PDB-5dqe: Crystal structure of human transcription factor TEAD2 in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dqe

タイトル

Crystal structure of human transcription factor TEAD2 in complex with bromo-fenamic acid

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

TRANSCRIPTION / flufenamates / Hippo pathway / cancer therapy

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell differentiation / Formation of axial mesoderm / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.183 Å

データ登録者

Han, X. / Luo, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Targeting the Central Pocket in Human Transcription Factor TEAD as a Potential Cancer Therapeutic Strategy.
著者: Pobbati, A.V. / Han, X. / Hung, A.W. / Weiguang, S. / Huda, N. / Chen, G.Y. / Kang, C. / Chia, C.S. / Luo, X. / Hong, W. / Poulsen, A.

履歴

登録	2015年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.2	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dqe.cif.gz	254.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dqe.ent.gz	211.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dqe_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dqe_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5dqe_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	5dqe_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dq8C 3l15S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7cmm-4 4w50-4 5hgu-1 6y4z-3 2c46-3 6chx-2 4z9d-1 4p7g-3 1lem-d 6aw4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

55.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.470, 61.582, 80.419
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.70, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 27489.096 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 217-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物	ChemComp-5E4 / 2-[(3-bromophenyl)amino]benzoic acid / 2-(3-ブロモアニリノ)安息香酸分子量: 292.128 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₀BrNO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.2 and 2.4 M sodium formate. / PH範囲: 7.0-7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91925 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91925 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→40 Å / Num. obs: 24263 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.14 / % possible all: 86.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1951)	精密化
HKL-3000		位相決定
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3L15

3l15

解像度: 2.183→38.669 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2274	1213	5 %	Random selection
R_work	0.1789	-	-	-
obs	0.1812	24260	88.1 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.183→38.669 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3301	0	51	107	3459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	3434
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.498	4633
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.104	1275
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	493
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	594

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1826-2.27	0.268	83	0.2119	1586	X-RAY DIFFRACTION	55
2.27-2.3733	0.2638	104	0.2006	1966	X-RAY DIFFRACTION	68
2.3733-2.4984	0.2687	119	0.2068	2261	X-RAY DIFFRACTION	79
2.4984-2.6549	0.2598	139	0.2081	2634	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6549-2.8598	0.2735	152	0.205	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8598-3.1475	0.2841	152	0.198	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1475-3.6027	0.2084	154	0.1656	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6027-4.5379	0.1828	155	0.1438	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5379-38.6755	0.2132	155	0.1827	2963	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8253	-0.1203	-1.048	4.1576	-0.2975	4.5924	-0.1313	0.9546	0.0796	-0.3926	0.4244	0.6916	-0.6131	-0.2912	-0.369	0.4001	0.0567	0.0647	0.4671	0.0425	0.4307	36.7522	49.8259	-15.8666
2	1.8124	0.4705	-1.4714	0.5205	-0.6483	5.1941	0.1993	-0.2896	0.264	0.1205	0.205	0.2115	-0.4276	0.1998	-0.1664	0.3264	0.0891	0.0493	0.1782	0.0154	0.3372	42.4106	48.1277	-14.4196
3	4.8603	1.2857	4.7655	1.4144	0.4026	5.9794	0.3909	-0.4384	-0.4837	0.0837	-0.1624	-0.1824	0.75	-0.019	-0.416	0.221	-0.0345	-0.0442	0.2811	-0.0325	0.2094	47.299	17.0928	-7.6331
4	6.2734	-0.0717	0.0707	2.5629	0.0034	3.713	-0.1551	-0.283	-0.616	0.1018	0.062	0.1119	0.6014	-0.666	-0.0315	0.3302	-0.1122	-0.0371	0.1839	-0.0487	0.2854	37.6617	11.9901	-14.0751
5	6.8475	-2.435	2.837	3.6905	-5.7231	9.1953	0.1697	1.5492	0.6508	-0.551	-0.5413	-0.9405	0.1286	1.6446	0.0945	0.4173	0.0276	0.0139	0.7639	-0.0433	0.5638	63.4224	21.0527	-22.0647
6	3.3737	0.2201	0.9046	2.3773	0.1875	3.5868	-0.3761	0.0454	0.4646	-0.4951	0.0466	-0.1532	-0.0863	0.3491	0.307	0.2787	0.0762	-0.0504	0.1725	0.0434	0.2446	54.3769	22.8053	-17.6071
7	1.4884	0.9561	2.0955	0.9542	0.5004	4.9715	0.017	-0.3708	0.2067	0.0647	-0.1652	0.0091	0.0953	-0.0795	0.0207	0.1667	0.0773	-0.0565	0.2637	-0.0268	0.2078	45.7933	25.3418	-10.018
8	4.7143	-0.9373	-1.9659	2.2149	1.0723	1.0625	-0.1115	-0.2706	0.063	-0.218	0.2758	0.1985	0.0287	-0.0277	-0.1329	0.2697	0.1615	-0.1144	0.3187	-0.0395	0.3054	45.5641	31.8808	-14.0261
9	5.133	0.4234	5.4395	1.1553	1.4681	7.6577	0.0099	-0.9949	-0.2851	0.0219	0.0796	-0.1219	-0.0767	-1.1692	-0.1337	0.1889	-0.009	0.0241	0.4485	-0.026	0.2158	40.2725	22.7394	-2.2362
10	4.9352	-4.1123	-4.11	4.3762	3.1948	3.4023	0.1004	0.3536	-0.1027	-0.6625	-0.001	0.3909	-0.1479	-0.4957	0.1323	0.2461	0.0134	-0.0206	0.3273	-0.0108	0.1833	37.9968	20.2163	-30.6102
11	2.5469	1.9064	1.1036	3.9323	2.5656	3.0877	-0.0607	-0.1557	0.0419	-0.0953	0.066	-0.1947	0.0402	-0.0222	-0.0551	0.1711	0.0645	-0.0526	0.123	-0.0152	0.1829	50.7612	22.414	-19.0936
12	4.012	1.6758	0.676	4.676	1.0598	4.054	0.0653	-0.0642	-0.6954	-0.0113	0.2307	-0.448	0.9021	0.5239	-0.4777	0.4314	0.0501	0.008	0.1185	-0.0372	0.3154	54.7288	11.5987	-18.3856

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 222 through 293 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 294 through 446 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 220 through 238 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 239 through 267 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 268 through 277 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 278 through 325 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 326 through 351 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 352 through 362 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 363 through 380 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 381 through 395 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 396 through 430 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 431 through 448 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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