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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dnb | |||||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE B-DNA DECAMER C-C-A-A-C-G-T-T-G-G AND COMPARISON WITH ISOMORPHOUS DECAMERS C-C-A-A-G-A-T-T-G-G AND C-C-A-G-G-C-C-T-G-G | |||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.4 Å | データ登録者 | Prive, G.G. / Yanagi, K. / Dickerson, R.E. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 | タイトル: Structure of the B-DNA decamer C-C-A-A-C-G-T-T-G-G and comparison with isomorphous decamers C-C-A-A-G-A-T-T-G-G and C-C-A-G-G-C-C-T-G-G. 著者: Prive, G.G. / Yanagi, K. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dnb.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dnb.ent.gz | 10.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dnb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5dnb_validation.pdf.gz | 364.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5dnb_full_validation.pdf.gz | 368.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5dnb_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5dnb_validation.cif.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/5dnb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/5dnb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THESE WATER MOLECULES MAKE A SPLINE OF HYDRATION. / 2: THESE WATER MOLECULES MAKE A SPLINE OF HYDRATION. / 3: THESE WATER MOLECULES MAKE A SPLINE OF HYDRATION. / 4: HOH 63 IS ONLY 1.57 ANGSTROMS FROM THE O4* OF A 8. | ||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→8 Å / Num. obs: 4402 / Observed criterion σ(I): 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.4→8 Å / σ(F): 1 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / Num. reflection all: 4402 / σ(F): 1 / Rfactor all: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |