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- PDB-5dql: Crystal Structure of 2-vinyl glyoxylate modified isocitrate lyase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dql
タイトルCrystal Structure of 2-vinyl glyoxylate modified isocitrate lyase from Mycobacterium tuberculosis
要素Isocitrate lyase 1
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methylisocitrate lyase / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / response to host immune response / glyoxylate cycle / zymogen binding / tricarboxylic acid cycle / cellular response to hypoxia ...methylisocitrate lyase / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / response to host immune response / glyoxylate cycle / zymogen binding / tricarboxylic acid cycle / cellular response to hypoxia / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-2-oxobutanoic acid / Isocitrate lyase 1 / Isocitrate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.782 Å
データ登録者Huang, H.-L. / Meek, T.D.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Mechanism-based inactivator of isocitrate lyases 1 and 2 from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Pham, T.V. / Murkin, A.S. / Moynihan, M.M. / Harris, L. / Tyler, P.C. / Shetty, N. / Sacchettini, J.C. / Huang, H.L. / Meek, T.D.
履歴
登録2015年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate lyase 1
B: Isocitrate lyase 1
C: Isocitrate lyase 1
D: Isocitrate lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,13113
ポリマ－188,5384
非ポリマー5949
水22,3391240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33720 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area49600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.086, 129.236, 167.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Isocitrate lyase 1 / ICL1 / Isocitrase / Isocitratase / Methylisocitrate lyase / MICA


分子量: 47134.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman) (結核菌)
株: ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman / 遺伝子: icl1, ERDMAN_0512, Q643_00485 / プラスミド: pET30(b) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: H8EVV4, UniProt: P9WKK7*PLUS, isocitrate lyase, methylisocitrate lyase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-VGX / 4-hydroxy-2-oxobutanoic acid / 2-オキソ-4-ヒドロキシブタン酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 4000, Sodium acetate, Tris-HCl / PH範囲: 7.5-8.5 / Temp details: Varies between 289-291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid N2 cryo stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→42.31 Å / Num. obs: 155652 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.0408 / Net I/σ(I): 14.01
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 0.45 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
SBC-CollectSBC CATデータ収集
SCALEPACKHKL3000データスケーリング
CootCOOT 0.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F8M

1f8m


解像度: 1.782→34.274 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2461 7803 5.03 %Random
Rwork0.2026 ---
obs0.2048 155177 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.782→34.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13232 0 33 1240 14505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12618434
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.74854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0762022
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.782-1.80220.40642110.38034221X-RAY DIFFRACTION86
1.8022-1.82340.39072610.37214785X-RAY DIFFRACTION98
1.8234-1.84570.40822420.36314881X-RAY DIFFRACTION99
1.8457-1.8690.38132430.33674893X-RAY DIFFRACTION100
1.869-1.89360.41462630.3244863X-RAY DIFFRACTION100
1.8936-1.91960.34622720.30694888X-RAY DIFFRACTION100
1.9196-1.9470.32812390.29824908X-RAY DIFFRACTION100
1.947-1.97610.34192580.2894932X-RAY DIFFRACTION100
1.9761-2.00690.35622610.28154871X-RAY DIFFRACTION100
2.0069-2.03980.34922550.28194917X-RAY DIFFRACTION100
2.0398-2.0750.31882400.27334934X-RAY DIFFRACTION100
2.075-2.11270.33322520.26254911X-RAY DIFFRACTION100
2.1127-2.15340.30752690.26014924X-RAY DIFFRACTION100
2.1534-2.19730.30982670.2554880X-RAY DIFFRACTION100
2.1973-2.24510.3482540.25834897X-RAY DIFFRACTION100
2.2451-2.29730.29452560.24924965X-RAY DIFFRACTION100
2.2973-2.35470.31062580.24544918X-RAY DIFFRACTION100
2.3547-2.41840.34392710.23014938X-RAY DIFFRACTION100
2.4184-2.48950.28922710.22434882X-RAY DIFFRACTION100
2.4895-2.56980.27542670.21734917X-RAY DIFFRACTION100
2.5698-2.66170.28932820.21624929X-RAY DIFFRACTION100
2.6617-2.76820.2622490.21364974X-RAY DIFFRACTION100
2.7682-2.89410.28362620.21014963X-RAY DIFFRACTION100
2.8941-3.04660.25512540.2064955X-RAY DIFFRACTION100
3.0466-3.23730.25362650.20974975X-RAY DIFFRACTION100
3.2373-3.48710.24742750.20094957X-RAY DIFFRACTION100
3.4871-3.83760.19952700.17345014X-RAY DIFFRACTION100
3.8376-4.39190.18372850.15585018X-RAY DIFFRACTION100
4.3919-5.52960.1962730.14855059X-RAY DIFFRACTION100
5.5296-34.28010.1672780.15145205X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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