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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ki8
タイトルCrystal structure of a GroEL-ADP complex in the relaxed allosteric state
要素GroEL protein
キーワードCHAPERONE / Relaxed allosteric state / Asymmetrical / tetradecamer / homoligomer / chaperonin / ATPase / Misfolded protein binding / ATP/ADP binding / GroES binding
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperonin ATPase / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein refolding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily ...GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Chaperonin GroEL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.722 Å
データ登録者Fei, X. / Yang, D. / LaRonde-LeBlanc, N. / Lorimer, G.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a GroEL-ADP complex in the relaxed allosteric state at 2.7 A resolution.
著者: Fei, X. / Yang, D. / Laronde-Leblanc, N. / Lorimer, G.H.
履歴
登録2013年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22013年8月14日Group: Other
改定 1.32013年8月28日Group: Database references
改定 1.42013年11月13日Group: Other
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GroEL protein
B: GroEL protein
C: GroEL protein
D: GroEL protein
E: GroEL protein
F: GroEL protein
G: GroEL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)407,03060
ポリマ－400,8317
非ポリマー6,19953
水10,755597
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32560 Å2
ΔGint-486 kcal/mol
Surface area149700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)235.222, 141.655, 156.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a tetrdecamer generated from the heptamer in the asymmetric unit by the two fold axis: -x, Y, -Z+(2 0 2).

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要素

-
タンパク質 , 1種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質
GroEL protein / 60 kDa chaperonin / Protein Cpn60


分子量: 57261.578 Da / 分子数: 7 / 変異: D83A, R197A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
遺伝子: BN17_41231, ECs5124, groEL, groL, LF82_0923, mopA
プラスミド: pKK233-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q548M1

-
非ポリマー , 6種, 650分子

#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 34% MPD (v/v), 0.1M acetic acid, 20mM CaCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月26日
放射モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled Si 111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→46.17 Å / Num. all: 125774 / Num. obs: 120240 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Net I/σ(I): 13.98
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique allDiffraction-ID% possible all
2.72-2.8210710185.3
2.82-2.9311298190.5
2.93-3.0711698193.2
3.07-3.2311936195.4
3.23-3.4312180197
3.43-3.6912315198.1
3.69-4.0712415198.8
4.07-4.6512496199.3
4.65-5.8612548199.4
5.86-46.1712644198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1xck

1xck


解像度: 2.722→46.166 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0.11 / σ(I): 2 / 位相誤差: 21.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2035 1999 1.66 %random
Rwork0.1655 ---
obs0.1662 120240 95.6 %-
all-125774 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.722→46.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26922 0 368 597 27887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01227656
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95537514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1810395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0624526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044827
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.722-2.79010.29471250.23337373X-RAY DIFFRACTION84
2.7901-2.86550.28371330.22287863X-RAY DIFFRACTION89
2.8655-2.94980.24791360.20568059X-RAY DIFFRACTION92
2.9498-3.0450.26241390.19868191X-RAY DIFFRACTION93
3.045-3.15380.21971400.20388351X-RAY DIFFRACTION95
3.1538-3.280.24881430.17978462X-RAY DIFFRACTION96
3.28-3.42930.21011460.16998561X-RAY DIFFRACTION97
3.4293-3.610.19571460.15788663X-RAY DIFFRACTION98
3.61-3.83610.18981470.15498706X-RAY DIFFRACTION99
3.8361-4.13210.18631480.1448720X-RAY DIFFRACTION99
4.1321-4.54760.17361480.13398786X-RAY DIFFRACTION99
4.5476-5.20490.19771490.14788781X-RAY DIFFRACTION99
5.2049-6.55460.21411500.19348843X-RAY DIFFRACTION99
6.5546-46.17270.16191490.14868882X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4534-0.76040.23882.218-0.08041.0218-0.0208-0.34680.15070.30850.05640.0929-0.16520.0199-0.02270.3109-0.0468-0.02630.323-0.01570.2245343.412336.0243310.3779
23.51040.26530.21612.0239-0.13671.2955-0.0399-0.28750.00930.2050.04150.2382-0.0154-0.1963-0.00240.2513-0.0074-0.01480.2655-0.03070.2705308.558124.9716300.4357
32.45680.57240.70663.4208-0.25291.69720.1064-0.3187-0.09770.2140.03910.3390.146-0.3261-0.13160.2688-0.01710.02330.2887-0.01470.3171294.8537-10.7452295.75
44.1167-2.01521.50174.8985-1.45891.7482-0.06660.07040.0670.3163-0.0136-0.2227-0.0130.05950.08440.2171-0.0206-0.00550.2546-0.06370.3335318.103-36.5071298.4831
53.5999-0.43120.40612.50520.12472.5168-0.1232-0.3713-0.22270.39710.121-0.16570.28430.18250.00670.31190.03430.00380.3130.00790.3742348.4567-49.4007311.0248
63.68510.77810.72523.67570.31381.65110.0599-0.2534-0.32770.2792-0.0171-0.0310.13330.1118-0.0360.24530.0360.01650.33380.03250.339375.7569-23.0733319.3036
72.6782-0.52450.3243.9146-0.01690.7938-0.0088-0.21170.1830.3992-0.01820.0671-0.04060.02790.04660.301-0.0398-0.01010.37510.05640.2058373.810514.727318.9972
85.4055-1.31420.67975.4408-1.48925.68520.0509-1.0806-0.55151.12140.1786-0.3420.3296-0.283-0.09590.9712-0.165-0.03821.090.14030.7112332.558934.5735343.6048
98.11591.68164.35743.59391.29944.01790.4987-1.3255-0.18580.9569-0.3859-0.49950.6578-0.3103-0.25581.0296-0.10030.01351.17360.03610.764297.849724.6975334.4125
105.01-3.3032-0.59779.03753.23933.9033-0.3978-1.33390.59021.64080.6119-0.2901-0.5607-0.0256-0.25651.2932-0.06070.15891.15890.11060.7369278.9647-11.5484328.5766
111.60180.3278-1.30351.1594-1.90184.3784-0.0962-0.9898-0.02680.6779-0.1023-0.3268-0.72920.37040.15180.76610.0072-0.23770.97560.00710.6983299.8657-52.4653325.8796
123.7939-0.1343-0.80553.70380.68111.6656-0.0918-0.51610.67010.3234-0.34050.5612-0.4587-0.4060.45071.05930.1059-0.15040.9977-0.25120.6952333.3414-57.3121342.7347
138.61660.3079-2.75599.1276-2.01187.28580.5939-0.2842-0.32181.3204-0.0032.3632-0.6358-0.4962-0.5431.0519-0.02670.17840.7270.13881.0849367.4202-18.71357.2517
145.95671.0376-1.77144.8218-0.70176.9928-0.2732-0.4325-1.56331.512-0.18470.68771.2737-0.49350.48981.6898-0.00460.46441.0108-0.05591.2051366.097517.5185355.5195
153.3024-1.50030.51183.5076-0.04381.22060.1095-0.19240.33810.1071-0.11810.0911-0.2393-0.02130.02460.3559-0.0745-0.03310.3054-0.03780.3235345.394144.5002306.2132
163.8821-0.38720.58081.97430.46891.6648-0.0115-0.0177-0.03280.0117-0.0030.3287-0.001-0.21750.02240.26970.039-0.01140.2043-0.02120.318303.936230.502294.2784
173.61811.42080.92314.53270.711.40140.0255-0.1673-0.095-0.0930.0820.65720.145-0.2446-0.10590.2563-0.013-0.03290.32550.02570.4181288.4446-11.591288.6606
181.5214-1.4306-0.14586.03570.3731.65970.04810.0931-0.3976-0.351-0.04440.19990.3279-0.1460.00550.2687-0.0535-0.01620.31-0.03580.4507309.8832-50.1806290.1702
194.9341-1.16040.64672.5801-0.60561.5587-0.0514-0.3693-0.28590.23550.0724-0.27340.41670.18650.00120.45330.063-0.00010.29810.02050.4621352.861-57.6292308.8666
201.84120.55150.4372.2344-0.40521.9240.0384-0.3116-0.47630.39040.0224-0.2752-0.08380.1816-0.04380.34840.078-0.0770.4820.03140.5464384.4049-25.247324.7282
211.27230.46730.66036.37050.27631.1706-0.02810.02870.32050.2085-0.0858-0.2964-0.13050.13340.15130.2739-0.0491-0.05420.42620.07160.3084382.534318.8048316.3451
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:179 )A2 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 2:179 )B2 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 2:179 )C2 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 2:108 )D2 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 2:169 )E2 - 169
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 2:169 )F2 - 169
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN G AND RESID 2:179 )G2 - 179
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 180:385 )A180 - 385
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 180:385 )B180 - 385
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 180:386 )C180 - 386
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN D AND RESID 109:409 )D109 - 409
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN E AND RESID 170:385 )E170 - 385
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN F AND RESID 170:355 )F170 - 355
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN G AND RESID 180:388 )G180 - 388
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 386:525 )A386 - 525
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 386:525 )B386 - 525
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 387:525 )C387 - 525
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 410:525 )D410 - 525
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN E AND RESID 386:525 )E386 - 525
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN F AND RESID 356:525 )F356 - 525
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN G AND RESID 389:525 )G389 - 525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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