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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dek | ||||||
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Title | RNA octamer containing dT | ||||||
![]() | RNA oligonucleotide containing dT | ||||||
![]() | RNA / oligonucleotide | ||||||
Function / homology | COBALT HEXAMMINE(III) / DNA/RNA hybrid![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Harp, J.M. / Egli, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis of Duplex Thermodynamic Stability and Enhanced Nuclease Resistance of 5'-C-Methyl Pyrimidine-Modified Oligonucleotides. Authors: Kel In, A.V. / Zlatev, I. / Harp, J. / Jayaraman, M. / Bisbe, A. / O Shea, J. / Taneja, N. / Manoharan, R.M. / Khan, S. / Charisse, K. / Maier, M.A. / Egli, M. / Rajeev, K.G. / Manoharan, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 31 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 19.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 401.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 401.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 3.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 4.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: DNA/RNA hybrid | Mass: 2524.588 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 40 mM sodium cacodylate, 20 mM hexamine Co(III) chloride, 20 mM MgCl2, 80 mM NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 2, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 12.8 % / Number: 77578 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 1.06 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 6070 / % possible obs: 97.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2→39.15 Å / Num. obs: 10680 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 40.4550168222 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 1.059 / Net I/av σ(I): 15.113 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 77578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.87 Å2 / Biso mean: 41.8983 Å2 / Biso min: 30.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.993→39.155 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
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