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- PDB-5dn1: Crystal structure of Phosphoribosyl isomerase A from Streptomyces... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dn1
タイトルCrystal structure of Phosphoribosyl isomerase A from Streptomyces coelicolor
要素Phosphoribosyl isomerase A
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / histidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylanthranilate isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HisA/PriA, Actinobacteria / HisA/PriA, bacterial-type / Histidine biosynthesis, HisA-like / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / Phosphoribosyl isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.953 Å
データ登録者Chang, C. / Verduzco-Castro, E.A. / Endres, M. / Barona-Gomez, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2016
タイトル: Co-occurrence of analogous enzymes determines evolution of a novel ( beta alpha )8-isomerase sub-family after non-conserved mutations in flexible loop.
著者: Verduzco-Castro, E.A. / Michalska, K. / Endres, M. / Juarez-Vazquez, A.L. / Noda-Garcia, L. / Chang, C. / Henry, C.S. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Barona-Gomez, F.
履歴
登録2015年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosyl isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7295
ポリマ－25,1061
非ポリマー6224
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.208, 65.208, 104.538
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosyl isomerase A / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase ...1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase / N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase / PRAI / Phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase


分子量: 25106.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: priA, hisA, SCO2050, SC4G6.19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16250, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase, phosphoribosylanthranilate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-AMZ / AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / AICAR / AICAR


分子量: 338.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N4O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Sodium Chloride, 0.1M Sodium cacodylate, 2.0M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 19264 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 0.948 / Net I/av σ(I): 14.844 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 125201
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.985.90.5919360.8540.2520.6460.821100
1.98-2.026.10.5879520.8780.2490.6410.862100
2.02-2.066.30.5039500.9130.2090.5470.874100
2.06-2.16.40.4369660.9260.180.4740.854100
2.1-2.156.60.3939120.9430.160.4260.893100
2.15-2.26.60.339740.9490.1350.3580.861100
2.2-2.256.60.3189310.9580.130.3450.882100
2.25-2.316.70.2999520.9620.120.3230.92100
2.31-2.386.60.2539450.9710.1020.2740.928100
2.38-2.466.70.2239560.9730.0890.2410.879100
2.46-2.546.70.1999560.980.080.2160.922100
2.54-2.656.70.1739550.9850.0690.1870.922100
2.65-2.776.70.1699480.9810.0680.1830.957100
2.77-2.916.70.1389640.9880.0550.150.925100
2.91-3.16.60.1189630.990.0470.1281.058100
3.1-3.336.60.0969730.9920.0380.1041.119100
3.33-3.676.60.0879730.9930.0350.0951.26899.9
3.67-4.26.50.079850.9950.0280.0761.098100
4.2-5.296.30.0610040.9960.0250.0650.964100
5.29-5060.05910690.9960.0250.0640.90699.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.953→38.36 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1871 985 5.13 %
Rwork0.1484 --
obs0.1505 19184 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.953→38.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1761 0 38 254 2053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.982503
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6421089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9528-2.05570.21821250.16562524X-RAY DIFFRACTION98
2.0557-2.18450.20431450.15452554X-RAY DIFFRACTION100
2.1845-2.35320.21321540.14872556X-RAY DIFFRACTION100
2.3532-2.58990.21111440.1552570X-RAY DIFFRACTION100
2.5899-2.96460.1851430.15562607X-RAY DIFFRACTION100
2.9646-3.73450.161420.13462622X-RAY DIFFRACTION100
3.7345-38.3670.17631320.14712766X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5048-0.26250.19481.4457-0.31840.5525-0.00470.04090.00460.0520.0034-0.04590.00030.0284-0.00010.14550.00330.00230.1661-0.0080.1286-1.504949.685512.5881
23.24260.5433-0.76653.2818-1.21313.20770.0138-0.20750.14810.1317-0.1485-0.3167-0.08260.39150.08480.16310.0277-0.02890.1916-0.01010.12788.060839.51366.3187
30.8179-0.7429-0.46973.00870.39241.3414-0.02860.02960.08320.04730.026-0.0926-0.07810.04710.0110.1068-0.0163-0.01120.12670.00320.11161.708549.8692-2.9997
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 110 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 142 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 143 through 240 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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