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- PDB-5dek: RNA octamer containing dT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dek
タイトルRNA octamer containing dT
要素RNA oligonucleotide containing dT
キーワードRNA / oligonucleotide
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA/RNA hybrid
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.993 Å
データ登録者Harp, J.M. / Egli, M.
引用ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Duplex Thermodynamic Stability and Enhanced Nuclease Resistance of 5'-C-Methyl Pyrimidine-Modified Oligonucleotides.
著者: Kel In, A.V. / Zlatev, I. / Harp, J. / Jayaraman, M. / Bisbe, A. / O Shea, J. / Taneja, N. / Manoharan, R.M. / Khan, S. / Charisse, K. / Maier, M.A. / Egli, M. / Rajeev, K.G. / Manoharan, M.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA oligonucleotide containing dT
B: RNA oligonucleotide containing dT
C: RNA oligonucleotide containing dT
D: RNA oligonucleotide containing dT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4216
ポリマ－10,0984
非ポリマー3222
水1,18966
1
A: RNA oligonucleotide containing dT
B: RNA oligonucleotide containing dT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2103
ポリマ－5,0492
非ポリマー1611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area3210 Å2
手法PISA
2
C: RNA oligonucleotide containing dT
D: RNA oligonucleotide containing dT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2103
ポリマ－5,0492
非ポリマー1611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.059, 44.059, 85.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド
RNA oligonucleotide containing dT


分子量: 2524.588 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 40 mM sodium cacodylate, 20 mM hexamine Co(III) chloride, 20 mM MgCl2, 80 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 12.8 % / 数: 77578 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 1.06 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 6070 / % possible obs: 97.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.435010.0811.11611.3
4.315.4310.0811.06812.9
3.764.3110.0951.06913.3
3.423.7610.1171.0713.7
3.173.4210.1321.05513.7
2.993.1710.1641.17513.6
2.842.9910.1891.17514.1
2.712.8410.2541.17313.9
2.612.7110.2541.17514.3
2.522.6110.3561.07114
2.442.5210.461.02114.1
2.372.4410.5720.98114.2
2.312.3710.630.99214.2
2.252.3110.7450.97814.2
2.22.2510.9120.99313.7
2.152.210.9970.99712.7
2.112.1510.94811.6
2.072.1110.9919.7
2.032.0710.940.988.7
22.0310.9741.0627.5
反射解像度: 2→39.15 Å / Num. obs: 10680 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 40.4550168222 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 1.059 / Net I/av σ(I): 15.113 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 77578
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.037.50.6821.8196.6
2.03-2.078.70.94197.3
2.07-2.119.7197
2.11-2.1511.6197
2.15-2.212.70.997197
2.2-2.2513.70.912197.1
2.25-2.3114.20.745197.3
2.31-2.3714.20.63197.3
2.37-2.4414.20.572197.7
2.44-2.5214.10.46198
2.52-2.61140.356198.1
2.61-2.7114.30.254198.3
2.71-2.8413.90.254197.7
2.84-2.9914.10.189197.8
2.99-3.1713.60.164197.2
3.17-3.4213.70.132197.1
3.42-3.7613.70.117197.8
3.76-4.3113.30.095198.4
4.31-5.4312.90.081198.8
5.43-5011.30.081197.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000v706eデータ収集
HKL-2000v706eデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000v706eデータ削減
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.993→39.155 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.41 / 位相誤差: 34.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2621 559 5.23 %
Rwork0.24 10121 -
obs0.2411 10680 97.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.87 Å2 / Biso mean: 41.8983 Å2 / Biso min: 30.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.993→39.155 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 668 14 66 748
Biso mean--66.91 49.56 -
残基数----32
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001756
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3031182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.01152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.952360
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9931-2.19370.3981450.32422500264597
2.1937-2.51110.34371420.30382546268898
2.5111-3.16350.25621340.29242557269198
3.1635-39.16250.22751380.18942518265697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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