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- PDB-5dtd: Crystal structure of Fis bound to 27bp DNA F1-8C (AAATTCGTTTGAATT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dtd
タイトルCrystal structure of Fis bound to 27bp DNA F1-8C (AAATTCGTTTGAATTTTGAGCGAATTT)
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • DNA-binding protein Fis
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / HTH domain / DNA bending / indirect recognition / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / nucleoid / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex ...invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / nucleoid / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / response to radiation / nucleosome / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein Fis / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding protein Fis
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.642 Å
データ登録者Hancock, S.P. / Cascio, D. / Johnson, R.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM038509 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: DNA Sequence Determinants Controlling Affinity, Stability and Shape of DNA Complexes Bound by the Nucleoid Protein Fis.
著者: Hancock, S.P. / Stella, S. / Cascio, D. / Johnson, R.C.
履歴
登録2015年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength ...database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein Fis
B: DNA-binding protein Fis
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0934
ポリマ－39,0934
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8750 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.280, 93.200, 154.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein Fis / Factor-for-inversion stimulation protein / Hin recombinational enhancer-binding protein


分子量: 11252.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: fis, b3261, JW3229 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6R3
#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8335.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8251.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Sodium citrate, 0.1 M TRIS-HCl pH 8.5, 36% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→79.77 Å / Num. obs: 18446 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 36.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 17.2 / Num. measured all: 71833 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.64-2.7840.5832.7970224490.8130.34589.9
8.35-79.773.30.0238.322496770.9990.01397.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
Aimless0.5.14データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IV5

3iv5


解像度: 2.642→44.609 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 1659 9.96 %Random selection
Rwork0.216 14997 --
obs0.2197 16656 87.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.18 Å2 / Biso mean: 40.9643 Å2 / Biso min: 9.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.642→44.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1505 1101 0 5 2611
Biso mean---22.01 -
残基数----243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1023942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.5261128
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6418-2.71960.4438430.386141645929
2.7196-2.80730.3893920.347588197362
2.8073-2.90760.3811250.32471155128082
2.9076-3.0240.37111520.28891380153299
3.024-3.16160.28311570.2714071564100
3.1616-3.32830.25481590.246614321591100
3.3283-3.53670.25741430.22491286142993
3.5367-3.80970.22751490.20171330147994
3.8097-4.19280.21471440.18351292143690
4.1928-4.79890.18961600.167214481608100
4.7989-6.04370.21551620.182614531615100
6.0437-44.61560.23951730.17011517169098
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.1403 Å / Origin y: 1.8005 Å / Origin z: -5.5673 Å
111213212223313233
T0.3434 Å2-0.0137 Å2-0.0293 Å2-0.2955 Å2-0.0073 Å2--0.0886 Å2
L1.1568 °20.0243 °20.4954 °2-0.7287 °20.0411 °2--1.9698 °2
S0.0585 Å °0.0924 Å °-0.2552 Å °-0.1118 Å °0.123 Å °0.0228 Å °0.7496 Å °-0.0486 Å °-0.13 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA8 - 98
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 98
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 27
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 27
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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