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- PDB-5irp: Crystal structure of the alanine racemase Bsu17640 from Bacillus ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5irp | |||||||||
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Title | Crystal structure of the alanine racemase Bsu17640 from Bacillus subtilis | |||||||||
![]() | Alanine racemase 2 | |||||||||
![]() | ISOMERASE / racemase / PLP | |||||||||
Function / homology | ![]() alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bernardo-Garcia, N. / Gago, F. / Hermoso, J.A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Cold-induced aldimine bond cleavage by Tris in Bacillus subtilis alanine racemase. Authors: Bernardo-Garcia, N. / Sanchez-Murcia, P.A. / Espaillat, A. / Martinez-Caballero, S. / Cava, F. / Hermoso, J.A. / Gago, F. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 271.8 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 500.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 55.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6q70C ![]() 6q71C ![]() 6q72C ![]() 3ha1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 43708.840 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: alr2, yncD, BSU17640 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 8 types, 707 molecules ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/UAH.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CO2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/UAH.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CO2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.41 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: microbatch / pH: 8.5 Details: 15% PEG 4000 0.2M Magnesium Chloride 0.1M Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→49.15 Å / Num. obs: 53961 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 21.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.21 Å / Redundancy: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3HA1 Resolution: 2.1→49.15 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.34
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→49.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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