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- PDB-4beq: Structure of Vibrio cholerae broad spectrum racemase double mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4beq
タイトルStructure of Vibrio cholerae broad spectrum racemase double mutant R173A, N174A
要素ALANINE RACEMASE 2
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine racemase activity / ornithine racemase activity / arginine racemase activity / lysine racemase activity / amino-acid racemase / serine racemase activity / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding ...methionine racemase activity / ornithine racemase activity / arginine racemase activity / lysine racemase activity / amino-acid racemase / serine racemase activity / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / periplasmic space / cytosol
類似検索 - 分子機能
Racemase Bsr/Lyr / Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Racemase Bsr/Lyr / Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Broad specificity amino-acid racemase
類似検索 - 構成要素
生物種VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Carrasco-Lopez, C. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for the Broad Specificity of a New Family of Amino-Acid Racemases.
著者: Espaillat, A. / Carrasco-Lopez, C. / Bernardo-Garcia, N. / Pietrosemoli, N. / Otero, L.H. / Alvarez, L. / De Pedro, M.A. / Pazos, F. / Davis, B.M. / Waldor, M.K. / Hermoso, J.A. / Cava, F.
履歴
登録2013年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22014年7月9日Group: Database references
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALANINE RACEMASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0112
ポリマ－41,7641
非ポリマー2471
水7,999444
1
A: ALANINE RACEMASE 2
ヘテロ分子

A: ALANINE RACEMASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0234
ポリマ－83,5282
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-22.1 kcal/mol
Surface area27150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.997, 50.990, 76.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2215-

HOH

21A-2374-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ALANINE RACEMASE 2


分子量: 41764.230 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KSE5, alanine racemase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP): PLP IS COVALENTLY LINKED TO THE LYS74

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.2 M SODIUM BROMIDE, 29% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44.8 Å / Num. obs: 57665 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 12.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BEU

4beu


解像度: 1.5→44.856 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1704 4178 7.2 %
Rwork0.1474 --
obs0.1491 57629 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.647 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7748 Å20 Å2-2.3031 Å2
2--0.4747 Å20 Å2
3---1.3001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2928 0 15 444 3387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2974119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9311121
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5170.28521260.21611713X-RAY DIFFRACTION97
1.517-1.53490.24091440.19961735X-RAY DIFFRACTION97
1.5349-1.55360.20831370.1821785X-RAY DIFFRACTION97
1.5536-1.57330.22011160.18571702X-RAY DIFFRACTION97
1.5733-1.5940.21911260.17031812X-RAY DIFFRACTION98
1.594-1.61580.18331630.16361699X-RAY DIFFRACTION98
1.6158-1.63890.2051200.1621819X-RAY DIFFRACTION99
1.6389-1.66340.21391520.16831742X-RAY DIFFRACTION98
1.6634-1.68940.19391430.15411762X-RAY DIFFRACTION99
1.6894-1.71710.17871330.15211765X-RAY DIFFRACTION99
1.7171-1.74670.18891150.14751858X-RAY DIFFRACTION99
1.7467-1.77840.17671480.13951716X-RAY DIFFRACTION99
1.7784-1.81260.16781400.14211822X-RAY DIFFRACTION99
1.8126-1.84960.16921310.14751785X-RAY DIFFRACTION99
1.8496-1.88990.17891550.14521737X-RAY DIFFRACTION99
1.8899-1.93380.17921470.14051791X-RAY DIFFRACTION99
1.9338-1.98220.18151300.14261772X-RAY DIFFRACTION100
1.9822-2.03580.18741490.14081806X-RAY DIFFRACTION99
2.0358-2.09570.17841300.13931810X-RAY DIFFRACTION99
2.0957-2.16330.16561410.14061754X-RAY DIFFRACTION99
2.1633-2.24060.16921330.13811801X-RAY DIFFRACTION100
2.2406-2.33040.15271500.13611779X-RAY DIFFRACTION99
2.3304-2.43640.16141490.131802X-RAY DIFFRACTION100
2.4364-2.56480.16731450.13261793X-RAY DIFFRACTION100
2.5648-2.72550.14351170.13151829X-RAY DIFFRACTION99
2.7255-2.93590.16541360.14121778X-RAY DIFFRACTION99
2.9359-3.23130.17351840.14611768X-RAY DIFFRACTION99
3.2313-3.69870.17891510.14461807X-RAY DIFFRACTION99
3.6987-4.65920.12321340.1311824X-RAY DIFFRACTION100
4.6592-44.87610.16871330.18371885X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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