PDB-5du1: Crystal structure of Dendroaspis polylepis mambalgin-1 wild-type ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5du1

タイトル

Crystal structure of Dendroaspis polylepis mambalgin-1 wild-type in P21 space group.

要素

Mambalgin-1

キーワード

TOXIN / Acid Sensing Ion Channels / Elapid Venoms / analgesic polypeptide

機能・相同性

機能・相同性情報

ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Stura, E.A. / Tepshi, L. / Mourier, G. / Kessler, P. / Servent, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Mambalgin-1 Pain-relieving Peptide, Stepwise Solid-phase Synthesis, Crystal Structure, and Functional Domain for Acid-sensing Ion Channel 1a Inhibition.
著者: Mourier, G. / Salinas, M. / Kessler, P. / Stura, E.A. / Leblanc, M. / Tepshi, L. / Besson, T. / Diochot, S. / Baron, A. / Douguet, D. / Lingueglia, E. / Servent, D.

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月17日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5du1.cif.gz	64.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5du1.ent.gz	46.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5du1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5du1_validation.pdf.gz	436 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5du1_full_validation.pdf.gz	437 KB	表示
XML形式データ	5du1_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	5du1_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/5du1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/5du1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5do6SC 5dz5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dz5-1 1sl6-2 4no4-2 2ybo-d 4no4-3 2ymz-1 5v5r-d 6c5d-1 3g6t-d 4no4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mambalgin-1

B: Mambalgin-1

C: Mambalgin-1

D: Mambalgin-1

26.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.030, 50.240, 46.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 57 / Label seq-ID: 1 - 57

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Mambalgin-1 / Mamb-1 / Pi-Dp1 分子量: 6574.644 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: wild-type polypeptide found in the venom 由来: (天然) Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ) 参照: UniProt: P0DKR6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.41 % / 解説: prismatic
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: protein: 5 mg/mL in 0.550 M Na Acetate pH 5.5 precipitant: 18% PEG4K, 3% MPD, 3% 1,4-dioxane, .188 M Imidazole Malate, pH 6 cryoprotectant:: CrySol-SM5, 30% PEG 600, 0.1 M mixed (Na acetate, ADA, Bicine), pH 7.5 PH範囲: 6-7.5 / Temp details: cooled incubator

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月29日詳細: Compound Refractive Lens Fully automatic data collection
放射	モノクロメーター: diamond beam splitter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→46.796 Å / Num. all: 15969 / Num. obs: 15969 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 13.77
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 2.77 % / R_merge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 4.35 / % possible all: 84.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DO6

5do6

解像度: 1.8→38.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 3.832 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22433	807	5 %	RANDOM
R_work	0.17406	-	-	-
obs	0.17662	15332	95.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.705 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.11 Å²	-0 Å²	0.22 Å²
2-	-	-1.22 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→38.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1804	0	0	196	2000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.013	0.02	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.065	1.945	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.375	3	4091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.997	5	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.855	23.488	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.159	15	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.029	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	462
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.696	2.406	937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.676	2.402	936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.123	3.586	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.125	3.588	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.723	2.894	969
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.715	2.895	969
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.76	4.151	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.462	20.878	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.446	20.515	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4972	0.23
1	2	B	4972	0.23
2	1	A	5164	0.21
2	2	C	5164	0.21
3	1	A	5006	0.25
3	2	D	5006	0.25
4	1	B	5428	0.19
4	2	C	5428	0.19
5	1	B	4966	0.24
5	2	D	4966	0.24
6	1	C	4932	0.24
6	2	D	4932	0.24

LS精密化シェル

解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	42	-
R_work	0.255	799	-
obs	-	-	67.93 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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