[日本語] English
万見
- PDB-5dzc: Crystal structure of the cGMP-dependent protein kinase PKG from P... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dzc
タイトルCrystal structure of the cGMP-dependent protein kinase PKG from Plasmodium Vivax - AMPPNP bound
要素cGMP-dependent protein kinase, putative
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics Consortium (SGC) / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / cGMP binding / endoplasmic reticulum membrane / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Jelly Rolls / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / cGMP-dependent protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Walker, J.R. / El Bakkouri, M. / Loppnau, P. / Graslund, S. / He, H. / Seitova, A. / Hutchinson, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...Walker, J.R. / El Bakkouri, M. / Loppnau, P. / Graslund, S. / He, H. / Seitova, A. / Hutchinson, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structures of the cGMP-dependent protein kinase in malaria parasites reveal a unique structural relay mechanism for activation.
著者: El Bakkouri, M. / Kouidmi, I. / Wernimont, A.K. / Amani, M. / Hutchinson, A. / Loppnau, P. / Kim, J.J. / Flueck, C. / Walker, J.R. / Seitova, A. / Senisterra, G. / Kakihara, Y. / Kim, C. / ...著者: El Bakkouri, M. / Kouidmi, I. / Wernimont, A.K. / Amani, M. / Hutchinson, A. / Loppnau, P. / Kim, J.J. / Flueck, C. / Walker, J.R. / Seitova, A. / Senisterra, G. / Kakihara, Y. / Kim, C. / Blackman, M.J. / Calmettes, C. / Baker, D.A. / Hui, R.
履歴
登録2015年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.32019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cGMP-dependent protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,36213
ポリマ－96,7271
非ポリマー63612
水2,540141
1
A: cGMP-dependent protein kinase, putative
ヘテロ分子

A: cGMP-dependent protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,72426
ポリマ－193,4532
非ポリマー1,27124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area7540 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area73560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.111, 117.906, 67.731
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 cGMP-dependent protein kinase, putative


分子量: 96726.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (strain Salvador I) (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVX_084705 / プラスミド: pFBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: A5K0N4

-
非ポリマー , 5種, 153分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18.2% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.1M Succinate, 2mM MgCl2,5mM AMPPNP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 65835 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 1.237 / Net I/av σ(I): 16.885 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 270566
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.383.70.84562860.6980.4750.9730.77895.5
2.38-2.4840.68165420.8020.3790.7810.81299.2
2.48-2.594.20.56966320.8580.3140.6510.813100
2.59-2.734.20.40666110.9060.2230.4640.891100
2.73-2.94.20.25266310.9630.1380.2880.927100
2.9-3.124.20.15866320.9830.0870.1810.989100
3.12-3.444.20.11166550.9890.0610.1271.242100
3.44-3.934.20.08366210.9930.0460.0951.7599.8
3.93-4.954.10.0665950.9950.0340.0692.19899
4.95-504.10.04266300.9970.0240.0481.91697.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4MYI

4myi
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 20.522 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 3186 4.8 %RANDOM
Rwork0.2212 ---
obs0.2228 62646 98.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 157.4 Å2 / Biso mean: 74.39 Å2 / Biso min: 27.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.85 Å20 Å20.15 Å2
2---4.14 Å20 Å2
3---2.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6395 0 42 144 6581
Biso mean--79.11 60.97 -
残基数----816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196590
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.968909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.917314361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9065823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73624.375304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.706151162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4941540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8112.4743286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8112.4723285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4873.74108
LS精密化 シェル解像度: 2.302→2.362 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 228 -
Rwork0.371 4025 -
all-4253 -
obs--86.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.88723.7082-0.96021.2686-0.340.24120.20390.0487-0.48970.01420.0235-0.1198-0.02410.0569-0.22730.87060.1482-0.23940.70050.09760.6416-4.69132.81638.73
25.20270.1414.12082.13020.73528.9618-0.0898-0.7856-0.27020.4616-0.008-0.1885-0.04730.60620.09790.61280.1059-0.23760.93740.23180.3351-11.93635.39545.261
30.58060.36680.50012.2268-0.39693.12030.01640.0243-0.06760.35740.0431-0.33030.41950.2159-0.05940.77410.0704-0.06120.4103-0.04660.1168-39.64929.4033.112
40.11210.22230.12655.89842.03860.76030.08890.13350.0481-0.7642-0.0397-0.2967-0.13310.0931-0.04910.91330.08860.0630.49460.05330.1472-41.98668.719-0.677
55.7654-0.3791-0.31792.8132-0.11513.36750.2262-0.10491.03180.2643-0.3418-0.9051-0.63150.95090.11560.7205-0.2192-0.09730.63250.09240.4488-21.43171.46924.953
61.95630.1567-0.41492.2-1.01322.72480.2118-0.13570.02540.2799-0.2142-0.1134-0.05660.28830.00240.7554-0.033-0.10220.46070.00110.0187-36.08253.54632.349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2A74 - 162
3X-RAY DIFFRACTION3A163 - 373
4X-RAY DIFFRACTION4A374 - 516
5X-RAY DIFFRACTION5A517 - 617
6X-RAY DIFFRACTION6A618 - 844

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る