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- PDB-4bhy: Structure of alanine racemase from Aeromonas hydrophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bhy
タイトルStructure of alanine racemase from Aeromonas hydrophila
要素ALANINE RACEMASE
キーワードISOMERASE / D-AMINO ACIDS
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種AEROMONAS HYDROPHILA SUBSP. HYDROPHILA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Otero, L.H. / Carrasco-Lopez, C. / Bernardo-Garcia, N. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for the Broad Specificity of a New Family of Amino-Acid Racemases.
著者: Espaillat, A. / Carrasco-Lopez, C. / Bernardo-Garcia, N. / Pietrosemoli, N. / Otero, L.H. / Alvarez, L. / De Pedro, M.A. / Pazos, F. / Davis, B.M. / Waldor, M.K. / Hermoso, J.A. / Cava, F.
履歴
登録2013年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22014年7月9日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ALANINE RACEMASE
B: ALANINE RACEMASE
C: ALANINE RACEMASE
D: ALANINE RACEMASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,0184
ポリマ－166,0184
非ポリマー00
水2,432135
1
A: ALANINE RACEMASE
D: ALANINE RACEMASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0092
ポリマ－83,0092
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-20.1 kcal/mol
Surface area32070 Å2
手法PISA
2
B: ALANINE RACEMASE
C: ALANINE RACEMASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0092
ポリマ－83,0092
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-17.6 kcal/mol
Surface area31080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.804, 134.738, 192.147
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
ALANINE RACEMASE


分子量: 41504.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AEROMONAS HYDROPHILA SUBSP. HYDROPHILA (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0KH11, alanine racemase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97901
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→48.04 Å / Num. obs: 21300 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 97.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.25→3.43 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RCQ

1rcq


解像度: 3.25→47.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.851 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.656
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 2171 10.2 %RANDOM
Rwork0.2563 ---
obs0.2599 21284 92.48 %-
原子変位パラメータBiso mean: 113.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.2486 Å20 Å20 Å2
2--11.102 Å20 Å2
3----23.3506 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.837 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→47.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9948 0 0 135 10083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00910137HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.113821HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4583SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes237HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1458HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10137HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1357SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11159SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.41 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3084 301 10.59 %
Rwork0.2579 2542 -
all0.2632 2843 -
obs--92.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1476-1.360.16573.7187-0.59171.50060.04910.0675-0.0172-0.1063-0.1217-0.2697-0.13080.1950.0726-0.3040.0576-0.0815-0.1867-0.02560.30435.1586-15.979-36.8209
22.879-1.9836-0.13232.74480.05330-0.0967-0.158-0.51220.33010.04790.4803-0.0925-0.16330.0488-0.19330.1520.1252-0.3040.0060.30413.4749-47.178-13.3723
32.4346-2.00510.44543.71660.25750.49810.05380.2117-0.44-0.1878-0.12820.52510.04440.07530.0745-0.3040.1520.0826-0.23240.06590.304-7.7951-33.2241-28.4576
46.6088-0.95910.75872.45540.07330.44910.122-0.5360.1643-0.0077-0.0745-0.4575-0.0246-0.1379-0.0474-0.26870.09690.0282-0.26130.09040.230920.9752-1.4473-19.7805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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