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- PDB-5dfv: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CD81 LARGE EXTRACELLULAR LOOP IN COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dfv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CD81 LARGE EXTRACELLULAR LOOP IN COMPLEX WITH MURINE FAB FRAGMENT K04
要素
  • CD81 antigen
  • FAB HEAVY CHAIN
  • FAB LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / HELICAL BUNDLE / CELL ADHESION / ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion ...positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion / transferrin receptor binding / immunological synapse formation / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / protein localization to lysosome / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / MHC class II protein binding / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of receptor clustering / basal plasma membrane / Regulation of Complement cascade / protein localization to plasma membrane / regulation of protein stability / receptor internalization / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / MHC class II protein complex binding / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / vesicle / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cd81 Antigen, Extracellular Domain; Chain: A / Tetraspanin / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Cd81 Antigen, Extracellular Domain; Chain: A / Tetraspanin / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Harris, S.F. / Wong, A. / Kuglstatter, A.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: VH-VL orientation prediction for antibody humanization candidate selection: A case study.
著者: Bujotzek, A. / Lipsmeier, F. / Harris, S.F. / Benz, J. / Kuglstatter, A. / Georges, G.
履歴
登録2015年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD81 antigen
B: CD81 antigen
C: FAB HEAVY CHAIN
D: FAB LIGHT CHAIN
E: FAB HEAVY CHAIN
F: FAB LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,1796
ポリマ－117,1796
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12660 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area44290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.631, 94.483, 94.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CD81 antigen / 26 kDa cell surface protein TAPA-1 / Target of the antiproliferative antibody 1 / Tetraspanin-28 / Tspan-28


分子量: 10947.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD81, TAPA1, TSPAN28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60033
#2: 抗体 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23454.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: MURINE HYBRIDOMA
#3: 抗体 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 24187.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: MURINE HYBRIDOMA
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M NaOAc, 20% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 30682 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 63.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→47.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 17.241 / SU ML: 0.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.442 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29066 1583 5.2 %RANDOM
Rwork0.23947 ---
obs0.24213 29086 93.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.375 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å2-0.64 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→47.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7936 0 0 5 7941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0228109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0521.9511014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7853.00313300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.08451026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81824.798321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.532151347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0231526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.028961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.25512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.23865
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1920.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.090.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3651.56596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.031.52084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.40428336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.41333530
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6774.52678
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 66 -
Rwork0.364 1250 -
obs--54.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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