PDB-5e4y: Orthorhombic structure of the acetyl esterase MekB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e4y

タイトル

Orthorhombic structure of the acetyl esterase MekB

要素

Homoserine O-acetyltransferase

キーワード

HYDROLASE / Esterase / alpha/beta hydrolase / methyl alkyl ketone degradation pathway / transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

ethyl acetate hydrolase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / biosynthetic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas veronii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Niefind, K. / Toelzer, C. / Pal, S. / Watzlawick, H. / Altenbuchner, J.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016
タイトル: A novel esterase subfamily with alpha / beta-hydrolase fold suggested by structures of two bacterial enzymes homologous to l-homoserine O-acetyl transferases.
著者: Tolzer, C. / Pal, S. / Watzlawick, H. / Altenbuchner, J. / Niefind, K.

履歴

登録	2015年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e4y.cif.gz	274 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e4y.ent.gz	224.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e4y_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e4y_full_validation.pdf.gz	427.4 KB	表示
XML形式データ	5e4y_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	5e4y_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/5e4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/5e4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d6oC 5d7bC 5efzC 5d60S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vat-6 6pux-d 5w8o-d 5efz-2 2vat-4 1mz5-d 4wlz-d 1x7d-d 3n9r-4 2vdu-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Homoserine O-acetyltransferase

B: Homoserine O-acetyltransferase

79.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.346, 79.946, 142.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Homoserine O-acetyltransferase / hydrolase 分子量: 39746.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas veronii (バクテリア) 遺伝子: mekB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q0MRG5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, homoserine O-acetyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Homoserine O-acetyltransferase / hydrolase

分子量: 39746.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas veronii (バクテリア)
遺伝子: mekB / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q0MRG5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, homoserine O-acetyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.03 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES pH 6, 5 % PEG 1000, 30 % PEG 600, 10 % Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→44.74 Å / Num. obs: 16961 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 5.9 % / R_sym value: 0.282 / Net I/σ(I): 6.01
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.0826 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D60

5d60

解像度: 2.8→44.736 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2367	839	4.95 %
R_work	0.1859	-	-
obs	0.1885	16952	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.736 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5338	0	0	89	5427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5480
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.49	7430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.839	1970
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.019	802
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	971

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8001-2.9755	0.2961	143	0.2426	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9755-3.2052	0.2824	124	0.2309	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2052-3.5276	0.2616	138	0.1985	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5276-4.0378	0.2358	135	0.1705	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0378-5.0861	0.2155	151	0.1509	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0861-44.74	0.1942	148	0.1812	2822	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2591	4.3276	0.4001	8.774	1.6346	2.5529	-0.1221	0.2365	-0.0483	-0.076	0.0902	-0.089	-0.13	0.2719	0.0485	0.2412	0.0633	-0.0394	0.3677	0.0065	0.1534	8.8268	29.8426	41.0424
2	4.1581	-2.5028	-2.0913	2.3382	2.1208	3.4602	0.0223	-0.0056	-0.1206	-0.1797	-0.0163	-0.0111	-0.1792	0.0508	-0.0042	0.273	-0.0764	0.0034	0.2767	0.0235	0.1281	22.1731	28.3481	38.3979
3	3.011	-2.1011	-1.9159	2.3774	1.1211	1.2869	-0.078	0.4411	-0.2501	0.3002	-0.3848	0.4259	0.2934	-0.6925	0.5066	0.2533	-0.0858	-0.0119	0.3422	-0.0952	0.2982	9.3244	22.7198	45.9706
4	3.0015	0.6329	2.3602	3.4192	1.473	5.5305	-0.0215	-0.0036	-0.111	0.244	0.1158	0.1547	0.3205	-0.0476	-0.098	0.1085	-0.0116	0.0451	0.1998	0.0429	0.2007	23.5241	18.4011	46.64
5	3.9806	-1.7264	-0.7542	6.3004	1.6468	0.5027	0.1258	0.2616	0.1517	0.4661	-0.2106	0.0509	-0.035	-0.2484	0.1184	0.2692	-0.005	0.0484	0.4359	-0.0609	0.1474	9.8538	38.3617	60.887
6	4.1098	0.446	1.7476	0.8852	-0.5768	1.5513	-0.0879	0.2991	0.1188	-0.0665	0.0849	-0.0137	-0.1929	0.059	0.0204	0.2944	0.0128	0.025	0.2116	-0.0355	0.1774	24.4002	46.8329	56.3657
7	2.0764	-1.7373	0.2464	2.9516	-0.7329	0.211	0.0903	-0.1756	-0.1602	-0.165	-0.0237	0.1531	0.0996	0.0229	-0.0553	0.2298	0.0062	0.0386	0.2553	-0.015	0.1761	24.0539	21.9715	57.2717
8	2.3276	1.3366	-0.2425	9.2844	-2.3329	1.3391	0.0802	-0.2151	0.0921	-0.569	-0.0692	-0.5912	-0.1025	0.256	-0.0382	0.2622	-0.0497	0.049	0.2799	-0.1038	0.1138	35.0808	29.1107	53.2431
9	4.0529	0.214	0.7137	4.1259	3.7383	5.9462	0.2466	-0.1902	-0.2807	-0.1181	0.0668	-0.9067	0.2009	0.2343	-0.24	0.078	0.0515	0.0477	0.3573	0.0107	0.2137	39.0216	25.6141	44.322
10	3.216	-1.0947	3.5232	3.4107	0.0003	4.3716	0.375	0.0807	0.1059	-0.0107	-0.277	0.3072	0.3233	-0.2847	-0.1424	0.199	0.0147	0.0747	0.3887	0.0167	0.1918	24.8198	54.3835	96.2043
11	0.5699	0.161	0.2512	0.6825	0.2484	0.8611	-0.0371	0.0579	-0.0089	-0.0106	-0.0094	-0.0164	-0.0037	0.0081	0.0528	0.1816	0.008	-0.0034	0.2659	-0.0157	0.1731	27.9966	47.1239	82.6025
12	0.4023	1.2494	0.5999	4.1971	0.9057	3.5808	0.0909	0.1573	-0.0141	0.2641	0.0096	-0.3187	0.2261	0.1825	-0.1033	0.1917	0.1164	-0.0383	0.3411	0.0144	0.2353	41.0752	37.6116	84.7626

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 99 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 100 through 125 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 126 through 169 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 170 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 250 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 251 through 307 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 308 through 329 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 330 through 348 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 3 through 48 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 49 through 307 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 308 through 348 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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