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- PDB-5da8: Crystal structure of chaperonin GroEL from -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5da8
タイトルCrystal structure of chaperonin GroEL from
要素60 kDa chaperonin
キーワードCHAPERONE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / hsp60 / chaperonin GroEL
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperonin ATPase / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein refolding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily ...GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chlorobium tepidum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chang, C. / Marshall, N. / Feldmann, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of chaperonin GroEL from
著者: Chang, C. / Marshall, N. / Feldmann, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60 kDa chaperonin
B: 60 kDa chaperonin
C: 60 kDa chaperonin
D: 60 kDa chaperonin
E: 60 kDa chaperonin
F: 60 kDa chaperonin
G: 60 kDa chaperonin
H: 60 kDa chaperonin
I: 60 kDa chaperonin
J: 60 kDa chaperonin
K: 60 kDa chaperonin
L: 60 kDa chaperonin
M: 60 kDa chaperonin
N: 60 kDa chaperonin
O: 60 kDa chaperonin
P: 60 kDa chaperonin
Q: 60 kDa chaperonin
R: 60 kDa chaperonin
S: 60 kDa chaperonin
T: 60 kDa chaperonin
U: 60 kDa chaperonin
V: 60 kDa chaperonin
W: 60 kDa chaperonin
X: 60 kDa chaperonin
Y: 60 kDa chaperonin
Z: 60 kDa chaperonin
a: 60 kDa chaperonin
b: 60 kDa chaperonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,631,26174
ポリマ－1,628,35228
非ポリマー2,90946
水95553
1
A: 60 kDa chaperonin
B: 60 kDa chaperonin
C: 60 kDa chaperonin
D: 60 kDa chaperonin
E: 60 kDa chaperonin
F: 60 kDa chaperonin
G: 60 kDa chaperonin
H: 60 kDa chaperonin
I: 60 kDa chaperonin
J: 60 kDa chaperonin
K: 60 kDa chaperonin
L: 60 kDa chaperonin
M: 60 kDa chaperonin
N: 60 kDa chaperonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)815,69836
ポリマ－814,17614
非ポリマー1,52222
水19811
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44760 Å2
ΔGint-498 kcal/mol
Surface area300610 Å2
手法PISA
2
O: 60 kDa chaperonin
P: 60 kDa chaperonin
Q: 60 kDa chaperonin
R: 60 kDa chaperonin
S: 60 kDa chaperonin
T: 60 kDa chaperonin
U: 60 kDa chaperonin
V: 60 kDa chaperonin
W: 60 kDa chaperonin
X: 60 kDa chaperonin
Y: 60 kDa chaperonin
Z: 60 kDa chaperonin
a: 60 kDa chaperonin
b: 60 kDa chaperonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)815,56338
ポリマ－814,17614
非ポリマー1,38724
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44660 Å2
ΔGint-483 kcal/mol
Surface area303060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.996, 159.781, 228.823
Angle α, β, γ (deg.)75.46, 90.51, 91.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ...
60 kDa chaperonin / GroEL protein / Protein Cpn60


分子量: 58155.441 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobium tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 遺伝子: groL, groEL, CT0530 / プラスミド: pMCSG60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KF02
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Magnesium Chloride, 0.1M Imidazole, 35% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月30日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 375234 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 53.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KI8

4ki8


解像度: 3→48.6 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 18179 4.98 %
Rwork0.23 --
obs0.232 364981 95.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数99370 0 130 53 99553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00799923
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.38135149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.03761612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03916974
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00217639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0022-3.03630.36724090.31577647X-RAY DIFFRACTION64
3.0363-3.0720.35974900.29849480X-RAY DIFFRACTION79
3.072-3.10940.34755610.285210178X-RAY DIFFRACTION85
3.1094-3.14880.34635540.287110688X-RAY DIFFRACTION89
3.1488-3.19020.33515610.281511077X-RAY DIFFRACTION92
3.1902-3.23390.30296260.272611567X-RAY DIFFRACTION96
3.2339-3.28010.30925620.272711771X-RAY DIFFRACTION98
3.2801-3.32910.30396060.272711938X-RAY DIFFRACTION98
3.3291-3.38110.31326110.268111940X-RAY DIFFRACTION99
3.3811-3.43650.30735420.268611899X-RAY DIFFRACTION99
3.4365-3.49570.31876150.255411950X-RAY DIFFRACTION99
3.4957-3.55930.29176080.250212003X-RAY DIFFRACTION99
3.5593-3.62770.29476500.253711827X-RAY DIFFRACTION99
3.6277-3.70170.28446130.245911919X-RAY DIFFRACTION99
3.7017-3.78220.2916530.239911889X-RAY DIFFRACTION99
3.7822-3.87010.27686280.242811976X-RAY DIFFRACTION99
3.8701-3.96690.27096400.233311968X-RAY DIFFRACTION99
3.9669-4.07410.24886510.216411907X-RAY DIFFRACTION99
4.0741-4.19390.24726230.214611945X-RAY DIFFRACTION99
4.1939-4.32920.23546750.209311897X-RAY DIFFRACTION99
4.3292-4.48380.23456680.205111950X-RAY DIFFRACTION99
4.4838-4.66320.22265980.203211964X-RAY DIFFRACTION99
4.6632-4.87520.246870.207611900X-RAY DIFFRACTION99
4.8752-5.1320.24546740.217911901X-RAY DIFFRACTION99
5.132-5.45310.26886280.236611961X-RAY DIFFRACTION99
5.4531-5.87350.28936100.25512012X-RAY DIFFRACTION99
5.8735-6.46340.27456550.254611976X-RAY DIFFRACTION99
6.4634-7.39580.26696580.223511980X-RAY DIFFRACTION99
7.3958-9.30730.17355860.159912019X-RAY DIFFRACTION99
9.3073-48.60720.1965370.186211673X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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