PDB-398d: 3'-DNA-RNA-5' JUNCTION FORMED DURING INITIATION OF MINUS-STRAND S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 398d

タイトル

3'-DNA-RNA-5' JUNCTION FORMED DURING INITIATION OF MINUS-STRAND SYNTHESIS OF HIV REPLICATION

要素

DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP)-D(*CP*TP*GP*C)-3')
RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*UP*GP*GP*C)-3')

キーワード

DNA-RNA HYBRID / A-DNA/RNA / DOUBLE HELIX

機能・相同性

DNA/RNA hybrid / RNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Mueller, U. / Meier, G. / Mochi-Onori, A. / Cellai, L. / Heumann, H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of an eight-base pair duplex containing the 3'-DNA-RNA-5' junction formed during initiation of minus-strand synthesis of HIV replication.
著者: Mueller, U. / Maier, G. / Mochi Onori, A. / Cellai, L. / Heumann, H. / Heinemann, U.

履歴

登録	1998年5月4日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1998年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	398d.cif.gz	29.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb398d.ent.gz	18.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	398d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/98/398d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/98/398d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	8drh-d 370d-d 3s49-3 5dek-1 4u3p-d 3knc-d 472d-d 8psh-d 197d-d 5hnq-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*UP*GP*GP*C)-3')

B: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP)-D(*CP*TP*GP*C)-3')

C: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*UP*GP*GP*C)-3')

D: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP)-D(*CP*TP*GP*C)-3')

10.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*UP*GP*GP*C)-3')

B: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP)-D(*CP*TP*GP*C)-3')

登録者が定義した集合体
5.03 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*UP*GP*GP*C)-3')

D: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP)-D(*CP*TP*GP*C)-3')

登録者が定義した集合体
5.03 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.740, 44.150, 51.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GPCPAPGPUPGPGPC)-3') 分子量: 2581.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R(GPCPCPAP)-D(CPTPGPC)-3') 分子量: 2451.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.46 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	KCL	1	1
3	SPERMINE	1	1
4	SODIUM CACODYLATE	1	1
5	MPD	1	1
6	WATER	1	2
7	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 7

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	0.25 mM	hybrid duplex	1	drop
2	20 mM	sodium cacodylate	1	drop
3	6 mM	spermine tetrahydrochloride	1	drop
4	10 mM		1	drop	KCl
5	5 %		1	drop
6	35 %	MPD	1	reservoir
7			1

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	BW7A	1
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	X31	2

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	IMAGE PLATE	1997年11月28日
MARRESEARCH	2	IMAGE PLATE	1997年11月28日

放射

ID	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	x-ray	1
2	x-ray	2

放射波長

ID	相対比
1	1
2	1

反射

解像度: 1.94→15 Å / Num. obs: 7612 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 24.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 93.1

反射

*PLUS

最高解像度: 1.94 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 99.2 %

反射シェル

*PLUS

最低解像度: 1.96 Å / % possible obs: 93.1 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
AMoRE	位相決定
X-PLOR	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング

精密化

開始モデル: CANONICAL A-RNA MODEL OF IDENTICAL SIZE AND SEQUENCE

解像度: 1.94→15 Å / 交差検証法: RANDOM IN THIN SHELLS / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.291	405	5 %	RANDOM IN THIN SHELLS
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.22	7566	99.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	666	0	84	750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.701
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 1.94→2.03 Å / Total num. of bins used: 8 /

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.398	54	5 %
R_work	0.303	823	-

Xplor file

Serial no: 1 / Param file: DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAM / Topol file: DNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.94 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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