x-1/21
Buried area42290 Å2
ΔGint58 kcal/mol
Surface area67310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.221, 165.221, 165.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

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Hemagglutinin- ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemagglutinin-esterase


分子量: 46584.062 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-445 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza D virus (D/swine/Oklahoma/1334/2011) (インフルエンザウイルス)
株: D/swine/Oklahoma/1334/2011 / 遺伝子: HEF / プラスミド: PFASTBAC1 / 細胞株 (発現宿主): HI5 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: K9LG83
#2: タンパク質 Hemagglutinin-esterase


分子量: 17511.521 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 456-621 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza D virus (D/swine/Oklahoma/1334/2011) (インフルエンザウイルス)
株: D/swine/Oklahoma/1334/2011 / 遺伝子: HEF
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: K9LG83

-
糖 , 3種, 10分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 568分子

#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M PCTP (Propionic acid, Cacodylate, Bis-tris propane system) buffer pH 8.5, 22.5%(w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 58686 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.524 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHASER位相決定
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FLC

1flc


解像度: 2.4→47.7 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 2965 5.05 %
Rwork0.201 --
obs0.203 58686 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8695 0 392 566 9653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29912641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6783422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061606
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4016-2.4410.30651500.22752621X-RAY DIFFRACTION100
2.441-2.4830.27731390.22232655X-RAY DIFFRACTION100
2.483-2.52820.30571430.21752598X-RAY DIFFRACTION100
2.5282-2.57680.27371560.21952629X-RAY DIFFRACTION100
2.5768-2.62940.31541270.22192641X-RAY DIFFRACTION100
2.6294-2.68660.27781420.21672611X-RAY DIFFRACTION100
2.6866-2.74910.25981390.21742657X-RAY DIFFRACTION100
2.7491-2.81780.27171250.22462626X-RAY DIFFRACTION100
2.8178-2.8940.28491430.21252643X-RAY DIFFRACTION100
2.894-2.97910.27271750.21062620X-RAY DIFFRACTION100
2.9791-3.07530.26131540.20962629X-RAY DIFFRACTION100
3.0753-3.18520.26031310.20962664X-RAY DIFFRACTION100
3.1852-3.31270.27051560.212600X-RAY DIFFRACTION100
3.3127-3.46340.25781460.20222646X-RAY DIFFRACTION100
3.4634-3.64590.26131490.1912660X-RAY DIFFRACTION100
3.6459-3.87420.21361180.18242659X-RAY DIFFRACTION100
3.8742-4.17320.16971310.17542689X-RAY DIFFRACTION100
4.1732-4.59290.17991260.15872681X-RAY DIFFRACTION100
4.5929-5.25680.19471480.16492674X-RAY DIFFRACTION100
5.2568-6.62010.25811290.20642730X-RAY DIFFRACTION100
6.6201-47.70460.24561380.23722788X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.9429 Å / Origin y: 2.2969 Å / Origin z: -39.7052 Å
111213212223313233
T0.0776 Å20.0019 Å20.0047 Å2-0.0962 Å20.0128 Å2--0.0955 Å2
L0.0514 °20.0069 °20.0049 °2-0.1226 °2-0.0895 °2--0.0472 °2
S-0.003 Å °0.024 Å °0.0036 Å °-0.0216 Å °-0.0027 Å °-0.0049 Å °0.0088 Å °0.0216 Å °-0.0003 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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