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- PDB-5hnq: Base Pairing and Structure Insights into the 5-Formylcytosine in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hnq
タイトルBase Pairing and Structure Insights into the 5-Formylcytosine in RNA Duplex
要素5fC modified RNA
キーワードRNA / 5-formylcytosine
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Luo, Z. / Sheng, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Base pairing and structural insights into the 5-formylcytosine in RNA duplex.
著者: Wang, R. / Luo, Z. / He, K. / Delaney, M.O. / Chen, D. / Sheng, J.
履歴
登録2016年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5fC modified RNA
B: 5fC modified RNA
C: 5fC modified RNA
D: 5fC modified RNA
E: 5fC modified RNA
F: 5fC modified RNA
G: 5fC modified RNA
H: 5fC modified RNA
I: 5fC modified RNA
J: 5fC modified RNA
K: 5fC modified RNA
L: 5fC modified RNA
M: 5fC modified RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,20913
ポリマ－33,20913
非ポリマー00
水1086
1
A: 5fC modified RNA
B: 5fC modified RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1092
ポリマ－5,1092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area3080 Å2
手法PISA
2
C: 5fC modified RNA
D: 5fC modified RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1092
ポリマ－5,1092
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area3090 Å2
手法PISA
3
E: 5fC modified RNA
F: 5fC modified RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1092
ポリマ－5,1092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area3060 Å2
手法PISA
4
G: 5fC modified RNA
H: 5fC modified RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1092
ポリマ－5,1092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area3070 Å2
手法PISA
5
I: 5fC modified RNA
J: 5fC modified RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1092
ポリマ－5,1092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area3050 Å2
手法PISA
6
K: 5fC modified RNA
L: 5fC modified RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1092
ポリマ－5,1092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area3090 Å2
手法PISA
7
M: 5fC modified RNA

M: 5fC modified RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1092
ポリマ－5,1092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_658-x+1,y,-z+31
Buried area730 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area3070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.901, 44.323, 50.586
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖
5fC modified RNA


分子量: 2554.571 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% MPD, 40 mM Na cacodylate (pH 6.0), 12 mM Spermine tetrahydrochloride, 80 mM NaCl, 12 mM KCl, 20mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 12285 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FC1

5fc1


解像度: 2.4→28.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 20.54 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26109 619 5.2 %RANDOM
Rwork0.22144 ---
obs0.22358 11304 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 103.509 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-23.51 Å20 Å2-4.45 Å2
2--28.82 Å20 Å2
3----52.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2197 0 6 2203
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0132444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4081.4693679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.82212.8892443
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.83557.711209
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 29 -
Rwork0.383 829 -
obs--98.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3680.05060.36191.43750.28042.71350.2389-0.3272-0.13160.07480.1489-0.4711-0.40780.2967-0.38780.1545-0.0994-0.03470.1802-0.06210.315139.24596.94535.6679
21.145-0.24641.17871.23011.34447.35530.11890.2657-0.4789-0.3028-0.08960.54810.0644-1.1472-0.02930.2466-0.0149-0.10020.59010.00850.52649.39158.405527.8362
30.8374-0.21832.07270.2226-0.785711.8546-0.4572-0.56580.0907-0.0240.2763-0.38030.7962-1.39780.18090.93880.0822-0.07020.7782-0.05021.140851.72821.995176.635
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 8
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 8
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 8
4X-RAY DIFFRACTION1D1 - 8
5X-RAY DIFFRACTION1E1 - 8
6X-RAY DIFFRACTION1F1 - 8
7X-RAY DIFFRACTION2G1 - 8
8X-RAY DIFFRACTION2H1 - 8
9X-RAY DIFFRACTION2I1 - 8
10X-RAY DIFFRACTION2J1 - 8
11X-RAY DIFFRACTION2K1 - 8
12X-RAY DIFFRACTION2L1 - 8
13X-RAY DIFFRACTION3M1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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