PDB-6pux: Homoserine transacetylase MetX from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pux

タイトル

Homoserine transacetylase MetX from Mycobacterium tuberculosis

要素

Homoserine O-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methionine biosynthesis / HOMOSERINE O-ACETYLTRANSFERASE / HOMOSERINE O-TRANSACETYLASE / HTA / MetX / Rv3341

機能・相同性

機能・相同性情報

homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-acetyltransferase activity / methionine biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chaton, C.T. / Korotkov, K.V.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P20GM103486	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30GM110787	米国

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of mycobacterial homoserine transacetylases central to methionine biosynthesis reveals druggable active site.
著者: Chaton, C.T. / Rodriguez, E.S. / Reed, R.W. / Li, J. / Kenner, C.W. / Korotkov, K.V.

履歴

登録	2019年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pux.cif.gz	407.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pux.ent.gz	337.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pux.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6pux_validation.pdf.gz	274.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pux_full_validation.pdf.gz	274.1 KB	表示
XML形式データ	6pux_validation.xml.gz	1.5 KB	表示
CIF形式データ	6pux_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6pux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6pux	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w8oC 5w8pSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1k1x-1 5e4y-d 6wx3-d 5clt-3 1c9d-d 2vdu-3 5clw-1 5w8o-d 5clw-3 4beq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Homoserine O-acetyltransferase

B: Homoserine O-acetyltransferase

ヘテロ分子

77.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.460, 86.680, 208.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Homoserine O-acetyltransferase / HAT / Homoserine transacetylase / HTA 分子量: 38264.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: metXA, metA, Rv3341, MTV016.41 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P9WJY9, homoserine O-acetyltransferase

#1: タンパク質

Homoserine O-acetyltransferase / HAT / Homoserine transacetylase / HTA

分子量: 38264.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: metXA, metA, Rv3341, MTV016.41 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P9WJY9, homoserine O-acetyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 533分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.16 % / 解説: broken prizm
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 1.8 M Magnesium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月28日
詳細: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR: LIQUID NITROGEN COOLED; SAGITALLY FOCUSING 2ND CRYSTAL, ROSENBAUM-ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→44.713 Å / Num. obs: 68862 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.373 % / B_iso Wilson estimate: 31.305 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.143 / R_rim(I) all: 0.154 / Χ²: 1.018 / Net I/σ(I): 11.21

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	7.345	1.361	1.29	36569	4993	4979	0.672	1.465	99.7
1.95-2	6.769	1.048	1.69	32973	4898	4871	0.744	1.135	99.4
2-2.06	7.336	0.861	2.2	35426	4831	4829	0.837	0.927	100
2.06-2.12	7.806	0.717	2.86	35713	4578	4575	0.878	0.768	99.9
2.12-2.19	7.722	0.543	3.8	34820	4509	4509	0.932	0.582	100
2.19-2.27	7.632	0.456	4.64	33458	4388	4384	0.948	0.489	99.9
2.27-2.36	7.513	0.394	5.42	31727	4225	4223	0.956	0.424	100
2.36-2.45	7.444	0.329	6.49	29970	4033	4026	0.97	0.354	99.8
2.45-2.56	7.456	0.301	7.43	28921	3882	3879	0.976	0.324	99.9
2.56-2.69	7.258	0.258	8.72	27168	3749	3743	0.979	0.278	99.8
2.69-2.83	6.721	0.205	10.33	23841	3563	3547	0.985	0.222	99.6
2.83-3	7.194	0.158	13.52	24373	3395	3388	0.992	0.17	99.8
3-3.21	7.777	0.119	18.17	24785	3190	3187	0.995	0.128	99.9
3.21-3.47	7.72	0.089	22.78	22783	2956	2951	0.997	0.095	99.8
3.47-3.8	7.538	0.07	27.52	20670	2743	2742	0.998	0.075	100
3.8-4.25	7.435	0.055	31.97	18566	2502	2497	0.998	0.06	99.8
4.25-4.91	7.172	0.049	33.19	15980	2232	2228	0.998	0.053	99.8
4.91-6.01	6.524	0.048	31	12415	1911	1903	0.998	0.052	99.6
6.01-8.5	7.637	0.043	35.48	11493	1505	1505	0.999	0.046	100
8.5-44.713	6.783	0.033	40.59	6078	902	896	0.999	0.035	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	VERSION Mar 15, 2019	データ削減
XSCALE	VERSION Mar 15, 2019	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5W8P

5w8p

解像度: 1.9→44.713 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 21.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2018	6562	5.03 %
R_work	0.1683	-	-
obs	0.17	68843	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 223.27 Å² / B_iso mean: 36.1809 Å² / B_iso min: 16.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→44.713 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5384	0	68	514	5966
B_iso mean	-	-	68.9	38.96	-
残基数	-	-	-	-	731

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.3147	216	0.3149	4061	99
1.9216-1.9442	0.3289	194	0.2997	4182	100
1.9442-1.9679	0.321	192	0.2917	4171	99
1.9679-1.9928	0.2936	204	0.2751	4110	100
1.9928-2.019	0.3357	217	0.2743	4120	99
2.019-2.0467	0.3013	260	0.256	4110	100
2.0467-2.0759	0.2912	213	0.2435	4150	100
2.0759-2.1069	0.2703	183	0.2405	4153	100
2.1069-2.1398	0.2709	174	0.2132	4220	100
2.1398-2.1749	0.2347	243	0.2053	4113	100
2.1749-2.2124	0.2174	223	0.1986	4111	100
2.2124-2.2526	0.1913	213	0.1919	4201	100
2.2526-2.296	0.2396	255	0.1853	4096	100
2.296-2.3428	0.2245	197	0.1842	4181	100
2.3428-2.3938	0.1878	202	0.1777	4103	100
2.3938-2.4494	0.2122	256	0.1732	4088	100
2.4494-2.5107	0.2077	247	0.1749	4139	100
2.5107-2.5786	0.2531	236	0.1736	4113	100
2.5786-2.6544	0.2046	220	0.1733	4120	99
2.6544-2.7401	0.2433	195	0.1622	4145	99
2.7401-2.838	0.1882	207	0.1565	4114	99
2.838-2.9516	0.2141	218	0.1552	4142	99
2.9516-3.0859	0.197	220	0.1511	4121	100
3.0859-3.2486	0.1625	214	0.1467	4140	100
3.2486-3.4521	0.1896	207	0.1362	4161	100
3.4521-3.7185	0.1574	222	0.1256	4152	100
3.7185-4.0924	0.1479	241	0.118	4106	100
4.0924-4.6841	0.1532	234	0.1193	4140	100
4.6841-5.8993	0.1767	200	0.1468	4150	99
5.8993-44.713	0.1968	259	0.198	4085	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3078	0.1154	0.3142	0.7422	0.3293	1.3107	0.0338	0.0462	-0.0825	-0.0547	0.0117	-0.0319	0.1987	0.0748	-0.048	0.2271	0.0163	0.0079	0.1786	-0.0203	0.2181	5.0342	8.3938	51.2787
2	1.8686	-1.5046	-0.095	1.9198	0.7418	0.7767	-0.089	-0.1372	-0.1854	0.0832	0.0544	0.3095	0.148	-0.1675	0.0589	0.1986	-0.0323	0.0056	0.2533	0.0133	0.2401	-5.943	18.1016	76.9973
3	0.4284	-0.2697	0.1419	0.622	0.5068	1.0494	-0.0015	0.0413	-0.0241	-0.007	-0.0007	-0.0545	-0.0122	0.0012	0.0042	0.1781	-0.0163	0.0091	0.187	-0.0089	0.2087	5.6566	20.812	58.7256
4	1.248	0.1957	-0.2345	1.2642	0.0391	2.176	0.0723	0.0577	0.048	-0.2708	-0.0489	0.1634	-0.1319	-0.2246	-0.028	0.2782	0.0229	-0.0193	0.2386	0.0006	0.2616	-5.6599	26.1108	50.0695
5	2.7933	1.3263	0.562	2.0252	0.1837	1.1202	-0.0485	-0.2116	0.0163	0.271	-0.0198	-0.197	-0.1428	0.1051	0.0815	0.3083	0.0118	-0.0369	0.2896	0.0126	0.2695	5.6247	29.4904	107.358
6	1.0327	-0.0253	0.2136	1.0565	-0.497	0.772	-0.0357	-0.0968	0.0996	0.2303	-0.0452	-0.2665	-0.1399	0.1476	0.0474	0.2476	-0.0286	-0.0505	0.2555	0.0019	0.2686	13.7892	39.9126	97.7447
7	0.7849	0.1669	0.0116	1.4939	-0.5906	0.935	-0.0355	-0.1484	-0.0378	0.084	0.0831	-0.0326	0.0195	0.0237	-0.0524	0.1979	0.0077	-0.017	0.2562	0.0046	0.198	8.1475	25.4674	101.3309
8	1.5216	1.0995	1.1067	1.4137	-0.0663	2.3229	0.0275	-0.1677	0.0372	0.322	0.0691	0.0442	-0.1732	-0.0285	-0.0601	0.289	0.0206	0.0346	0.2601	-0.0156	0.2265	0.5827	36.1251	103.5106
9	1.6492	0.4515	0.2757	1.7374	0.0567	0.6772	-0.0347	-0.0454	0.0814	0.2053	0.0559	0.1036	-0.151	-0.1222	-0.0147	0.2161	0.0377	0.0206	0.2397	0.0188	0.2132	-1.9933	38.9249	92.6163
10	0.6535	0.1053	-0.4727	1.2039	-0.0993	1.0807	-0.0654	-0.0422	-0.077	0.0665	0.0194	-0.2165	0.0707	0.1992	0.0379	0.1919	0.0119	-0.0188	0.2278	0.0002	0.2349	12.8752	19.2418	77.8845
11	0.0817	-0.0868	-0.3185	0.2814	0.1209	1.4824	-0.0498	-0.074	-0.0893	0.0645	0.0361	-0.14	0.0985	0.3323	0.0128	0.1767	0.0109	-0.0136	0.2907	0.0049	0.2489	12.9497	22.1174	84.0994
12	0.4216	0.1251	-0.0523	0.6016	-0.2302	0.7559	-0.0572	-0.0561	0.0484	-0.0341	0.1056	0.1425	-0.0577	-0.0991	-0.0529	0.183	0.0208	0.0153	0.2486	0.0241	0.2329	-6.504	38.4158	84.0497
13	1.895	-0.135	-0.3848	1.4954	0.5065	2.0689	-0.0103	0.0186	0.214	-0.0221	0.0655	-0.1139	-0.3646	0.1522	-0.0725	0.2525	-0.0039	0.0031	0.2336	0.013	0.2618	5.8807	46.0921	83.3061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 219 )	A	7 - 219
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 220 through 260 )	A	220 - 260
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 261 through 334 )	A	261 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 335 through 372 )	A	335 - 372
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 35 )	B	8 - 35
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 36 through 92 )	B	36 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 93 through 130 )	B	93 - 130
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 131 through 151 )	B	131 - 151
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 152 through 187 )	B	152 - 187
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 188 through 260 )	B	188 - 260
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 261 through 290 )	B	261 - 290
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 291 through 334 )	B	291 - 334
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 335 through 372 )	B	335 - 372

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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