PDB-5dem: Structure of Pseudomonas aeruginosa LpxA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dem

タイトル

Structure of Pseudomonas aeruginosa LpxA

要素

Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Acyltransferase Catalytic Domain / Fatty Acids / Lipid A / Substrate Specificity / Uridine Diphosphate N-Acetylglucosamine / Hydrocarbon Rulers

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Smith, E.W. / Chen, Y.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structures of Pseudomonas aeruginosa LpxA Reveal the Basis for Its Substrate Selectivity.
著者: Smith, E.W. / Zhang, X. / Behzadi, C. / Andrews, L.D. / Cohen, F. / Chen, Y.

履歴

登録	2015年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月7日	Group: Other
改定 1.3	2015年10月14日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dem.cif.gz	313.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dem.ent.gz	253.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dem.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dem_validation.pdf.gz	462.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dem_full_validation.pdf.gz	467.6 KB	表示
XML形式データ	5dem_validation.xml.gz	59.8 KB	表示
CIF形式データ	5dem_validation.cif.gz	86.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/5dem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/5dem	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5depC 5dg3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dep-1 6uee-1 6ueg-1 4e6u-1 6ueg-2 5dg3-2 5jxx-1 3hsq-3 4eqy-2 5dep-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

B: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

C: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

D: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

E: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

F: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

ヘテロ分子

168 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

B: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

C: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

E: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

F: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.031, 82.176, 220.515
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ARG	ARG	A	A	2 - 258	2 - 258
2	1	SER	SER	ARG	ARG	B	B	2 - 258	2 - 258
1	2	LEU	LEU	THR	THR	A	A	3 - 257	3 - 257
2	2	LEU	LEU	THR	THR	C	C	3 - 257	3 - 257
1	3	SER	SER	ARG	ARG	A	A	2 - 258	2 - 258
2	3	SER	SER	ARG	ARG	D	D	2 - 258	2 - 258
1	4	SER	SER	ARG	ARG	A	A	2 - 258	2 - 258
2	4	SER	SER	ARG	ARG	E	E	2 - 258	2 - 258
1	5	SER	SER	ARG	ARG	A	A	2 - 258	2 - 258
2	5	SER	SER	ARG	ARG	F	F	2 - 258	2 - 258
1	6	LEU	LEU	THR	THR	B	B	3 - 257	3 - 257
2	6	LEU	LEU	THR	THR	C	C	3 - 257	3 - 257
1	7	SER	SER	ARG	ARG	B	B	2 - 258	2 - 258
2	7	SER	SER	ARG	ARG	D	D	2 - 258	2 - 258
1	8	SER	SER	ARG	ARG	B	B	2 - 258	2 - 258
2	8	SER	SER	ARG	ARG	E	E	2 - 258	2 - 258
1	9	SER	SER	ARG	ARG	B	B	2 - 258	2 - 258
2	9	SER	SER	ARG	ARG	F	F	2 - 258	2 - 258
1	10	LEU	LEU	THR	THR	C	C	3 - 257	3 - 257
2	10	LEU	LEU	THR	THR	D	D	3 - 257	3 - 257
1	11	LEU	LEU	THR	THR	C	C	3 - 257	3 - 257
2	11	LEU	LEU	THR	THR	E	E	3 - 257	3 - 257
1	12	LEU	LEU	THR	THR	C	C	3 - 257	3 - 257
2	12	LEU	LEU	THR	THR	F	F	3 - 257	3 - 257
1	13	SER	SER	ARG	ARG	D	D	2 - 258	2 - 258
2	13	SER	SER	ARG	ARG	E	E	2 - 258	2 - 258
1	14	SER	SER	ARG	ARG	D	D	2 - 258	2 - 258
2	14	SER	SER	ARG	ARG	F	F	2 - 258	2 - 258
1	15	SER	SER	ARG	ARG	E	E	2 - 258	2 - 258
2	15	SER	SER	ARG	ARG	F	F	2 - 258	2 - 258

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase 分子量: 28048.730 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain PA7) (バクテリア) 株: PA7 / 遺伝子: lpxA, PSPA7_1495 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A6V1E4, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M imidazole pH8.0, 20% PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.809→110.26 Å / Num. obs: 130011 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 38.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124	精密化
HKL-2000		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.81→110.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21135	6531	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1844	-	-	-
obs	0.18578	122365	97.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.365 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→110.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11790	0	5	816	12611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	12094
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	11504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.397	1.927	16414
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.657	3	26315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.062	5	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.908	22.739	555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.845	15	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.441	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	13915
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.031	0.02	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.096	2.845	6183
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.095	2.845	6182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.906	4.777	7727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.906	4.777	7728
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.171	3.489	5911
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.171	3.489	5911
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.793	5.624	8687
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.033	6.848	14247
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.023	6.841	14195
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	30118	0.13
1	2	B	30118	0.13
2	1	A	29860	0.12
2	2	C	29860	0.12
3	1	A	30976	0.1
3	2	D	30976	0.1
4	1	A	29912	0.13
4	2	E	29912	0.13
5	1	A	29950	0.13
5	2	F	29950	0.13
6	1	B	29996	0.12
6	2	C	29996	0.12
7	1	B	30052	0.13
7	2	D	30052	0.13
8	1	B	30316	0.13
8	2	E	30316	0.13
9	1	B	30906	0.1
9	2	F	30906	0.1
10	1	C	29988	0.11
10	2	D	29988	0.11
11	1	C	30578	0.11
11	2	E	30578	0.11
12	1	C	29684	0.13
12	2	F	29684	0.13
13	1	D	30240	0.12
13	2	E	30240	0.12
14	1	D	29996	0.13
14	2	F	29996	0.13
15	1	E	29932	0.14
15	2	F	29932	0.14

LS精密化シェル

解像度: 1.809→1.856 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	431	-
R_work	0.244	7958	-
obs	-	-	87.56 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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