+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pux | |||||||||
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Title | Homoserine transacetylase MetX from Mycobacterium tuberculosis | |||||||||
Components | Homoserine O-acetyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / methionine biosynthesis / HOMOSERINE O-ACETYLTRANSFERASE / HOMOSERINE O-TRANSACETYLASE / HTA / MetX / Rv3341 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information homoserine metabolic process / homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-acetyltransferase activity / methionine biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Chaton, C.T. / Korotkov, K.V. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2019 Title: Structural analysis of mycobacterial homoserine transacetylases central to methionine biosynthesis reveals druggable active site. Authors: Chaton, C.T. / Rodriguez, E.S. / Reed, R.W. / Li, J. / Kenner, C.W. / Korotkov, K.V. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pux.cif.gz | 407.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pux.ent.gz | 337.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pux.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6pux_validation.pdf.gz | 274.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6pux_full_validation.pdf.gz | 274.1 KB | Display | |
Data in XML | 6pux_validation.xml.gz | 1.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6pux_validation.cif.gz | 11.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6pux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6pux | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5w8oC 5w8pSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 38264.879 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: metXA, metA, Rv3341, MTV016.41 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): Rosetta2 / References: UniProt: P9WJY9, homoserine O-acetyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 533 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.16 % / Description: broken prizm |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 1.8 M Magnesium Sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Jun 28, 2019 Details: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR: LIQUID NITROGEN COOLED; SAGITALLY FOCUSING 2ND CRYSTAL, ROSENBAUM-ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→44.713 Å / Num. obs: 68862 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.373 % / Biso Wilson estimate: 31.305 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 11.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5W8P Resolution: 1.9→44.713 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.1 / Phase error: 21.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 223.27 Å2 / Biso mean: 36.1809 Å2 / Biso min: 16.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→44.713 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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