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- PDB-5bx2: Crystal structure of Thermoanaerobacterium xylanolyticum GH116 be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bx2
タイトルCrystal structure of Thermoanaerobacterium xylanolyticum GH116 beta-glucosidase with 2-deoxy-2-fluoroglucoside
要素beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / Thermoanaerobacterium xylanolyticum LX-11 / GH116 / beta-glucosidase / 2-deoxy-2-fluoroglucoside
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosylceramidase / glucosylceramide catabolic process / glucosylceramidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl-hydrolase family 116, catalytic region / Beta-glucosidase GBA2-type / Glycosyl-hydrolase family 116, N-terminal / : / Glycosyl-hydrolase family 116, catalytic region / beta-glucosidase 2, glycosyl-hydrolase family 116 N-term / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / Glucosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacterium xylanolyticum LX-11 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Charoenwattanasatien, R. / Pengthaisong, S. / Sansenya, S. / Mutoh, R. / Tanaka, H. / Kurisu, G. / Ketudat Cairns, J.R.
資金援助 タイ, 日本, 3件
組織認可番号国
The Thailand Research FundBRG5680012 タイ
Suranaree University of Technology, National Research University Project of the Commission on Higher Education of Thailand タイ
Institute for Protein Research, Osaka University 日本
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Bacterial beta-Glucosidase Reveals the Structural and Functional Basis of Genetic Defects in Human Glucocerebrosidase 2 (GBA2)
著者: Charoenwattanasatien, R. / Pengthaisong, S. / Breen, I. / Mutoh, R. / Sansenya, S. / Hua, Y. / Tankrathok, A. / Wu, L. / Songsiriritthigul, C. / Tanaka, H. / Williams, S.J. / Davies, G.J. / ...著者: Charoenwattanasatien, R. / Pengthaisong, S. / Breen, I. / Mutoh, R. / Sansenya, S. / Hua, Y. / Tankrathok, A. / Wu, L. / Songsiriritthigul, C. / Tanaka, H. / Williams, S.J. / Davies, G.J. / Kurisu, G. / Ketudat Cairns, J.R.
履歴
登録2015年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,64421
ポリマ－91,7941
非ポリマー1,85020
水11,313628
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)177.112, 54.688, 83.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 beta-glucosidase


分子量: 91794.180 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-806 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The author believe that the E.C. number and the enzyme name in UniProt F6BL85 is incorrect.
由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium xylanolyticum LX-11 (バクテリア)
株: LX-11 / 遺伝子: Thexy_2211 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F6BL85, beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-G2F / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-glucose / 2-フルオロ-D-ブドウ糖


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H11FO5
識別子タイププログラム
a-D-Glcp2fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 647分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.18 M Ammonium Sulfate, 23% PEG 3000, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 105075 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 34.5
反射 シェル解像度: 1.61→1.67 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BVU

5bvu


解像度: 1.61→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.324 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17643 5144 4.9 %RANDOM
Rwork0.15518 ---
obs0.15623 99862 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.508 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.61→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6221 0 118 628 6967
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.026580
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2131.9448894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.749313913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1645783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.84625.35314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.726151097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7931512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021545
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.831.3883114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.831.3883113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4322.0813903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4322.0813904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0851.5393466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0841.5393466
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7722.2264992
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.45112.3018483
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.24911.8348206
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.612→1.653 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 364 -
Rwork0.189 7157 -
obs--97.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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