PDB-5e2g: Crystal Structure of D-alanine Carboxypeptidase AmpC from Burkhol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e2g

タイトル

Crystal Structure of D-alanine Carboxypeptidase AmpC from Burkholderia cenocepacia

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.651 Å

データ登録者

Kim, Y. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of D-alanine Carboxypeptidase AmpC from Burkholderia cenocepacia
著者: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e2g.cif.gz	294.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e2g.ent.gz	238.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e2g_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e2g_full_validation.pdf.gz	465.6 KB	表示
XML形式データ	5e2g_validation.xml.gz	37.2 KB	表示
CIF形式データ	5e2g_validation.cif.gz	54.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/5e2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/5e2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e2h
類似構造データ	3s1y-d 4u0t-6 4kg5-4 1ke0-2 6dxw-2 1kvl-1 1xgj-1 1rr6-d 2vqv-1 1sb9-d 5chj-1 2hdu-1 5za2-2 1pi5-1 6tzj-3 4lv0-1 6lc7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-apc115018

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

79.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.965, 85.965, 90.399
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 39660.250 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 31-388 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: ampC, BCAS0156 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EPS2, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.5 M potassium thioccyanate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 87979 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 20.97
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / % possible all: 80.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2104: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SBC-Collect		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.651→34.42 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 19.33 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1892	4479	5.1 %	random
R_work	0.1501	-	-	-
obs	0.1528	87896	97.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.651→34.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5294	0	26	702	6022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.885	7466
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.714	3260
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	829
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	966

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6507-1.6791	0.2716	200	0.2689	3347	X-RAY DIFFRACTION	75
1.6791-1.7096	0.2889	191	0.2446	3737	X-RAY DIFFRACTION	82
1.7096-1.7425	0.2749	212	0.2328	3868	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7425-1.7781	0.2655	202	0.222	4320	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7781-1.8167	0.1976	201	0.1972	4274	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8167-1.8589	0.2733	202	0.1958	4268	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8589-1.9054	0.2145	270	0.1896	4207	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9054-1.9569	0.1994	176	0.1857	4380	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9569-2.0144	0.2037	230	0.1825	4205	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0144-2.0794	0.2054	200	0.1703	4280	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0794-2.1537	0.2016	210	0.1754	4345	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1537-2.2398	0.2047	264	0.1773	4151	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2398-2.3416	0.2074	270	0.1707	4240	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3416-2.4649	0.2509	212	0.1741	4278	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4649-2.6191	0.2073	278	0.1621	4214	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6191-2.8209	0.1991	208	0.1545	4280	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8209-3.104	0.1925	213	0.1425	4297	X-RAY DIFFRACTION	95
3.104-3.5514	0.1639	212	0.1236	4283	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5514-4.4678	0.1464	235	0.1003	4236	X-RAY DIFFRACTION	95
4.4678-21.4931	0.1398	209	0.1174	4262	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4233	-0.0731	0.0826	1.3935	0.1603	0.783	-0.026	0.0269	0.2018	0.0474	-0.1293	0.1675	-0.2415	-0.0857	0.0914	0.2277	-0.0058	-0.0566	0.1456	-0.0414	0.1606	-16.556	19.6402	0.6408
2	1.2086	0.4558	0.5482	0.5041	-0.0845	0.504	0.1454	-0.3651	-0.1283	0.2393	-0.1028	-0.0909	0.1418	-0.2522	0.0253	0.2624	-0.0729	-0.0342	0.2271	0.0296	0.1788	-10.4101	-1.7513	9.4029
3	1.8877	-0.6392	0.2102	0.7707	0.2346	0.5185	-0.1827	-0.2662	0.0827	0.3162	0.0189	0.0323	-0.2442	-0.0336	0.1331	0.2906	0.0026	-0.0386	0.1727	-0.0255	0.1819	-10.7599	19.3522	10.7888
4	0.9086	0.0351	0.2704	1.2929	0.329	0.7395	-0.0877	0.0655	0.08	-0.0365	-0.0522	0.108	-0.1241	-0.0501	0.102	0.1695	-0.011	-0.0322	0.1564	-0.0114	0.1358	-16.9445	12.2955	-6.9089
5	2.0322	0.8961	-0.574	1.7013	0.6983	0.8549	-0.0721	-0.2538	-0.3473	0.2217	-0.317	0.5139	0.3863	-0.5239	0.0367	0.309	-0.0961	0.1613	0.2689	-0.1012	0.4362	-28.2706	21.6816	45.0478
6	1.545	0.5548	-0.4141	2.0666	0.0445	0.5637	-0.0532	0.0992	-0.1062	-0.0968	-0.046	-0.0359	0.1442	-0.0468	0.1061	0.2116	0.0203	0.0524	0.1374	-0.0209	0.1408	-10.7011	35.7923	35.1271
7	0.8737	-0.7334	-0.5273	1.2296	0.2375	0.4215	0.0566	0.1423	0.038	-0.1573	-0.0459	0.0034	-0.0566	-0.1155	-0.0072	0.2075	0.0416	0.0143	0.1843	0.0144	0.1507	-7.7886	45.9341	30.4197
8	2.4582	0.5691	0.4887	0.357	0.4954	0.7465	-0.1482	0.345	-0.1234	-0.2074	-0.0165	0.2443	0.0978	-0.1897	0.1068	0.3332	0.0029	0.0357	0.2598	-0.0739	0.2401	-16.7583	28.8708	26.4388
9	0.8373	-0.0206	-0.3449	1.2099	0.276	0.7718	-0.0771	-0.055	-0.0988	0.052	-0.0367	0.1261	0.1458	-0.0422	0.1076	0.1729	0.0151	0.0413	0.1433	-0.0148	0.1513	-17.041	37.3267	46.2492

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 94 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 95 through 159 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 160 through 217 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 218 through 355 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 29 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 30 through 100 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 101 through 177 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 178 through 217 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 218 through 355 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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