PDB-5dqy: A fully oxidized human thioredoxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dqy

タイトル

A fully oxidized human thioredoxin

要素

Thioredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / Protein repair / cellular detoxification of hydrogen peroxide / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / negative regulation of protein export from nucleus / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / positive regulation of DNA binding / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Hwang, J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of fully oxidized human thioredoxin.
著者: Hwang, J. / Nguyen, L.T. / Jeon, Y.H. / Lee, C.Y. / Kim, M.H.

履歴

登録	2015年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dqy.cif.gz	60.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dqy.ent.gz	43.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dqy_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dqy_full_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示
XML形式データ	5dqy_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	5dqy_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4x43-1 6wax-2 6q6v-2 2vlt-1 6q6t-d 4hlx-4 1svy-d 5ioi-3 4gwr-1 6q6u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (11) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

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「今月の分子」の関連する項目

#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (11)
#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (2)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (4)
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アミロイド (Amyloids)
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レグマイン (Legumain)
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#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin

ヘテロ分子

12 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Thioredoxin

ヘテロ分子

A: Thioredoxin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.204, 61.231, 64.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-596- HOH

#1: タンパク質	Thioredoxin / Trx / ATL-derived factor / ADF / Surface-associated sulphydryl protein / SASP 分子量: 11750.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TXN, TRDX, TRX, TRX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10599
#2: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID 分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Ammonium citrate, Bis-Tris propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 20475 / % possible obs: 96.39 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 17.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.4→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.225 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20942	1042	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15764	-	-	-
obs	0.16012	19412	96.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.37 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	817	0	16	112	945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.02	871
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.248	1.968	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.887	5	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.913	26.842	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.744	15	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.159	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.638	1.269	430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.879	1.899	539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.376	1.745	439
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.916	13.324	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.996	3	869
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	33.89	5	39
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	11.96	5	925

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	53	-
R_work	0.335	1109	-
obs	-	-	76.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.133 Å / Origin y: 10.409 Å / Origin z: 10.12 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0011 Å²	-0.0008 Å²	0.0002 Å²	-	0.001 Å²	-0.0009 Å²	-	-	0.0018 Å²
L	0.1395 °²	-0.0021 °²	0.0723 °²	-	0.2333 °²	0.0545 °²	-	-	0.367 °²
S	-0.0045 Å °	0.0017 Å °	0.0053 Å °	-0.0009 Å °	0.0055 Å °	-0.0044 Å °	0.0125 Å °	-0.0071 Å °	-0.0009 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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