+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w8p | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Homoserine transacetylase MetX from Mycobacterium abscessus | |||||||||
Components | Homoserine O-acetyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-trans-acetylase / HTA / MetX / methionine biosynthesis / Rv3341 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-acetyltransferase activity / methionine biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycobacterium abscessus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.69 Å | |||||||||
Authors | Rodriguez, E.S. / Reed, R.W. / Korotkov, K.V. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2019 Title: Structural analysis of mycobacterial homoserine transacetylases central to methionine biosynthesis reveals druggable active site. Authors: Chaton, C.T. / Rodriguez, E.S. / Reed, R.W. / Li, J. / Kenner, C.W. / Korotkov, K.V. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w8p.cif.gz | 284.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5w8p.ent.gz | 229.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w8p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5w8p_validation.pdf.gz | 441.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5w8p_full_validation.pdf.gz | 441.8 KB | Display | |
Data in XML | 5w8p_validation.xml.gz | 33.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5w8p_validation.cif.gz | 52.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8p | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5w8oSC 6puxC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 39036.582 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 13-379 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium abscessus (bacteria) Strain: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543 Gene: metX, MAB_3688 / Plasmid: pCDF-NT / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2(DE3) / References: UniProt: B1MG17, homoserine O-acetyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.48 Å3/Da / Density % sol: 64.7 % / Description: hexagonal prism |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 1.2M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 0.8M DIPOTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1 M CHES PH 9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2017 Details: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) and Si(220) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.69→49.48 Å / Num. obs: 128103 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.647 % / Biso Wilson estimate: 18.87 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.137 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 723417 / Scaling rejects: 79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5W8O Resolution: 1.69→49.48 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.17 / Phase error: 16.9 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.48 Å2 / Biso mean: 23.9349 Å2 / Biso min: 8.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.69→49.48 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
|