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- PDB-5dmg: X-RAY STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT OF THE ANTI TAU ANTIBODY RB86... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dmg
タイトルX-RAY STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT OF THE ANTI TAU ANTIBODY RB86 IN COMPLEX WITH THE PHOSPHORYLATED TAU PEPTIDE (416-430)
要素
  • Microtubule-associated protein
  • RB86 antibody Fab fragment heavy chain
  • RB86 antibody Fab fragment light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / FAB FRAGMENT / TAU PROTEIN / Tau-pSER422 / Tau-pSER422 COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / negative regulation of tubulin deacetylation / phosphatidylinositol bisphosphate binding ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / negative regulation of tubulin deacetylation / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / regulation of chromosome organization / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / dynactin binding / regulation of microtubule polymerization / apolipoprotein binding / main axon / protein polymerization / axolemma / glial cell projection / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of mitochondrial fission / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / regulation of cellular response to heat / Activation of AMPK downstream of NMDARs / synapse assembly / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of protein localization / supramolecular fiber organization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / regulation of calcium-mediated signaling / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / astrocyte activation / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / regulation of microtubule cytoskeleton organization / protein phosphatase 2A binding / cellular response to reactive oxygen species / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / synapse organization / protein homooligomerization / PKR-mediated signaling / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / response to lead ion / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / actin binding / microtubule cytoskeleton / cell body / growth cone / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / dendritic spine / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / microtubule / learning or memory / neuron projection / regulation of autophagy / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein / Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Benz, J. / Lorenz, S. / Georges, G. / Jochner, A. / Goepfert, U. / Grueninger, F. / Bujotzek, A.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: VH-VL orientation prediction for antibody humanization candidate selection: A case study.
著者: Bujotzek, A. / Lipsmeier, F. / Harris, S.F. / Benz, J. / Kuglstatter, A. / Georges, G.
履歴
登録2015年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: RB86 antibody Fab fragment heavy chain
L: RB86 antibody Fab fragment light chain
C: RB86 antibody Fab fragment heavy chain
D: RB86 antibody Fab fragment light chain
E: RB86 antibody Fab fragment heavy chain
F: RB86 antibody Fab fragment light chain
Z: Microtubule-associated protein
P: Microtubule-associated protein
X: Microtubule-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,5249
ポリマ－141,5249
非ポリマー00
水4,972276
1
H: RB86 antibody Fab fragment heavy chain
L: RB86 antibody Fab fragment light chain
P: Microtubule-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1753
ポリマ－47,1753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RB86 antibody Fab fragment heavy chain
D: RB86 antibody Fab fragment light chain
Z: Microtubule-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1753
ポリマ－47,1753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: RB86 antibody Fab fragment heavy chain
F: RB86 antibody Fab fragment light chain
X: Microtubule-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1753
ポリマ－47,1753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.510, 163.053, 70.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 RB86 antibody Fab fragment heavy chain


分子量: 21976.727 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 RB86 antibody Fab fragment light chain


分子量: 23542.150 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Microtubule-associated protein


分子量: 1655.716 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B4DSE3, UniProt: P10636*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: Lithium sulfate, Sodium acetate, pH 4.5 PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.61 Å / Num. all: 49616 / Num. obs: 49616 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.46 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 9.73
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.32 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0025精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house Fab fragment

解像度: 2.5→46.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 23.79 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.604 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26292 2509 5.1 %RANDOM
Rwork0.20978 ---
obs0.21246 47075 99.88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.731 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.08 Å20 Å2-0.63 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9557 0 0 276 9833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.029780
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1291.95713352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6813.00320971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24251264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.8724.783345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.826151520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5921527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02111006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022093
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 189 -
Rwork0.356 3454 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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