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万見
- PDB-5w0y: Solution NMR Structure of a Class I Hydrophobin from Serpula lacrymans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w0y
タイトルSolution NMR Structure of a Class I Hydrophobin from Serpula lacrymans
要素Hydrophobin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Hydophobin
機能・相同性Fungal hydrophobin / Hydrophobin, conserved site / Fungal hydrophobins signature. / Hydrophobin / Hydrophobins / structural constituent of cell wall / fungal-type cell wall / extracellular region / Hydrophobin
機能・相同性情報
生物種Serpula lacrymans var. lacrymans (菌類)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Kenward, C. / Langelaan, D.N.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2017-05338 カナダ
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2022
タイトル: Characterization of the structure and self-assembly of two distinct class IB hydrophobins.
著者: Vergunst, K.L. / Kenward, C. / Langelaan, D.N.
履歴
登録2017年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrophobin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4401
ポリマ－8,4401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4950 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hydrophobin


分子量: 8440.296 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 19-104 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serpula lacrymans var. lacrymans (菌類)
株: S7.9 / 遺伝子: slh4, SERLADRAFT_457525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F8NJA2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic13D (H)CCH-COSY
181isotropic12D 1H-13C HSQC
191isotropic13D 1H-13C NOESY
1101isotropic13D 1H-15N NOESY
1112isotropic22D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1800 uM [U-13C; U-15N] Slahyd1, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2OSlaHyd190% H2O/10% D2O
solution2100 uM [U-15N] Slahyd1, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 100% D2OSlaHyd1100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
800 uMSlahyd1[U-13C; U-15N]1
20 mMMESnatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
100 uMSlahyd1[U-15N]2
20 mMMESnatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態イオン強度: 70 mM / Label: Condition 1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR2.4.2Variancollection
ARIA2.3.1Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
AnalysisCCPNchemical shift assignment
AnalysisCCPNデータ解析
ARIA2.3.1Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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