[日本語] English
万見
- PDB-5dnb: STRUCTURE OF THE B-DNA DECAMER C-C-A-A-C-G-T-T-G-G AND COMPARISON... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dnb
タイトルSTRUCTURE OF THE B-DNA DECAMER C-C-A-A-C-G-T-T-G-G AND COMPARISON WITH ISOMORPHOUS DECAMERS C-C-A-A-G-A-T-T-G-G AND C-C-A-G-G-C-C-T-G-G
要素DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
キーワードDNA / B-DNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Prive, G.G. / Yanagi, K. / Dickerson, R.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Structure of the B-DNA decamer C-C-A-A-C-G-T-T-G-G and comparison with isomorphous decamers C-C-A-A-G-A-T-T-G-G and C-C-A-G-G-C-C-T-G-G.
著者: Prive, G.G. / Yanagi, K. / Dickerson, R.E.
履歴
登録1990年3月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01991年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1425
ポリマ－3,0451
非ポリマー974
水1,38777
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,28410
ポリマ－6,0902
非ポリマー1948
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)32.250, 25.530, 34.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: THESE WATER MOLECULES MAKE A SPLINE OF HYDRATION. / 2: THESE WATER MOLECULES MAKE A SPLINE OF HYDRATION. / 3: THESE WATER MOLECULES MAKE A SPLINE OF HYDRATION. / 4: HOH 63 IS ONLY 1.57 ANGSTROMS FROM THE O4* OF A 8.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-12-

MG

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3045.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.91 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3MGCL211
4WATER12
5MPD12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlDNA1drop
20.76 M1dropMgCl2
360 %MPD1reservoir
41
51

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: 回転陽極
検出器タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.4→8 Å / Num. obs: 4402 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア名称: NUCLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.4→8 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
obs0.16 4402
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 202 4 77 283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONn_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_angle_it2.14
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_angle_it48
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_impr_tor
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_d0.0210.03
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_angle_d0.0290.03
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_d0.0250.025
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_angle_d0.050.06
X-RAY DIFFRACTIONn_plane_restr0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONn_chiral_restr0.0980.1
X-RAY DIFFRACTIONn_singtor_nbd0.0740.2
X-RAY DIFFRACTIONn_multtor_nbd0.1210.2
X-RAY DIFFRACTIONn_xhyhbond_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / Num. reflection all: 4402 / σ(F): 1 / Rfactor all: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る